Nel 1369, Lucca riconquistò la libertà e dal 1370 il Collegio riprese la sua autorità con pieni poteri legislativi, amministrativi e giudiziari. Gli Anziani furono nominati anche della carica di Vicari imperiali.
Dal 1370 la città da cinque zone venne divisa in tre chiamate terzieri (San Salvatore, San Paolino e San Martino). Per ogni terziere erano previsti tre Anziani più, con un criterio di alternanza, un Gonfaloniere di Giustizia. Ogni Anziano a turno di tre giorni rivestiva la carica di Comandatore o Praeceptor. Tutti i componenti del Collegio, durante i due mesi di carica, risiedevano nel palazzo pubblico, all'epoca in San Pietro in Cortina, senza le famiglie. Le uscite erano consentite solamente a due Anziani e al Gonfaloniere per svolgere impegni pubblici mentre le uscite private erano autorizzate per questioni urgenti con il beneplacito del Comandatore. Questo ordinamento, consolidato nello Statuto del Comune di Lucca del 31 luglio 1372, rimase valido fino al 1799 con lievi modifiche.
Il Collegio convocava il Consiglio Generale, organo deliberante della Repubblica, di cui ne eleggeva i consiglieri e presentava ad esso (talvolta anche con altri organi consultivi) le materie da discutere. Eleggeva, insieme al Colloquio (consiglio consultivo di cittadini) ed al Consiglio dei XXXVI i nuovi Offizi. Forniva istruzioni, patenti e direttive agli oratori ed agli ambasciatori che eseguivano missioni o risiedevano fuori per conto della Repubblica. Riceveva e deliberava sopra le istanze delle Comunità rurali presentate da deputazioni su memoriali chiamati mandati. Riceveva e giudicava, concorde al voto di un giureconsulto, gli appelli a sentenze di varie magistrature. Concedeva salvacondotti per alcuni giorni ai condannati in contumacia per cause criminali e per debiti civili. Insieme al Magistrato dei Segretari concedeva le assicurazioni nella forma di ospitalità ai perseguitati e ai banditi di altri Stati, con l'esclusione dei colpevoli di determinati reati. Il Collegio o il Podestà come loro delegato, emanava il bando e la sentenza alla remissione di pena ai banditi. Insieme all'Offizio sopra le Entrate, oltre a definire le spese della Repubblica il Collegio poteva condonare alcuni tipi di multe o condanne pecunarie e poteva inoltre concedere la grazia nei casi meno gravi di condanne per omicidi ed offese private.
Il Gonfaloniere era la figura che presiedeva il Consiglio Generale, proponeva gli argomenti deliberati dal Collegio da trattare nelle altre magistrature. Tra le sue incombenze c'era anche quella di esporre il gonfalone, custodire e distribuire i gonfaloni delle contrade e vigilare sulla sicurezza della città. Era custode di una delle chiavi della tasca, urna dove erano conservati i nomi degli Anziani che avevano diritto di essere eletti. Insieme al Comandatore custodiva anche le chiavi della Tarpea, luogo segreto dove venivano conservati i documenti più importanti.
Il Comandatore tra i vari incarichi era responsabile della lettura e della risposta delle lettere, della loro conservazione che insieme ad altre tipologie di documenti, come le suppliche e i memoriali, venivano proposte ai consigli.