Il comando aveva inoltre la facoltà di accettare o rifiutare i cambi proposti dalle comunità in sostituzione di alcuni arruolati, qualora non li ritenesse fisicamente idonei, ed era suo compito riformare (cioè dichiarare non più arruolabili) quei militari che per motivi medici non potevano proseguire o rinnovare la ferma nell'esercito.
Il comandante della piazza di Pistoia inoltre era tenuto a svolgere anche le funzioni di Commissario di guerra, eseguendo periodiche ispezioni delle truppe e provvedendo all'acquisto e alla gestione di equipaggiamenti, forniture e viveri per le truppe, oltre che della gestione delle spese, della revisione dei conti e della corretta assegnazione delle retribuzioni ai militari. Era inoltre suo compito sovrintendere al'efficienza degli ospedali e delle infermerie militari.
Nel 1859, con l'istituzione del Regio governo toscano, sotto il protettorato di Vittorio Emanuele II di Sardegna, iniziò una profonda opera di riforma delle strutture militari dell'ex-granducato al fine di renderle omogenee con quelle del regno di Sardegna. Con regio decreto del 30 dicembre 1859 i Comandi militari delle piazze, diventati Comandi militari di compartimento, di circondario o di fortezza vennero estesi nelle funzioni e nelle zone di competenza.