Sembra che al momento della caduta della Repubblica di Venezia nel 1797 la documentazione dell'archivio dei rettori sia stata oggetto di furti e danneggiamenti, che purtroppo non sono oggi quantificabili con precisione. Ulteriori danni sono stati causati da un incendio scoppiato nelle carceri del Palazzo dei rettori nel 1800, i cui locali si trovavano sottostanti alle stanze in cui era conservato l'archivio. In ragione di questi due eventi la maggior parte della documentazione dev'essere andata dispersa o distrutta, tanto che oggi non si conservano che una parte dei registri di sentenze penali e alcuni fascicoli processuali.
L'inchiesta archivistica sulle province del Regno lombardo-veneto, avviata nel 1819, testimonia che in quel momento i resti dell'archivio dei podestà e capitani in materia giudiziaria furono trasferiti nell'antico Palazzo della Comunità, dove aveva sede il Tribunale provinciale di prima istanza. Nuove notizie sull'archivio risalgono solamente al periodo postunitario. Nel 1874 era ancora presso il Tribunale, come testimonia il riferimento presente in un'inchiesta sugli archivi degli enti statali condotta dal Ministero dell'Interno, da quell'anno competente in materia archivistica per tutto il Regno d'Italia. Poi, nel 1880, è la Statistica degli archivii della Regione Veneta di Bartolomeo Cecchetti, direttore dell'Archivio di Stato di Venezia, a testimoniare la permanenza del fondo in Tribunale, nell'occasione quantificato in 38 buste e 57 registri, una consistenza in linea con quella odierna.
Sin dal 1879 il Municipio di Belluno, venuto a conoscenza dell'esistenza della documentazione, aveva fatto richiesta al Tribunale al fine di ottenerlo in deposito per arricchire il Museo civico, da poco inaugurato. Contrariamente alla richiesta, il Ministero di grazia, giustizia e culti - interrogato al riguardo dal Tribunale - dispose che i registri fossero consegnati all'Archivio di Stato di Venezia. Nonostante il ricorso da parte del Municipio, nel maggio il Ministero dell'interno confermò la decisione. Dal canto suo, Cecchetti richiese al Tribunale se, insieme ai registri, si conservassero anche i fascicoli processuali: avutane conferma, lo stesso direttore dei Frari autorizzò il trasferimento dell'intero nucleo documentario. Una serie di lungaggini burocratiche ritardò l'invio degli atti sino ai primi mesi del 1881, quando la consegna fu completata e il fondo venne sistemato nei locali di San Nicoletto, da poco acquisiti dall'Archivio di Stato.
Pochi anni dopo il suo arrivo a Venezia, il fondo è stato oggetto di restauro. Questo intervento ha danneggiato in maniera sensibile i registri di sentenze, poiché su quasi tutte le unità documentarie è stato apposto un dorso in cuoio all'esterno dei piatti in legno, compromettendo l'originaria legatura archivistica in cui il dorso è all'interno dei piatti in legno. In ogni caso, il fondo rimase all'Archivio di Stato di Venezia sino al 1990, venendo così tutelato dagli eventi bellici che hanno sensibilmente decurtato il patrimonio archivistico di Belluno e in particolare quello del Tribunale, completamente distrutto in occasione dell'invasione austro-tedesca successiva alla disfatta italiana di Caporetto (novembre 1917). Presso l'Archivio di Stato di Venezia il fondo è stato sommariamente inventariato a cura di Bianca Lanfranchi Strina tra gli anni '60 e '70, andando così a sostituire l'elenco di versamento compilato nel 1880.
Nel 1990 il fondo è stato trasferito per competenza territoriale all'Archivio di Stato di Belluno. Con il ritorno "a casa" dei registri e dei fascicoli venne effettuato un nuovo restauro dei pezzi e furono organizzate una serie di iniziative pubbliche, tra cui una mostra, volte a valorizzare la conoscenza dell'importante patrimonio archivistico.
Tra il 2016 e il 2017 il fondo è stato oggetto di un nuovo intervento di inventariazione analitica da parte di Stefano Talamini nell'ambito dell'elaborazione della tesi di laurea triennale presso l'Università degli studi di Trento.
I dati della presente scheda sono stati inseriti in occasione del progetto iniziato nel 2022, in collaborazione tra l’Istituto Centrale per gli Archivi – ICAR e l’Università degli studi di Trento – Dipartimento di lettere e filosofia, volto a censire e descrivere i fondi archivistici prodotti da magistrature di governo operanti nel territorio della Repubblica di Venezia (con particolare riferimento alla provincia di Belluno e alla regione Friuli-Venezia Giulia) nel corso dei secoli XV-XVIII.