Per quanto riguarda le finanze fu riformata l'imposta diretta che gravava sui beni immobili e quella del macinato, trasformata in " tassa di famiglia ", riscosse, come nel passato, dai camarlinghi comunitativi, ma gestite dalla depositeria generale. Fu ripristinata l'amministrazione generale delle regie rendite e fu istituita quella del registro ed aziende riunite, in ottemperanza alle leggi sulla imposta di registro, sulla carta bollata e sulle carte da gioco. Nel 1817 fu istituita la deputazione sopra il catasto, per sovrintendere alla compilazione del catasto particellare.
Per quanto riguarda la ripartizione del territorio e l'organizzazione delle amministrazioni comunitative, nel 1814 furono ripristinate le vecchie circoscrizioni territoriali delle comunità. La loro amministrazione era controllata da cinque uffici periferici che dividevano in altrettanti compartimenti il territorio del granducato: la camera delle comunità di Firenze, l'ufficio generale delle comunità di Siena, l'ufficio dei fossi di Pisa, dal 1815 l'ufficio dei fossi di Grosseto e dal 1825 la camera di soprintendenza comunitativa di Arezzo. Veniva anche ripristinata per gli affari più importanti la carica di soprassindaco e soprintendente generale alle comunità. Era abolita la direzione dei ponti e strade istituita dal governo francese e le sue competenze aggregate a quelle degli organi di controllo delle comunità.
Nel 1825 fu istituita la soprintendenza alla conservazione del catasto e al corpo degli ingegneri il cui capo conservava le attribuzioni del soprintendente generale alle comunità ed inoltre aveva il controllo sugli ingegneri i ed ispettori che nei cinque compartimenti dirigevano i lavori pubblici. La separazione fra queste due funzioni avvenne nel 1834 quando la soprintendenza alla conservazione del catasto ed al corpo degli ingegneri fu abolita e sostituita da due uffici separati: l'ufficio per la conservazione del catasto e la direzione del corpo degli ingegneri d'acque e strade. Nel 1840, con la creazione della soprintendenza generale alle comunità, veniva ripristinato un organo centrale di controllo che faceva da tramite fra le camere di soprintendenza comunitativa e le segreterie.
Il sistema comunale rimase così invariato fino al 1848.
Per quanto riguarda l'amministrazione della giustizia la sua organizzazione fu profondamente modificata da quella in vigore fino al 1808. Nel 1814 il territorio del granducato era stato diviso in vicariati ciascuno dei quali comprendeva più podesterie, mentre nelle città più importanti come Pistoia, Pontremoli (in provincia di Massa-Carrara) e Grosseto erano stati istituiti i commissari regi. In Firenze erano stati istituiti tre commissari di quartiere, mentre solo nel 1840 fu creato il commissario regio con funzioni analoghe agli altri. In Pisa, Siena, Livorno e Portoferraio (in provincia di Livorno) furono istituiti governi civili e militari con annessi i tribunali degli auditori equiparabili a quelli dei commissari regi. Questi funzionari e magistrati erano alle dipendenze del buon governo come ufficiali di polizia. Come giudici, a parte i podestà che avevano la sola giurisdizione civile, avevano giurisdizione civile e criminale.
Nello stesso 1814 fu rimessa in vigore la consulta, organo supremo che, oltre a funzionare come consulente del governo, controllava l'amministrazione della giustizia civile e criminale e fungeva da giudice supremo per la revisione delle sentenze. Fu inoltre istituito in Firenze il consiglio supremo di giustizia civile come tribunale di secondo ed ultimo appello.
La funzione di giudice collegiale di primo appello fu attribuita a cinque ruote civili di prime appellazioni istituite in Firenze, Siena, Pisa, Arezzo e Grosseto. Ciascuna di esse giudicava le cause sulle quali si erano pronunziati i tribunali del rispettivo circondario. Questi erano i vicari e i podestà. I primi avevano la giurisdizione criminale in circoscrizioni territoriali che comprendevano più podesterie ed erano giudici civili parificati ai podestà nella loro circoscrizione. Nelle città capoluogo e nei centri più importanti vi erano inoltre i seguenti tribunali: in Firenze il magistrato supremo civile, il tribunale commerciale e i tre commissari di quartiere; in Siena, Pisa e Livorno l'auditore di governo e il suo cancelliere civile; in Arezzo, Pistoia, Pontremoli e Grosseto il commissario regio e il cancelliere civile. In Livorno vi era anche il magistrato civile e consolare di prima istanza e a Pistoia il tribunale civile collegiale.
