Nel primo periodo borbonico l’Intendente di marina svolge funzioni non sempre ben definite da ordini, regolamenti e prammatiche: si attiene a quanto analogamente stabilito per l’Intendente dell’esercito. La sua posizione amministrativa è abbastanza rilevante: egli funge da traite d’union tra la Contadoria principale di marina e la Tesoreria generale. Tocca all’intendente dare l’ordine alla Contadoria di predisporre e registrare la liquidazione di spesa; ricevutone poi l’assenso, impegna la Tesoreria generale al pagamento.
Nel 1779, essendosi resa isolata la segreteria d’azienda di marina da quella della guerra, formandone un ramo separato, l’Intendente assume la denominazione di Ministro intendente, ma dal 4 giugno 1780, rifondendosi le due segreterie in una sola (segreteria d’azienda di guerra e marina retta da Giovanni Acton) tutto ritorna come prima, non senza strascichi per l’Intendenza di marina coinvolta, più che quella dell’Esercito, in un processo di declassamento di ranghi voluto dal re a seguito di disorganizzazioni e forti contrasti interni. Conseguentemente dal 1792 al 1805 non compare, nei documenti, la voce Intendenza di marina. Durante tale vacanza la Contadoria principale di marina surroga le incombenze dell’intendenza.
Con l’avvento dell’occupazione francese, il regio decreto del 24 giugno 1806 sull’organizzazione del Corpo della real marina prevede un capo d’amministrazione “alla testa di tutti i dettagli” (art.25). Le successive leggi organiche del 20 settembre 1809 sulla marina militare attribuiscono ad un direttore generale (per il personale) e ad un capo d’amministrazione (per il materiale) l’amministrazione contabile, ma non fanno ancora menzione sugli eventuali compiti dell’Intendente. Solo nel 1815 incomincia ad essere regolamentata la figura dell’Intendente: si apprende che egli percepisce il “soldo mensile di ducati 300 e di ducati 22 per indennità di alloggio” (v. regio decreto n. 180 del 6 novembre 1815 relativo agli averi di terra e di mare degli “uffiziali generali impiegati della Real Marina”).
Con l’organizzazione del Corpo di amministrazione della real marina (regio decreto n. 424 dell’8 luglio 1816) comincia a delinearsi e a valorizzarsi la nuova figura dell’Intendente che di questo corpo ne è il capo responsabile. Inoltre con altro decreto n. 425 sempre dell’ 8 luglio 1816, si apprende che dell’istituenda Giunta amministrativa di sanità e la direzione degli ospedali di marina l’Intendente ne sarà Presidente. Nel 1836 l’Intendente generale ritorna a far parte integrante del Consiglio della real marina, dopo essere stato temporaneamente escluso a seguito del rimpasto organico che in seno a tale consiglio si era avuto. Volendo riassumere, l’Intendenza generale di marina, organo amministrativo rappresentante l’ufficio ove l’Intendente esercita la sua giurisdizione, è incaricata della contabilità di ogni genere, della formazione dello stato discusso, dell’amministrazione dei viveri e della presentazione dei conti della gran corte dei conti.
La nuova ondata di riforme, susseguente ad un cambiamento politico, a seguito delle note vicende del 1821, non risparmia la real marina. Con regio decreto n. 812 del 7 ottobre 1823 viene fissata una nuova pianta organica che, per la parte amministrativa, possa adeguarsi “ai sistemi della Tesoreria generale al pari delle altre amministrazioni”. In effetti, per la parte amministrativa, la real marina viene invitata ad accostarsi al modello “esercito”. Il già citato decreto, tra l'altro, ne preannuncia l'istituzione di una giunta dei contratti di marina (avente l' ”obbligo di celebrare i contratti e decidere sul contenzioso dei medesimi, nello stesso modo che si trova stabilito per la giunta de' contratti del ramo guerra” e, inoltre, “dovrà vendere per via d'incanto i legni ed i generi inutilizzati e non più servibili ad alcun uso, versandone il prodotto alla Tesoreria generale) ne attribuisce le funzioni di presidente all'Intendente generale (art.7). Tale Intendente, “pel suo ramo. avrà gli stesi doveri, attribuzioni, andamento del servizio e responsabilità che ha l'Intendenza generale dell'esercito verso il ramo di guerra; egli è il capo del commissariato della real marina” (art.8).
