Nel 1805 la Compagnia di carità fu estromessa dalla gestione dell'ospedale e, per effetto di alcune leggi francesi risalenti agli anni 1796-1800, la nomina delle commissioni amministrative degli istituti pii fu attribuita ai comuni.
Nel 1806 il prefetto del Dipartimento di Montenotte pose l'Ospedale San Paolo e l'Ospizio dei poveri di Nostra Signora di Misericordia sotto un'unica amministrazione, denominata Commissione amministrativa degli Ospizi di Savona, la cui nomina era attribuita al Governo. I due ospedali furono posti sotto due amministrazioni distinte nel 1898.
Nel 1842 l'Amministrazione Comunale bandì un concorso pubblico per la realizzazione di un nuovo nosocomio. Il nuovo edificio, costruito nel centro di Savona, fu ultimato nel 1856 e inaugurato l'anno successivo. Nel 1856 fu ratificata la convenzione tra il Comune e l'Amministrazione degli Ospizi con l'obbligo di assumere la denominazione "Ospedale civico di San Paolo".
Negli anni 1937-1938 fu bandito un nuovo concorso pubblico per la realizzazione di un ospedale in Valloria, ma lo scoppio della seconda guerra mondiale fermò il progetto che fu definitivamente approvato solo nel 1958. I lavori terminarono negli anni '90 e l'Ospedale fu definitivamente accentrato nell'unica sede in Valloria, dopo un lungo periodo di coesistenza delle due sedi ospedaliere.