Le origini di questa magistratura risalgono al periodo Carrarese, quando lo Statuto del 1372 attribuiva a quattro "deputati ad utilia" delle prerogative essenzialmente di ordine pratico, legate in particolare alla prevenzione dei numerosi incendi che, in quel tempo, devastarono la città; in seguito furono loro attribuite prerogative per la tutela delle proprietà civiche, la sicurezza pubblica e l’igiene delle strade.
Successivamente, con la dedizione di Padova a Venezia nel 1405 e la riforma dello Statuto nel 1420, le loro attribuzioni si allargarono e si accrebbero, fino ad assumere la quasi totalità delle funzioni esecutive. Nel contempo però, con la creazione di magistrature civiche che assunsero le incombenze tecniche e pratiche, le loro prerogative si modificarono, assumendo sempre più le funzioni di organo di governo generale del Comune ed assumendone anche la sua rappresentanza in quanto mancava, nell’assetto costituzionale padovano durante il periodo veneziano, un organo monocratico comunale, dato che il podestà e il capitanio erano stati trasformati in istituzioni governative periferiche dallo Statuto riformato del 1420.
Con l'occupazione francese del 1797 tale magistratura venne soppressa e surrogata nelle sue prerogative dalla Municipalità democratica; essa venne poi restaurata, assieme alle altre istituzioni civiche, nel periodo della Prima dominazione austriaca (1798-1805) assumendo però, oltre alla denominazione di deputati ad utilia/deputati attuali di epoca veneziana, anche il nome di Deputazione rappresentante il Consiglio generale della città di Padova o, più brevemente, di Deputazione del Consiglio generale. In tale periodo poi, oltre alle funzioni esecutive in ambito cittadino, la Deputazione del Consiglio generale assunse, fino al 1803, anche parte delle funzioni amministrative di governo locale che in epoca veneziana erano in capo al podestà e al capitanio, esercitate per mezzo del cosiddetto "Deputato delegato", in merito soprattutto ai rapporti con il governo centrale veneziano, alla pubblica sicurezza e all’ordine pubblico, all’approvvigionamento alimentare della città e ai rapporti con le istituzioni della provincia.
Dal registro dei verbali delle riunioni della Deputazione del Consiglio generale risulta che la sua attività venne interrotta dal 19 aprile 1797 al 25 marzo 1798 (Governo democratico) e dal 14 dicembre 1800 al 24 marzo 1801 (occupazione militare francese) per cessare definitivamente con l’occupazione francese del 1805, lasciando le sue prerogative alla Municipalità.