La convenzione, scaduta il 31 ottobre 1883, non fu rinnovata e il 1° gennaio 1884 il monopolio dei tabacchi tornò alla Direzione generale delle gabelle per esserne poi distaccato il 1° ottobre 1893 a seguito della creazione della specifica Direzione generale delle privative (r.d. 27 settembre 1893 n. 557), a cui fece seguito l'istituzione, presso la direzione stessa, del Consiglio tecnico per l'amministrazione dei tabacchi (r.d. 3 nov. 1893 n. 626), il quale aveva anche funzioni di organo consultivo per le determinazioni del ministro sulle materie di competenza. Trasformata con d.lgt. 3 feb. 1918 n. 235 in Direzione generale dei monopoli (sali, tabacchi, lotto, chinino, fiammiferi), con il riordino dell'amministrazione finanziaria in virtù del r.d. 25 feb. 1923 n. 539 riprese la precedente denominazione di Direzione generale delle privative, che mantenne fino alla creazione dell'Amministrazione autonoma dei monopoli di Stato, avvenuta con r.d. l. 8 dic. 1927 n. 2528, convertito nella l. 6 dic. 1928 n. 3474.
La Manifattura tabacchi a fine Ottocento con quasi 1000 dipendenti, il 90% donne, era la maggiore realtá industriale modenese. Con l’inizio del ‘900 si cominciarono a garantire alle dipendenti migliori condizioni di lavoro, nel 1905 ne fu stabilito l'accesso per concorso e l'obbligo per le operaie di avere almeno 15 anni compiuti (anche se l'archivio documenta la presenza di avventizie tra i 10 e gli 11 anni fino al 1913).
Nel 1902 l'opificio conobbe importanti lavori di ampliamento, con la costruzione di 4 nuovi edifici, di ristrutturazioni e migliorie nei servizi interni (riscaldamento, areazione, illuminazione, spogliatoi, latrine, infermeria, refettorio) inoltre, la predominante presenza femminile, portò nel 1908 all'apertura del baliatico interno per i figli delle dipendenti.
Dagli anni Venti, il netto aumento del consumo di tabacco portò ad un progressivo perfezionamento tecnico delle macchine per la produzione di sigarette e alla completa scomparsa del confezionamento manuale dei sigari; nel 1921 i dipendenti superarono le 1500 unità e nel 1939 il comparto venne ampliato per le macchine per la produzione delle sigarette. Nel 1941 fu istituita la sezione di Carpi allo scopo di preservare lo svolgimento dell'attività manifatturiera in caso di bombardamenti sull'opificio di Modena, che infatti data la sua posizione in prossimità della stazione ferroviaria subì rilevanti danneggiamenti degli edifici. La produzione nel dopoguerra riprese e continuò arrivando negli anni Ottanta ad impiegare oltre 700 persone. A fine anni Novanta il piano di ristrutturazione dei monopoli di Stato avviò il processo verso la chiusura della Manifattura Tabacchi modenese.
Nel 1998 le attività di produzione e distribuzione dei tabacchi lavorati e del sale, svolte fino ad allora dai Monopoli, furono trasferite all'Ente Tabacchi Italiani (ETI) che nel 2000, nell'ambito dei processi di privatizzazione e dismissione delle attività produttive pubbliche, divenne una società per azioni. La Manifattura tabacchi cessò l’attività il 21 dicembre del 2001, lo stabilimento, la cui proprietà immobiliare passò a FINTECNA, finanziaria a partecipazione statale, fu smantellato e dismesso il 30 settembre 2002.