Il sistema che regolava le varie istanze era il seguente: le cause civili in cui il valore della cosa controversa era inferiore alle duecento lire erano giudicate in prima istanza dai podestà, e in appello davanti al vicario competente, quelle giudicate dai vicari in prima istanza erano discusse davanti ai commissari regi ed agli auditori territorialmente competenti. In Firenze queste cause minori venivano discusse davanti ad uno dei tre commissari di quartiere competenti per territorio o ai " coadiutori " inviati a reggere le sette podesterie suburbane di Campi (Campi Bisenzio), San Casciano (San Casciano in val di Pesa), Fiesole, Galluzzo (Galluzzo-Certosa) [ nel comune di Firenze ] Fiorentino), mentre l'appello si teneva presso il magistrato supremo civile. Per esse non era concesso secondo appello. Le cause che riguardavano i minori e gli incapaci e quelle in cui interveniva il fisco come reo o come convenuto si celebravano in prima istanza davanti ai vicari o ai commissari regi, o agli auditori. Il sistema giudiziario del granducato prevedeva solo due appelli per le cause maggiori. Era però concesso presentare al sovrano una supplica per ottenere la revisione della sentenza, nel qual caso la cognizione della causa spettava alla consulta.
Per quanto riguarda la giurisdizione penale, furono istituite presso i governi civili e militari di Siena, Livorno e Portoferraio e presso i commissariati regi, che avevano un auditore come giudice e consulente legale, cancellerie criminali che istruivano i processi giudicati dall'auditore. Per i reati più gravi fu istituita una ruota criminale in Firenze con giurisdizione su tutto il granducato e fu affidata la giurisdizione criminale alla ruota civile di Grosseto, con competenza territoriale per la provincia inferiore senese. Le sentenze penali erano inappellabili; la parte lesa poteva interporre appello presso i tribunali civili solo per la liquidazione dei danni ed altri riflessi civili delle sentenze penali. Era tuttavia permesso inoltrare ricorso alla consulta per chiedere la revisione del processo.
Questo stato di cose durò fino al 1838, quando con motuproprio del 2 agosto l'organizzazione dei tribunali civili e criminali venne profondamente mutata. La consulta venne divisa in due "collegi" di cui il primo mantenne la funzione di supremo regolatore dell'amministrazione della giustizia e di organo di consulenza del governo, il secondo, chiamato corte suprema di cassazione, ebbe le mansioni di supremo giudice dei ricorsi che non ammettevano appello ed ebbe competenza nei conflitti di giurisdizione. Venne istituita in Firenze la corte regia, giudice d'appello civile e criminale, con giurisdizione per l'intero granducato. Abolite le ruote, furono creati i tribunali collegiali di prima istanza civili e criminali in Firenze, Livorno, Pisa, Siena, Arezzo, Grosseto, Pistoia, San Miniato (in provincia di Pisa), Montepulciano (in provincia di Siena) e Rocca San Casciano (in provincia di Forlì) e furono creati due tribunali dell'auditore giudice di prima istanza, con la sola giurisdizionecivile, mentre i processi criminali dovevano essere portati davanti ai tribunali di Pisa e di Livorno.
Venne riformata anche la giurisdizione dei vicari, dei commissari regi, dei direttori di atti criminali e dei podestà.
L'amministrazione della giustizia civile era affidata ai vicari regi, ai giudici civili di Firenze, Arezzo, Livorno, Pisa, Siena e Pistoia e ai podestà, che erano al grado più basso della gerarchia, ai tribunali di prima istanza, alla corte regia e alla consulta come corte di cassazione. I primi potevano giudicare cause nelle quali la cosa controversa non superasse il valore di quattrocento lire. Per quelle fino a settanta lire le sentenze erano inappellabili, mentre per le cause di valore superiore era ammesso il ricorso ai tribunali di prima istanza. Questi ultimi erano competenti per determinate materie e per cause di qualsiasi valore e le loro sentenze erano definitive nelle cause di appello contro quelle dei vicari regi, dei giudici civili e dei podestà e in quelle di valore non superiore alle ottocento lire. Per le cause superiori era concesso l'appello alla corte regia, che era esclusivamente tribunale di appello, le cui sentenze erano definitive. La consulta come suprema corte di cassazione trattava, fra l'altro, i ricorsi per la cassazione delle sentenze definitive.
