Durante il governo del commissario provvisorio Zini, che durò 5 giorni dal 15 al 19 giugno, gli organi di governo non furono dei veri e propri ministeri, ma delle delegazioni con a capo un delegato provvisorio: Gaetano Galli all’azienda delle Comunità; Francesco Carpi a Grazia e Giustizia; Luigi Terni alla Finanza; Giovanni Vecchi alla Pubblica istruzione; Giuseppe Camurri alle Armi; Camillo Pagliani ai Lavori pubblici, mentre la delegazione degli Esteri e del Buon governo faceva capo direttamente al Commissario.
Luigi Carlo Farini, nominato governatore delle Provincie Modenesi, prese il potere il 19 giugno e, secondo le indicazioni del decreto luogotenenziale del 15 giugno 1859, n. 3441, istituì quattro Direzioni che iniziarono a funzionare a partire dal 29 giugno: Grazia, giustizia e culti; Amministrazione provinciale e comunale, Guardia nazionale, sanità, opere pubbliche, pubblica sicurezza, telegrafi, archivi, opere pie, catasto, carceri e asili; Istruzione pubblica, belle arti e biblioteche; Finanze, commercio e agricoltura, beni camerali ed allodiali. Affidò la prima alla direzione di Luigi Chiesi; la seconda ad Edmondo Musi; la terza a Geminiano Grimelli e la quarta a Luigi Terni. Tutti e quattro facevano riferimento al Gabinetto particolare del governatore, che trattava direttamente gli affari di politica estera e quelli di carattere militare.
Dopo la nomina a dittatore il Farini con decreto del 29 luglio, n. 3, riorganizzò l’amministrazione dello Stato creando sei ministeri, ciascuno con un segretario generale, affidati ancora a dei direttori, che poteva convocare quando lo ritenesse opportuno: Grazia e giustizia - affari di grazia e giustizia, di culto, archivi notarili e giudiziari, conservatoria delle ipoteche, amministrazione dei beni allodiali affidato a Luigi Chiesi, segretario Gallicano Biagi; Interno – amministrazioni provinciali e comunali, sanità, opere pie, carceri, catasto, sicurezza pubblica, statistica affidato a Edmondo Musi, sostituito interinalmente da Carlo Malmusi e definitivamente affidato dal 16 settembre a Luigi Carbonieri; Pubblica istruzione - istruzione pubblica, belle arti, istituti educativi di beneficenza, biblioteche, archivi di Stato affidato a Geminiano Grimelli, segretario Achille Menotti; Finanze – finanze, commercio, agricoltura, boschi, amministrazione dei beni camerali affidato a Luigi Terni, sostituito per breve tempo dal reggente Pellegrino Ghinelli, segretario Carlo Toschi; Lavori pubblici – lavori pubblici, poste, telegrafi, strade ferrate affidato a Giuseppe Tirelli, segretario Camillo Pagliani; Guerra – amministrazione militare, coscrizione, armamenti affidato a un reggente temporaneo inviato da Torino, Lodovico Frapolli. Tutti i ministeri facevano capo al Gabinetto particolare del dittatore, di cui era segretario Agostino Soragni, e in cui vi era una apposita sezione diretta da Emilio Visconti Venosta per gli affari esteri.
Il 23 agosto a Farini, nel frattempo divenuto dittatore anche delle Provincie Parmensi, fu confermata la dittatura dall’Assemblea nazionale delle Provincie Modenesi che si era riunita in sessione dal 16 al 23 agosto. L’Assemblea, le cui norme per l’elezione erano stabilite nel decreto dittatorio del 29 luglio n. 2, era presieduta da Giuseppe Malmusi ed era composta dai vicepresidenti Carlo Baroni e Ignazio Torelli, dai segretari Prospero Viani, Achille Menotti, Benedetto Maramotti, Enrico Brizzolari, e dai questori Luigi Zini e Francesco Selmi.
Nei mesi seguenti, fino a gli inizi di novembre Modena divenne il cuore politico della regione e fu frequentata dalle maggiori personalità politiche e militari, fu il periodo d’oro della dittatura fariniana in cui anche da un punto di vista legislativo cercò di svecchiare le strutture e potenziare le risorse economiche.