A seguito dell’incendio del 1781 l’archivio venne ricostituito e la documentazione continuò a sedimentarsi fino al settembre del 1800, quando l’Intendenza, poco più di un anno dopo il ritorno della dominazione francese, smise definitivamente di svolgere i suoi uffici. La corrispondenza venne inviata dal 5 luglio 1800 all'indirizzo del cittadino Marentini, reggente della Segreteria agli Affari interni, terminando definitivamente il 6 settembre 1800, data dell'ultima nota. Si ritrova però un conto esattoriale del Comune di Vignarello, redatto nel 1801.
Durante la Restaurazione, con la ricostituzione dell’Intendenza divisionale, le carte del precedente ufficio d’antico regime non furono incluse nel ricostituito archivio ottocentesco, sebbene in esso siano comunque confluite alcune carte settecentesche.
Ne conseguì che le sorti dell’archivio dell'Intendenza, altre volte detta “Intendenza antica”, si chiusero con l’epoca francese, confluendo infine, come altri archivi di istituzioni cessate con la fine dell'antico regime, nella disponibilità del Comune di Novara.
La documentazione è stata consegnata all’Archivio di Stato di Novara a seguito di Decreto del Ministro dell’Interno 3 giugno 1970, con la quale fu approvata la convenzione del 4 agosto 1969 relativa al deposito dell’Archivio storico del Comune di Novara nel costituendo Archivio di Stato. Con nota protocollo del 2 marzo 1972 l’allora direttore Giovanni Silengo comunicava alla Direzione Generale degli Archivi di Stato l’avvenuto deposito dei fondi afferenti al Comune di Novara, ai quali si aggiungevano le carte delle nobili famiglie Tornielli e Brusati. Silengo specificava che sarebbero stati contestualmente depositati, a titolo di definitiva restituzione allo Stato, i fondi archivistici statali pervenuti al Comune all’inizio del Novecento: si trattava dei fondi dei Contadi di Novara, di Vigevano e dell’Intendenza settecentesca, oltre che il fondo della Prefettura del Dipartimento dell’Agogna.
Negli anni successivi alla restituzione Silengo diede un primo ordinamento alle carte, trovandosi di fronte un fondo pervenuto senza alcun intervento successivo all’epoca francese, mancante di elenchi o altri mezzi di corredo antichi. Di conseguenza individuò alcune serie tipologiche, dedotte dall’osservazione dei registri e dei volumi che presentavano numerazioni di corda originali e titolazioni facilmente raggruppabili.
Il riordino di Silengo fu indirizzato verso l’archivio ricostituito dopo l’incendio del 1781, riguardando solamente le serie dei volumi e dei registri della corrispondenza, della contabilità comunale e delle imposizioni tributarie. L’ordinamento assegnato dall'archivista e primo direttore dell’Archivio di Stato di Novara rispecchiò le funzioni svolte dall’ufficio sullo scorcio del Settecento:

[serie] Decreti, 1791-1798, regg. 3.
[serie] Copialettere, 1781-1800, regg. 15:
- [sottoserie] Corrispondenza diretta alla Segreteria di Stato, 1781-1800.
- [sottoserie] Corrispondenza diretta alle regie aziende, 1782-1799.
- [sottoserie] Corrispondenza diretta alle regie finanze, 1781-1798.
- [sottoserie] Corrispondenza diretta a comunità e giudici, 1782-1799.
[serie] Contabilità delle comunità, 1782-1796, voll. 49:
- [sottoserie] Causati, 1782-1798.
- [sottoserie] Conti esattoriali, 1789-1796.
[serie] Tesoreria provinciale, 1781-1800, regg. 46.
- [sottoserie] Mandati di pagamento, 1781-1800.
- [sottoserie] Registri di controllo della Tesoreria, 1782-1800.
[serie] Tributi, 1791-1800, regg. 25:
- [sottoserie] Registri imposizioni della comunità, 1791-1792.
- [sottoserie] Dazi e diritti d’acque, 1793-1794.
- [sottoserie] Cavalcate e diritti feudali, 1793-1795.
- [sottoserie] Prestiti, 1793-1794.
- [sottoserie] Censi e capitali, 1793-1797.
- [sottoserie] Locazioni, 1795-1799.
- [sottoserie] Imposte sui negozianti, 1797-1798.
- [sottoserie] Cassa provinciale, 1800.

Nel corso del 2019 si è deciso di riprendere l'intero ordinamento del fondo, integrando le descrizioni archivistiche della documentazione composta da fascicoli sciolti e da volumi non inserita nel primo riordinamento.
Il riordino ha mantenuto la struttura archivistica conferita da Silengo. Sono però state integrate le serie della contabilità delle comunità e della Tesoreria provinciale, lasciando inalterate le numerazioni date in precedenza, con prosecuzione dall’unità archivistica n. 115.
Così facendo, l'originaria busta n. 115, contenente la documentazione relativa ai conventi soppressi, è stata dettagliatamente schedata e le sue unità archivistiche rinumerate.
Nel riordino sono state incluse carte sopravvissute all'incendio del 1781, inserite nelle serie tipologiche individuate nella fase di riordino, in assenza di ulteriori elementi che potessero suggerire l'architettura dell'ordinamento originario.
L'inventariazione ha pertanto prodotto una numerazione di corda unica per 255 unità archivistiche, di cui le prime 114 appartengono al lavoro di Silengo. Non è escluso che ulteriore documentazione possa essere ancora ritrovata, essendo pervenuta disordinatamente nel deposito del Comune di Novara.