Con provvisione del 6 agosto 1505 il Consiglio fu riformato, poiché la gestione collegiale delle cause e la prassi non ben definita riguardo alla materia degli appelli avevano creato difficoltà e lentezze nell'attività del tribunale. I giudici, forestieri e addottorati da almeno dieci anni, diventarono sei; l'incarico durava un anno con possibilità di riconferma per altri due su deliberazione del Consiglio degli ottanta; la designazione dei membri del Consiglio era affidata ai Signori e Collegi. I nomi dei prescelti, una volta che questi avessero accettato, erano imborsati e quindi sottoposti a "tratta" per l'assegnazione degli incarichi specifici.
Una novità introdotta dalla riforma, infatti, consisteva nell'abbandono quasi completo della collegialità, una delle presunte cause dell'inefficienza del tribunale nei suoi primi tre anni di vita. Al primo giudice estratto era affidato il tribunale di prima istanza per i quartieri di S. Spirito e S. Croce, mentre al secondo venivano assegnate le medesime funzioni per quelli di S. Maria Novella e S. Giovanni. Dopo sei mesi, i due giusdicenti scambiavano tra loro le circoscrizioni di competenza, in modo da preservare, almeno in via principio, la propria imparzialità. Il terzo estratto assumeva la carica di giudice di primo appello di città, contado e distretto e di secondo appello di contado e distretto. Quelli che rimanevano nella "borsa", infine, divenivano giudici di secondo appello. La gestione da parte di questi ultimi delle cause prevedeva che ciascun processo venisse istruito da uno soltanto dei tre giudici, mentre le sentenze, di cui erano rese note anche le motivazioni, dovevano essere emesse da tutti i giusdicenti insieme. Se la sentenza di secondo appello differiva dalle precedenti, era ammesso un terzo ricorso di cui doveva occuparsi tutto il Consiglio, che in questo caso era obbligato a giudicare in seduta plenaria e ad emettere la sentenza o all'unanimità o con una maggioranza di cinque voti favorevoli su sei.
Il Consiglio infine fungeva da tribunale d'appello per le cause giudicate in prima istanza dalla Mercanzia. L'amministrazione della giustizia criminale, per quella parte limitata che spettava al collegio, era demandata al solo podestà di Ruota di turno, di cui si confermava la nomina semestrale. Per quanto riguarda il personale aggiuntivo, la provvisione del 1505 prevedeva la nomina di sei notai con incarico semestrale, stipendiati dalla Camera del Comune e variamente ripartiti tra i diversi giusdicenti, il cui compito era di ricevere e rogare gli atti acquisiti e prodotti dal Consiglio. Le udienze si tenevano in giorni fissi, il martedì e il venerdì. Se un procedimento si concludeva con una sentenza non emessa all'unanimità, il notaio attuario prendeva nota dei diversi pareri con le relative motivazioni nel cosiddetto Libro delle decisioni del Consiglio di giustizia, di cui una copia veniva trasmessa all'Arte dei giudici e notai e una alla Camera del comune.
Dopo una serie di provvedimenti che ridussero la giurisdizione del tribunale, il 14 maggio 1532 fu emanata una provvisione con la quale il Consiglio di giustizia fu riformato nella fisionomia e nel funzionamento divenendo il tribunale della Ruota civile.