Come si vede, incombenze, responsabilità, onori ed oneri diventano carichi sempre maggiori per l'Intendente. Egli risulta la vera spina dorsale dell'amministrazione della real Marina allorchè Ferdinando II, favorevole ad una svolta significativa nella politica militare marittima del Regno delle due Sicilie, iniziata con un aumento della forza navale, statuisce un nuovo decreto organico.
Tale decreto (n. 721 del 24 gennaio 1832) nel fissare, all'art. 1, la nuova composizione delle branche amministrative della real marina (“1. Intendenza generale e segretariato; 2. Verifica e contabilità in denaro ed in genere; 3. Archivio generale; 4. Ruoli e rassegne, viveri ed ospedali, e personale de' telegrafi; 5. Materiale di arsenale e parco di artiglieria; 6. Costruzioni e risarcimenti, servi di pena e porti; 7. Giunta dei contratti; 8. Pagatoria del dipartimento di Napoli; 9. Cantiere di Castellammare; 10. Dipartimento di Palermo; 11. Dipartimento di Messina”) precisa che il servizio dell'Intendenza Generale e segretariato “unirà tutte le attribuzioni assegnate dalle ordinanze generali della real Marina all'Intendente generale della medesima ed al suo segretariato” (art.2), ovvero, l'ufficio dell'Intendenza accentrerà, espleterà quelle che erano le singole competenze dell'Intendenza generale.
Un altro compito particolare viene ancora demandato all'Intendente: quello della scelta di dodici giovani, col titolo di “meritori” senza soldo, tra i più meritevoli della real marina, da destinarsi negli uffici amministrativi (art. 17 del decreto organico).
Nel 1836 l'Intendente generale ritorna a far parte integrante del Consiglio della real marina - “ad oggetto di meglio assicurare il buon successo del servizio ed armonizzare con lo stesso l'amministrazione dell'armata di mare” (art. 2 regio decreto n. 3741 del 16 dicembre) – dopo essere stato temporaneamente escluso a seguito del rimpasto organico che in seno a tal consiglio s'era avuto (decreto n. 812 del 7 ottobre 1823).
Altra attribuzione che tanto grava sull'Intendenza generale è la concessione dell'autorizzazione a liquidare le pensioni dirette e di reversibilità.
Nell'amministrazione della real marina borbonica, da come si è potuto desumere, spesso leggi si sovrappongono a leggi, uffici amministrativi sono creati e disfatti con una certa facilità a prescindere o meno da capovolgimenti politici, sovente questioni di competenza tra i vari organi e tra i vari ufficiali risultano fonte di diatribe, di sperperi, di disorganizzazione.
Per porre rimedio a tutto questo, Ferdinando II istuisce con regio decreto n. 1802 del 3 agosto 1850, il Consiglio di ammiragliato: una efficace sovrastruttura interposta tra i capi dei vari servizi e il Ministero di guerra e marina.
Con regio decreto 10 gennaio 1861 viene soppresso il Ministero della Real marina borbonica, ma l'Intendenza generale giuridicamente continua per un breve periodo a svolgere la sua ordinaria amministrazione sotto il controllo del nuovo ufficio di commissariato del II dipartimento marittimo di Napoli. Solo da 1 ottobre 1861 gli ufficiali della soppressa Intendenza generale entrano, ai sensi del decreto del 7 febbraio 1861, a far parte del corpo del commissariato della Real Marina italiana.
Intendenti della Real Marina dal 1815 AL 1860:
1815: Diodato Micheraux, maresciallo;
1817: Giovanni Marchetti, maresciallo;
1822: Luigi Frigeri, colonnello, facente funzioni;
1829: Girolamo Tanfano, brigadiere;
1832: Ferdinando Anguissola, retro ammiraglio;
1850: Girolamo De Gregorio, brigadiere;
1854: Pierluigi Cavalcanti, brigadiere;
1856: Girolamo De Gregorio, brigadiere;
1859: Antonio Palumbo, brigadiere.