Organizzazione e personale subirono comunque dei mutamenti nel corso del tempo.
Variazioni, ad esempio, si constatano per quanto riguarda i camarlinghi, che, dopo un periodo in cui vennero nominati i tre laici soltanto, nel 1314 furono ridotti a due, entrambi religiosi e con mandato semestrale, per tornare poi ad essere più numerosi e diventare nove, quattro religiosi e cinque laici, nel 1415. Nel 1383 fu reintegrato tra gli ordini di provenienza dei camarlinghi religiosi quello degli umiliati di Ognissanti che erano stati precedentemente esclusi a favore dei frati del Carmine, di S. Marco e dei serviti.
Più in generale negli statuti del 1322-1325 le norme fissate o sedimentatesi fino ad allora nelle provvisioni canonizzate e nelle aggiunte successive furono recepite solo in parte e per molti aspetti riviste o riformate. In particolare, un'innovazione importante sembra quella legata alla creazione di un vero e proprio archivio della Camera, nella quale veniva previsto un apposito ufficio dedicato agli atti.

Alle figure fissate nelle prime disposizioni, se ne aggiunsero o si sovrapposero in seguito altre, come quelle, divenute poi fondamentali, dei provveditori. In una provvisione del marzo 1320 si stabiliva che questi dovessero essere scelti dai Signori e Collegi in numero di due, che dovessero essere cittadini fiorentini e rimanere in carica per un anno. Tenevano le chiavi della Camera e avevano la responsabilità dell'andamento generale di tutto l'ufficio. La loro importanza crebbe a tal punto che una provvisione del 1414 stabilì che, per la loro elezione, si riunissero i Signori e Collegi, i Capitani di parte guelfa, gli Otto di guardia, i Sei di Mercanzia e dieci citttadini per gonfalone e scegliessero per scrutinio quattro candidati da sottoporre poi al Consiglio del popolo, che avrebbe infine nominato i due titolari.
Originariamente la Camera si occupava della quasi totalità delle entrate (imposte dirette e indirette, prestanze, rendite di beni demaniali derivati soprattutto dalle confische dovute a bandi e condanne, gabelle per le rinunce agli uffici ecc.) e uscite (salari di magistrati, ufficiali, ambasciatori ecc., acquisti per il rifornimento di materiali necessari ai diversi uffici, affitti, spese per l'acquisto e la manutenzione di armi, stipendi degli eserciti, lavori, elemosine, ecc.) del Comune. Vi si tenevano e aggiornavano, inoltre, i registri dei contribuenti morosi. Era questa una funzione di estrema importanza e delicatezza, poiché l'essere in regola con il pagamento delle tasse era uno dei requisiti indispensabili per il conseguimento o mantenimento della piena cittadinanza e quindi dei diritti politici. Con il tempo e il complicarsi dell'apparato comunale, furono istituiti nuovi uffici e nuove magistrature che sottrassero ambiti di competenza importanti alla Camera. In particolare, all'inizio del Trecento la gestione di armi e masserizie destinate all'esercito, con relative spese, fu attribuita all'autonoma Camera dell'arme, mentre nel 1303 fu assegnata agli ufficiali delle gabelle la gestione delle imposte indirette. Dai primi del Trecento, inoltre, l'amministrazione dei beni demaniali frutto delle confische a ribelli o insolventi fu affidata a un ufficio apposito detto "dei beni dei ribelli", mentre nel 1319 per la custodia e gestione del denaro destinato alle spese militari fu creata una cassa speciale detta "della condotta". Negli anni 1343-1347 il consolidamento del debito pubblico fece sì che di questa fondamentale voce di entrata, che fino ad allora era stata di competenza della Camera, si occupassero direttamente gli ufficiali del Monte comune.

Nel 1394 per la gestione delle paghe dei soldati e provvisionati fu istituito l'ufficio del banco, con sede presso la Camera o in una stanza affittata nelle immediate vicinanze. A capo dell'ufficio dovevano esser posti due cittadini fiorentini nominati dai Signori e Collegi, il cui compito principale era quello di mediare tra la Camera del comune e i soldati, raccogliere e approntare la documentazione relativa ai pagamenti, tra cui i bollettini o "bullette", da trasmettere ai camarlinghi e, una volta ricevuta la somma che i camarlinghi consegnavano loro mensilmente attingendo all'apposita cassa della condotta, distribuire i salari. Da questi ultimi erano decurtate le ritenute dovute alle armi e all'equipaggiamento forniti in dotazione dal Comune. Il denaro ricavato dalle ritenute, tolti i salari del personale del banco, l'affitto per i locali e quanto serviva ad acquistare le masserizie e il materiale scrittorio necessari, tornava alla cassa della condotta. Gli ufficiali del banco erano infine gli unici ad avere l'autorizzazione a svolgere funzioni di procuratori dei soldati. Nell'ottobre del 1402 fu approntata una riforma in base alla quale le funzioni di ufficiali del banco venivano assegnate ai provveditori della Camera. Fu abolito il cassiere del banco, le cui mansioni passarono a quelle del cassiere della Camera. Ai provveditori, che anche per questo secondo incarico dovevano avvalersi del loro notaio e del loro scrivano, erano affiancati soltanto due addetti alla registrazione delle liste dei soldati e alla redazione degli ordini di pagamento e documentazione affine.

Con il passaggio dalla Repubblica al Principato, la Camera perse definitivamente il ruolo centrale che aveva ricoperto fino ad allora nel sistema della finanza pubblica. Sin dal governo di Cosimo I (1537-1574) le sue funzioni furono ridistribuite tra altri uffici, tra cui la Camera fiscale che, nel 1559, ne ereditò pure l'archivio.