Durante le operazioni preliminari per accogliere i versamenti delle amministrazioni statali spezzine prezioso fu il contributo dato dall'allora direttore della Biblioteca civica Ubaldo Formentini.
L'Istituto conseguì la sua autonomia da quello di Genova e divenne Archivio di Stato nel 1963, in applicazione del decreto del Presidente della Repubblica n. 1409 del 30 settembre 1963.
Nell'ottobre del 1977, per far posto al Provveditorato agli studi, si dispose il trasferimento nell'attuale sede di via Luigi Galvani 21 nel quartiere Valdellora, al piano terra di un condominio che in precedenza ospitava l'Istituto per geometri della città. Già all'epoca la direttrice Giannina Pastorino ebbe modo di sottolineare come la zona fosse troppo periferica e poco servita dai mezzi pubblici. Negli anni successivi queste considerazioni, unitamente all'accrescimento del patrimonio documentario acquisito e al crescente orientamento del Ministero a favore delle attività di valorizzazione, hanno indotto l'Amministrazione archivistica ad acquistare per l'Istituto spezzino una sede più idonea.
Nei prossimi anni, quando saranno ultimati i lavori, è previsto che l'Archivio di Stato si trasferisca in un edificio della fine del XIX secolo nel centro della città, a poche centinaia di metri dalla stazione ferroviaria e vicino ad altri luoghi della cultura cittadina.