La funzione prettamente giudiziale era, per lo meno in origine, di esclusiva competenza dell'Ufficiale, che però in determinate cause, come quelle di rappresaglia, aveva l'obbligo di avvalersi del parere del Consiglio e di agire in accordo con esso. Era assistito da uno o due notai e alla fine del suo mandato era sottoposto a sindacato.
Il Consiglio oltre alle funzioni consultive aveva potere deliberativo, che spesso esercitava con la partecipazione dei Consoli delle Arti fondatrici e di un numero variabile di arroti (cioè di aggiunti). Nel corso del Trecento, il Consiglio si impose sull'Ufficiale forestiero, tanto che già dal 1355 fu stabilito che il giusdicente dovesse pronunciare le sentenze in presenza del Consiglio e quindi, in pratica, sotto il suo controllo.
Un camarlingo gestiva la cassa del Magistrato e ne custodiva il sigillo, uno o due notai deputati al banco della corte: dal 1312 al 1318 il notaio forestiero, fu unico; nel 1318 i notai, sempre forestieri, al seguito del magistrato, divennero due, in seguito l'ufficio fu assegnato a un notaio cittadino con mandato annuale. I compiti dei notai consistevano nella registrazione degli atti processuali del Magistrato; uno era era incaricato della cancellazione delle condanne (presente dal 1321), due notai erano custodi degli atti di curavano la buona tenuta e la conservazione nell'archivio della Mercanzia, li dovevano aggiornare e gestirne la consultazione e la copia da parte dei cittadini (presenti dal 1318); un notaio era deputato alla registrazione delle testimonianze (contemplato per la prima volta dagli statuti degli anni 1328-1334). In un secondo tempo furono aggiunti gli stimatori che stabilivano il valore dei beni dei debitori insolventi, pignorati o per altro motivi divenuti di pertinenza del Magistrato.
Straordinariamente si convocava l'Ufficio dei ricorsi, di cui facevano parte l'Ufficiale forestiero, i Consiglieri e due membri nominati dalle Arti maggiori; l'ufficio trattava le limitate tipologie di cause di ambito commerciale per le quali la Mercanzia aveva competenze come corte d'appello.
La Mercanzia non ebbe dapprima una sede fissa, ovvero svolgeva le proprie attività in edifici privati (dei Dominici nel popolo di San Firenze e, dal 1320 circa, degli Alberti del Giudice in piazza della Signoria). Nel 1359 fu costruito un palazzo apposito, tuttora esistente in piazza della Signoria.

