L’interesse crescente per la gestione dell’archivio dell’Ospedale nel corso del Settecento comportò la decisione di intervenire in diversi momenti sulle carte e a distanza di pochi anni. Nel 1729 il riordino della documentazione fu affidato a Giuseppe Maria Spinosa e Ignazio Inguino, notai che maturavano in quegli anni rilevanti esperienze negli archivi: Spinosa aveva già riordinato l’archivio del Comune, mentre Inguino, che sarebbe stato assunto come archivista dell’Ospedale fino al 1754, avrebbe ordinato nel 1737 l’archivio della famiglia nobile Cacciapiatti e nel 1749 quello dell’Ospedale di San Giuliano.
L’inventario realizzato era costituito da otto tomi, intitolati "Repertorio delli Instromenti et scritture esistenti nell’Archivio del Venerando Ospitale Maggiore della Carità". Altri due volumi ne completavano la descrizione: un’addenda del 1754, probabilmente ad opera di chi assunse il posto di Inguino dopo la sua morte nella carica di archivista dell’Ospedale, forse Saverio Tabarino che venne scelto, con ordinato del 18 aprile 1754, per la carica di «archivista del Luogo Pio e ragionato dell’entrata dei cinque letti della Casa Nazaria». A questa descrizione inventariale fu affiancato un altro strumento di corredo: lo "Indice generale de capi contenuti in tutti li otto tomi delli Instrumenti e scritture esistenti nell’Archivio del Venerando Spedale Maggiore della Carità di Novara", che si presenta come una rubrica alfabetica, a scomparti con le lettere a lato.
L’archivio continuava a rappresentare un prevalente interesse per i beni patrimoniali dell’Ospedale; la gerarchia della descrizione prevedeva un ordinamento per toponimi, con relativi sottolivelli afferenti alle diverse tipologie di titoli e contratti (ragioni d'acque, eredità, locazioni, censi, transazioni, etc). Il modello di archiviazione creato da Spinosa e Inguino si dimostrò però non facilmente utilizzabile per la registrazione e la collocazione della documentazione dell’archivio corrente. Venne pertanto incaricato nel 1788 il canonico della Chiesa collegiata dell’Isola di San Giulio d’Orta, Carlo Michele Giulino, che aveva da poco portato a termine il riordino dell’archivio del Contado di Novara. Giulino per due anni si dedicò all'archivio, smantellando il precedente riordino e ricollocando tutti i documenti in rigoroso ordine cronologico, suddivisi in tre gruppi: carte sciolte (213 cartelle), miscellanea (20 cartelle, con documenti non datati) e “libri” (246 pezzi), ovvero le unità archivistiche nella forma di registri e volumi. Nella descrizione inventariale Giulino, come i suoi predecessori, incluse anche i documenti compresi nei registri notarili e non solo le carte sciolte. In generale la scelta dell’ordine cronologico derivava dal pensiero che un atto potesse mantenere un contenuto polivalente per diverse materie. Realizzò pertanto sei volumi, recanti i regesti dettagliati della documentazione inventariata tra il 1097 e il 1790, ai quali se ne aggiunse successivamente un settimo, che includeva carte fino al 1811. Per accedere alla documentazione così collocata e descritta, l’archivista curò pertanto la stesura di altri due strumenti di corredo: un repertorio, vale a dire un indice delle materie e delle categorie di interesse cui le carte erano riconducibili (per un totale di 27), e una rubrica dell’indice, ovvero una serie di voci in ordine alfabetico con i rimandi e i richiami tra le diverse materie.
A metà del secolo XIX si impose la presenza di un nuovo archivista riordinatore. L’incarico fu dato al notaio Giuseppe Garone, che si ispirò al modello milanese, dopo essersi recato nel marzo del 1850 presso l’Ospedale maggiore di Milano. Il lavoro di riordino richiese molto impegno, concludendosi nel giugno del 1854. Testimonianza di questo intervento è data dalla collocazione fisica della documentazione, condizionata da Garone in camice recanti la rubrica e il capitolo di pertinenza, e dal prospetto di classificazione, che rimane l’unico strumento utilizzabile per il ritrovamento della documentazione. L’intervento di Garone comportò inoltre alcune scelte, tra le quali la decisione di non classificare i documenti in forma di registro e volume. Scorporò inoltre le carte relative all'Ospizio degli esposti, che venne costituito come un nucleo documentario distinto. Sorte analoga subirono gli archivi ereditari, ovvero le carte di archivi familiari pervenute all'Ospedale insieme ai lasciti patrimoniali.
A seguito del deposito in Archivio di Stato avvenuto nel 1981, non esistendo un inventario che facesse riferimento al prospetto di Garone, si è provveduto a riordinare le carte seguendo la fascicolazione nelle camicie ottocentesche e il prospetto di classificazione, ricondizionando infine il materiale in nuove buste recanti un'unica numerazione di corda; si è ottenuto pertanto un inventario sommario, attribuito a Giovanni Silengo, allora direttore dell'Istituto, che, pur riproducendo l'ordinamento garoniano, se ne discosta laddove la reale sedimentazione delle carte ha comportato, per scelta dell'ultimo riordino, la rinuncia all'utilizzo di tutti i capitoli previsti. Nel rispetto delle scelte di Garone furono individuati come nuclei di carte distinte il cosiddetto Archivio ereditario, il fondo dell'Ospizio degli esposti e la serie dei volumi e registri riordinati da Giulino, che furono ricondizionati in coda alla documentazione dell'Ospedale. Sono parte integrante dell'archivio 13 volumi di mezzi di corredo antichi, afferenti ai due riordini sette-ottocenteschi di Giulino e Garone, oltre che 1056 pergamene estratte dal fondo, facenti parte di un nucleo più ampio, ricondizionate e successivamente in gran parte regestate.
A partire dal 2019 lo strumento di Silengo è stato revisionato e riversato su software Archimista da Davide De Franco e Chiara Quargnolo, in attesa di una inventariazione dettagliata.