La giustizia criminale era amministrata dalla consulta come corte di cassazione, dalla corte regia, dai tribunali di prima istanza e dai vicari regi e dai giudici, direttori degli atti criminali presso i tribunali di prima istanza. Furono anche istituite le procure che sostenevano nei giudizi la parte del pubblico ministero. La consulta doveva giudicare sulla cassazione delle sentenze inappellabili, la corte regia aveva competenza per i reati puniti con pena superiore a quella dell'esilio dal compartimento governativo. I tribunali di prima istanza erano competenti per i reati puniti con l'esilio dal compartimento nel quale si estendeva la loro giurisdizione e con pene minori; i vicari regi e i giudici degli atti criminali giudicavano i furti semplici e altri lievi reati per i quali la pena prevista non fosse superiore a otto giorni di carcere o a venticinque lire di multa. Le sentenze della corte regia e dei tribunali di prima istanza erano inappellabili. Il 22 settembre 1841 la corte di cassazione fu definitivamente separata dalla consulta.
Questo ordinamento restò in vigore fino al 1848 quando, in conseguenza della promulgazione dello statuto, anche alcune strutture più strettamente legate ai centri della direzione politica subirono profonde trasformazioni. Vennero abolite, infatti, le segreterie e al loro posto istituiti i ministeri dell'interno, degli esteri, di giustizia e grazia, della guerra, degli affari ecclesiastici e della pubblica istruzione. Il vecchio consiglio di Stato, finanze e guerra fu sostituito dal consiglio dei ministri. Furono aboliti la consulta, la presidenza del buon governo, l'ufficio delle revisioni e sindacati, la soprintendenza generale alle comunità, le camere di soprintendenza comunitativa, i vicari, i podestà e fu creata una nuova organizzazione centrale e periferica. AI posto della consulta fu istituito il consiglio di Stato, organo consultivo e giurisdizionale competente per la giustizia amministrativa; l'ufficio delle revisioni e sindacati fu sostituito dalla corte dei conti. La direzione della polizia e la tutela dei comuni furono assunte direttamente dal ministero dell' interno che, a tale scopo, fu organizzato in due sezioni: comunità e guardia civica e polizia. Alle camere di soprintendenza comunitativa, già sottoposte alla segreteria di finanze, furono sostituite le prefetture, in Firenze, Lucca, annessa col suo territorio nel 1847, Siena, Pisa, Arezzo, Grosseto e Pistoia, quest'ultima abolita nel 1851. In Livorno e Portoferraio furono istituiti due governi civili e militari. Nell'ambito territoriale della prefettura di Firenze furono istituite le sottoprefetture di Pistoia (dal 1851), San Miniato e Rocca San Casciano, in quella di Pisa fu istituita la sottoprefettura di Volterra, in quella di Siena la sottoprefettura di Montepulciano. I vicari e i commissari di polizia furono sostituiti dai delegati di governo, ufficiali di polizia con funzioni di pubblico ministero nelle cause criminali davanti ai pretori. Ai podestà subentrarono i pretori, che esercitavano le funzioni di giudici civili e criminali minori. Inoltre erano ufficiali di polizia giudiziaria e, dove mancavano i delegati di governo, esercitavano mansioni di polizia amministrativa.
Questa ripartizione territoriale in compartimenti e circondari rimase alla base di tutta l'organizzazione amministrativa del granducato.
Anche le comunità furono ristrutturate con la legge del 20 nov. 1849. Fu abolito nel 1850 l'ufficio per la conservazione del catasto e le sue mansioni passarono alla direzione del pubblico censimento.
L'organizzazione delle finanze rimase invece invariata, a parte l'istituzione degli organi periferici nel territorio dell'annesso ducato di Lucca.
Per quanto riguarda l'amministrazione della giustizia fu istituita una corte regia a Lucca e le furono sottoposti i tribunali di prima istanza di Lucca, Pisa, Volterra e Portoferraio.