La Giunta si componeva in proporzioni differenti a seconda della sua funzione: in sede amministrativa era composta da due consiglieri di Prefettura e quattro membri eletti dal Consiglio provinciale; in sede giurisdizionale era composta dagli stessi due consiglieri di Prefettura e dai due membri elettivi più anziani. La prevalenza dell'elemento elettivo nell'esercizio della tutela doveva garantire una certa autonomia locale, almeno formalmente; in realtà la presidenza del prefetto era comunque un fattore di influenza del governo centrale sull'amministrazione locale. I membri erano in numero dispari al fine di garantire una maggioranza nelle decisioni da assumere. Con gli interventi legislativi successivi (r.d. 26 aprile 1891, n. 221; r.d. 30 dicembre 1923, n. 2839; legge 18 giugno 1925, n. 1094) la sua composizione fu modificata, aumentandone i membri ma senza mai toccare le proporzioni tra quelli elettivi e quelli governativo-burocratici. Tra il 1904 e il 1923 la funzione di tutela sugli istituti di beneficenza pubblica fu attribuita alla Commissione provinciale di assistenza e beneficenza pubblica, appositamente istituita, restando però alla Giunta "la giurisdizione contenziosa" (legge 18 luglio 1904, n. 390).
Con il regime fascista la formazione della Giunta in sede tutoria fu sottoposta a un profondo mutamento: i membri provenienti dalla Deputazione provinciale venivano infatti nominati dal segretario del Partito nazionale fascista e in numero inferiore rispetto a quelli provenienti dalla Prefettura (testo unico 3 marzo 1934, n. 383). Con il regio decreto legge 4 aprile 1944, n. 111, che disciplinava in via transitoria il funzionamento delle amministrazioni locali, anche se i membri esterni ritornarono a essere eletti dalla Deputazione provinciale, le proporzioni tra le due componenti non mutarono rispetto al testo unico del 1934.
Negli anni successivi, alla Giunta furono attribuite funzioni diverse, sia di carattere consultivo, sia di amministrazione attiva, sia giurisdizionale, nel contenzioso delle elezioni amministrative e in quello tributario dei comuni. Nonostante la Costituzione della Repubblica italiana prevedesse il passaggio della funzione di tutela (art. 130) e di quella giurisdizionale (art. 125) a organi appositi, da istituirsi in ciascuna regione, le Giunte rimasero in attività ancora per un ventennio circa. La sentenza n. 30 del 16 marzo 1967 della Corte costituzionale provocò la cessazione delle funzioni relative alla giustizia amministrativa, nelle quali subentrarono i Tribunali amministrativi regionali (legge 6 dicembre 1971, 1034). Le funzioni di controllo, invece, vennero gradualmente meno, in seguito all'emanazione degli statuti regionali che istituivano gli appositi Comitati regionali di controllo.