Per quanto riguarda le competenze specifiche, la Mercanzia nasceva con la funzione principale di risolvere i casi di rappresaglia, sia che il provvedimento fosse diretto da stranieri contro fiorentini, sia che fosse stato intrapreso da cittadini contro forestieri. Con il tempo, attraverso provvisioni, balie e rinnovi degli statuti, lo spettro delle sue attività e delle sue prerogative si ampliò e delineò in maniera più chiara: in ambito politico, il magistrato divenne l'organo di potere e di rappresentanza collettiva delle cinque Arti maggiori dedite ai traffici internazionali e al grande commercio; nel campo giudiziario ed economico acquisì la competenza, tra le altre, sulle cause relative a fallimenti e sulle liti tra compagnie commerciali, tra soci, tra titolari delle società e loro dipendenti, tra mercanti e notai o giudici. Ebbe la facoltà di valutare la validità delle sentenze dei tribunali delle Arti - fino a quel momento se ne era occupato il Giudice degli appelli e nullità -, nonché il compito di dare esecuzione a tali sentenze. Altre competenze riguardavano la vigilanza sulle vie di comunicazione commerciali e sul comportamento dei trasportatori di merci (vetturali, noleggiatori di bestie da soma ecc.). Il Magistrato doveva inoltre controllare l'operato dei consoli delle comunità di fiorentini costituitesi nelle città straniere ed era uno dei pochi detentori del diritto di praticare la tortura durante le indagini (cfr. Statuti del Capitano del popolo degli anni 1322-1325, libro V, rubrica CXXII).
Nel 1393 furono creati gli Ufficiali dei pupilli cui spettava la tutela dei minori e degli incapaci privi di tutore. In tale occasione, la Mercanzia ricevette la facoltà di giudicare le cause che il nuovo magistrato non riusciva a concludere entro un anno.
Inizialmente alcune delle prerogative della Mercanzia venivano esercitate anche da altre magistrature, sulle questioni di rappresaglia poteva intervenire anche il Podestà. In seguito, il magistrato divenne l'unico cui ci si poteva rivolgere per la trattazione giuridica della materia commerciale.
Nel corso del Quattrocento la Mercanzia continuò ad acquisire nuovi ambiti di giurisdizione, come, ad esempio, le dispute sulle doti. Nel 1408 ebbe il compito di registrare le società al loro costituirsi e le obbligazioni di ciascun socio. Nel 1477 passarono alla Mercanzia alcune prerogative del Capitano del popolo che in quell'anno veniva abolito per la prima volta. Dopo varie modifiche, tra il 1495 e il 1496 fu attuata una revisione degli statuti, che ridefiniva le competenze del tribunale e le modalità di elezione dei suoi membri.
In concomitanza con i numerosi rivolgimenti politici e istituzionali verificatisi tra la fine del secolo XV e l'inizio del successivo le attribuzioni giudiziarie furono più volte ridistribuite tra le diverse corti cittadine, finché, nel 1502 molti dei casi di giustizia civile fino ad allora assegnati alla Mercanzia divennero di competenza del neocostituito Consiglio di giustizia. All'antico tribunale rimasero comunque le rappresaglie, le dispute commerciali e i casi di bancarotta.

Il passaggio dalla Repubblica al Principato mediceo non comportò la scomparsa della Mercanzia, che piuttosto concentrò ulteriormente la propria attività sulla giurisdizione di ambito commerciale, perdendo invece in maniera progressiva la valenza politica che fino ad allora aveva caratterizzato buona parte del suo operato. La prima riforma sotto il nuovo regime fu effettuata nel 1577 e lasciò al tribunale le controversie fra mercanti per cause di commercio e quelle fra le arti. Il magistrato poteva inoltre avocare a sé i processi che i consoli delle arti non riuscivano a redimere entro i termini previsti, continuava a svolgere funzioni di tribunale di appello per le sentenze emesse dai tribunali delle arti, delle quali acquisì la prerogativa di approvare gli statuti.
In epoca medicea (anni '70 del '500) la Mercanzia fu trasferita nei locali degli Uffizi per volere di Cosimo I, il quale, con la costruzione della fabbrica vasariana, aveva inteso concentrare in un unico edificio le principali magistrature fiorentine.
Alla fine del '600 la Mercanzia risultava composta da sei Consiglieri cittadini, in carica per quattro mesi, eletti per tratta e di età non inferiore ai 35 anni, più un giudice che dal 1690 non fu più obbligatoriamente forestiero, ma venne scelto dal granduca tra gli Auditori della Consulta. L'organico al servizio del tribunale comprendeva poi, tra gli altri, un soprintendente, due cancellieri, un camarlingo dei diritti e tasse detto anche notaio di cassa, un attuario del giudice, un archivista e scrivano assegnato al guardiano che aveva la responsabilità su beni e masserizie confiscati e depositati presso la Mercanzia. Vi erano inoltre da uno a venti notai ai banchi, con funzione di attuari.

L'avvento della dinastia lorenese (1737) non comportò mutamenti nelle funzioni del tribunale commerciale, finché non divenne granduca Pietro Leopoldo che, con motuproprio del 1° febbraio 1770, soppresse la Mercanzia e istituì la Camera di commercio, assegnandole le competenze del vecchio magistrato. La Camera di commercio a sua volta fu suddivisa in due sezioni, di cui una, quella che comprendeva gli organi direttivi e il tribunale, riprese il nome di Mercanzia, pur non avendo continuità con l'ufficio precedente. Nel 1782 fu abolita anche la Camera di commercio e con essa il suo tribunale, la cui giurisdizione passò in gran parte al Magistrato dei pupilli.