Allo scioglimento della Società, avvenuto nel 1890 per la diminuzione del numero di soci, il rallentamento delle attività di scavo e le ristrettezze economiche, le collezioni passarono al Comune di Novara, e da qui al Museo Civico, che aprì al pubblico solo nel 1910, con sede nel Palazzo del Mercato, dove furono esposti quadri, monete, armi, bandiere. L'istituzione era animata dalla direzione di Gianbattista Morandi, storico e paleografo, grazie al quale le collezioni novaresi si arricchirono di ulteriori lasciti e donazioni.
Alla sua morte divenne direttore Alessandro Viglio. Nel 1928 il Museo si arricchì della collezione etnografica di Ugo Ferrandi, mentre tra il 1930 e il 1938 ricevette la donazione della galleria di quadri da parte di Alfredo Giannoni. Nel 1937 fu acquisito il Museo Faraggiana di storia naturale, e nel 1960-1968 la collezione teatrale del conte Carlo Caccia di Romentino. Altre donazioni arricchirono il variegato patrimonio, tra le quali figura il lascito immobiliare esterno al territorio comunale, la Villa Faraggiana di Albisola Mare, in Liguria.
Negli anni quaranta le collezioni furono risistemate nel Palazzo del Broletto. Nella seconda metà del secolo si esaurì la fase propulsiva di acquisizione delle opere, fortemente incentivata dopo la fondazione del Museo. Erano entrate, in questo vasto patrimonio, le raccolte di manoscritti, frammenti di archivi, collezioni di carte e pergamene, grazie all'opera di eruditi fortemente impegnati nella ricerca e nella promozione della memoria storica novarese quali, oltre a quelli già citati, Giuseppe Garone, Prospero Bollini, Giuseppe Fassò, Raffaele Tarella, Finazzi, Carlo Negroni, Alessandro Viglio, Maria Giovanna Virgili.
Nel 1934 la vasta raccolta di documenti archivistici e bibliografici, meglio conosciuta come "Fondo museo", distinta dalle carte prodotte dall'ente stesso nell'esercizio delle sue funzioni istituzionali, fu trasferita presso la Biblioteca Civica Negroni di Novara, dalla quale fu depositata all'Archivio di Stato nel 1972. Al momento del trasferimento all'Archivio di Stato venne allegato un elenco topografico di consistenza.
A partire dal 2022 è cominciato un vasto intervento di descrizione, riordino, inventariazione e parziale ricondizionamento, volto a fornire gli strumenti necessari alla consultazione dell’iperfondo.
Inoltre, nel portale “Archivio Digitale” dell’ICAR, sono state rese disponibili le digitalizzazioni delle raccolte pergamenacee.
Al momento del trasferimento all'Archivio di Stato venne allegato un elenco topografico di consistenza.