Fino al 1910 le Capitanerie di porto, il personale marittimo della marina mercantile, le statistiche delle navi e dei movimenti della navigazione, naufragi, recuperi, rilascio patenti, premi di costruzione e di navigazione facevano capo al Ministero della marina. Confluirono nel Ministero della marina anche le funzioni in materia di marina mercantile che dipendevano dal Ministero delle poste e telegrafi (ereditate dal Ministero dei lavori pubblici). In considerazione dell'ampliamento progressivo delle funzioni affidate alle Capitanerie di porto, con r.d. 8 dic. 1910, n. 857, venne istituito l'Ispettorato del Corpo delle capitanerie di porto poi Ispettorato generale delle capitanerie di porto con funzioni di vigilanza e di controllo su tutti i comandi e gli uffici periferici. Gli vennero conferiti gli affari amministrativi e del personale, già trattati da divisioni del Ministero della marina.
Le Capitanerie di porto vennero impegnate in funzioni di supporto alle operazioni di imbarco di uomini e materiali per la guerra di Libia e di organizzazione dei porti nelle terre occupate. Con provvedimento del maggio 1915 si riconobbe il carattere militare del servizio prestato e il personale fu autorizzato a portare le stellette. Durante la prima guerra mondiale furono impegnate nella mobilitazione del personale militare, nell'uso a fini bellici di naviglio mercantile, in operazioni di difesa delle coste, di polizia militare e di organizzazione dell'attività portuale. Nel febbraio 1918 il Ministero della marina affidò alle Capitanerie di porto alcuni servizi di difesa militare che vennero definitivamente disciplinati nel 1919.
Nel frattempo, nel giugno 1916, l'Ispettorato generale delle capitanerie di porto, con tutti i servizi della marina mercantile, era passato al Ministero dei trasporti marittimi e ferroviari, le cui competenze dopo la soppressione, nel 1920, passarono al Sottosegretariato per la marina mercantile combustibili e aeronautica, istituito presso il Ministero dell'industria commercio e lavoro. Nel 1922, persi i servizi dei combustibili e dell'aeronautica, il Sottosegretariato della marina mercantile passò al Ministero della marina e nello stesso anno fu sostituito dal Commissariato per i servizi della marina mercantile che, con r.d.l. 24 feb. 1924, n. 455, passò al Ministero delle poste e telegrafi poi Ministero delle comunicazioni.
Con provvedimento del settembre 1923 il Corpo delle capitanerie di porto venne incluso tra i corpi militari della marina. Un nuovo ordinamento venne approvato con r.d. 11 nov. 1938, n. 1902, che sostituì all'Ispettorato generale il Comando generale delle capitanerie di porto, affidato ad un ammiraglio di squadra; vennero definite le competenze del personale civile e militare e l'organizzazione interna delle Capitanerie e in generale dei servizi attinenti alla gente di mare, al naviglio e ai porti mercantili, nonché ai servizi militari. Le Capitanerie di porto furono impegnate anche durante la seconda guerra mondiale. Dopo l'8 settembre 1943, a seguito della requisizione del naviglio mercantile da parte delle autorità militari fasciste e tedesche, nella Repubblica sociale italiana (RSI) il Comando generale delle capitanerie di porto fu trasferito a Verona e poi a Milano.
Con r.d.l. 1° nov. 1943, n. 4/B , del governo italiano trasferito a Brindisi, i servizi della marina mercantile già spettanti al Ministero delle comunicazioni, vennero trasferiti al Sottosegretariato della marina mercantile, ma temporaneamente affidati al Ministero della marina militare. Il d.c.p.s. 13 lug. 1946, n. 26, istituì il Ministero della marina mercantile le cui attribuzioni vennero fissate con d.l.c.p.s. 31 mar. 1947, n. 396. In base a tali disposizioni il Comando generale e il Corpo delle capitanerie di porto passarono alle dipendenze del Ministero della marina mercantile per quanto atteneva ai servizi di istituto di tale amministrazione e del Ministero della difesa-Marina per quanto atteneva alla difesa delle coste e al reclutamento. Con d.l. 7 mag. 1948, n. 615 , si provvide all'organizzazione dei servizi del Ministero della marina mercantile e alla definizione dei ruoli organici: venne ricostituito, al posto del Comando generale, l'Ispettorato generale delle capitanerie di porto, con a capo l'ufficiale generale più elevato in grado o più anziano del servizio permanente effettivo.
Con d.m. 8 giugno 1989 (del Ministero della marina mercantile di concerto con il Ministero della difesa-Marina), i reparti del Corpo delle capitanerie di porto che svolgevano compiti di natura tecnico-operativa, in materia di assistenza, sicurezza della navigazione, soccorso, polizia marittima e demaniale, e di vigilanza anche ai fini della prevenzione e repressione degli inquinamenti, furono costituiti in Guardia costiera, articolazione del Corpo stesso.
Con l. 28 gen. 1994, n. 84 (legge di riforma portuale), l'Ispettorato generale delle capitanerie di porto venne di nuovo elevato a Comando generale del Corpo delle capitanerie di porto, retto da un comandante generale, e con compiti e funzioni relative all'uso del mare anche per fini civili, dipendente funzionalmente anche dai ministeri che si avvalgono della sua opera. In base allo stesso provvedimento il Ministero della difesa, con proprio decreto e di concerto con il Ministero dei lavori pubblici e con il Ministero dei trasporti e della navigazione, ha individuato i porti e le aree portuali di 1° categoria finalizzati alla difesa militare e alla sicurezza dello Stato ed ha istituito, in diciotto porti, una Autorità portuale. Con il successivo d.lgs. 30 lug. 1999, n. 300, le competenze in materia di navigazione e trasporto marittimo, vigilanza sui porti, demanio marittimo, sicurezza della navigazione e trasporto sulle acque interne del Ministero dei lavori pubblici e del Ministero dei trasporti e della navigazione sono state trasferite al Ministero delle infrastrutture e dei trasporti poi articolato, salvo il periodo maggio 2006-maggio 2008 in cui venne distinto in Ministero dei trasporti e Ministero delle infrastrutture.
Ancora oggi i compiti del Corpo delle capitanerie di porto riguardano: ricerca e soccorso in mare; sicurezza della navigazione su naviglio mercantile e su naviglio straniero che fa scalo nei porti nazionali; protezione dell'ambiente marino; controllo sulla pesca marittima; formazione del personale marittimo; iscrizione del naviglio e contenzioso per i reati marittimi depenalizzati, polizia marittima; arruolamento del personale militare; archeologia subacquea; interventi anti immigrazione.