Dopo la soppressione della Mercanzia (1770), la giurisdizione di questo tribunale ed il suo archivio passarono alla neocostituita Camera di commercio, alla quale furono destinati gli edifici dell'Arte della seta e della Parte guelfa. L'archivio non più corrente della Mercanzia, pur rimanendo di competenza del nuovo istituto, per motivi di spazio rimase nell"Archivio grande" della Mercanzia, al primo piano degli Uffizi lunghi.

Alla fine degli anni settanta del Settecento l'archivio fu sottoposto a riordinamento, scarto e furono inviati di documenti, filze e registri ad altri uffici. L'attuale situazione sembra risalire proprio a questo intervento, salvo alcune modifiche minori nella consistenza e nelle serie apportate successivamente. Lo scarto di allora non era stato il primo, tanto che nella "Nota dei libri spurgati" redatta per l'occasione si rilevavano molte lacune nella documentazione.
Dopo che nel 1782 la Camera di commercio fu anch'essa abolita, la maggior parte delle sue competenze giudiziarie fu esercitata per undici anni dal Magistrato dei pupilli che dalla vecchia magistratura ereditò temporaneamente anche parte dell'archivio. Nel 1793 il Magistrato dei pupilli a sua volta passò la giurisdizione da poco acquisita al Dipartimento esecutivo, creato in quell'anno, che però dell'archivio della ex Camera di commercio ricevette soltanto la documentazione successiva al 1770, mentre le carte anteriori a quella data rimasero presso gli Uffizi lunghi.

La fase breve e convulsa del periodo francese (1799-1814), con l'abolizione dei tribunali granducali e la decretata riunione di tutti gli archivi pubblici in un unico Bureau d'archives générales - poi Conservation générale des archives de Toscane -, accelerò il processo già in atto di accorpamento dei complessi documentari giudiziari non più correnti. Dopo il ritorno del granduca Ferdinando III, gli archivi delle magistrature civili che non furono ripristinate rimasero uniti confluendo progressivamente in tre depositi (San Pier Scheraggio, Teatro mediceo, alcuni locali degli Uffizi corti) e, dal 1838, insieme agli archivi criminali, divennero di competenza dell'allora costituita Presidenza della Corte regia di Firenze.
Nel 1853, infine, gli archivi giudiziari civili furono ceduti all'Archivio centrale di Stato di Firenze, istituito da Leopoldo II un anno prima, dove ricevettero un nuovo ordinamento ed un'inventariazione. Per volere del soprintendente Francesco Bonaini ciascun fondo archivistico fu suddiviso in due nuclei, attraverso la separazione tra le carte prodotte in epoca repubblicana e quelle risalenti al periodo mediceo. Fu fatta un'unica eccezione per gli archivi delle Arti (che nel 1853 erano stati acquisiti solo in forma parziale dal Centrale, essendo il resto in possesso della Comunità di Firenze, che avrebbe versato a sua volta il materiale nel 1857) e per quello della Mercanzia, dei quali fu mantenuta la continuità cronologica.
In tal modo, avendo mantenuto la propria integrità, per così dire, istituzionale, la documentazione della Mercanzia non fu toccata dalla riorganizzazione generale per funzioni data ai fondi dell'Archivio centrale e voluta dal direttore Cesare Guasti negli anni settanta-ottanta dell'Ottocento.