Dal 1322 il Notaio delle Riformagioni è incaricato di tenere in doppio originale (uno per la Camera del Comune e uno per l’Archivio delle Riformagioni) un registro in cui scrivere i nomi di tutti quelli che hanno ricoperto il priorato e il gonfalonierato, detto appunto "priorista".
Dal 1293, con l’emanazione degli "Ordinamenti di giustizia", la magistratura fu presieduta dal Gonfaloniere di giustizia che era stato istituito nel 1289 con l'incarico di difendere il popolo e i suoi rettori dalla violenza dei "grandi" e di far fronte alle lotte tra le fazioni cittadine, mai del tutto sopite nonostante la pacificazione decretata un decennio prima; anche questo magistrato era scelto tra gli appartenenti alle Arti, nel rispetto della piena rappresentatività delle circoscrizioni cittadine, e veniva rinnovato ogni due mesi; nel 1502, poi, fu istituito il gonfalonierato a vita nella persona di Piero Soderini. L'insediamento del Gonfaloniere muta il ruolo del "proposto" che diventa sostanzialmente di gestione dell’agenda dei lavori del collegio e di tenere i rapporti con i collegi consultivi.
A partire dal nucleo centrale delle competenze in materia di potere esecutivo e di iniziativa legislativa che avevano ereditato dai Quattordici Buonuomini, i Priori seppero ampliare progressivamente nel corso del Trecento tali prerogative, estendendo i propri spazi di intervento sia in ambito esecutivo, sia in quello dell’iniziativa legislativa, acquisendo, infine, il controllo diretto sui consigli legislativi, e arrivando a gestire anche un'autonoma e complessa attività normativa, sia ordinaria, sia speciale. Inoltre, ebbero il pieno controllo delle relazioni diplomatiche in pace e in guerra, nominando e ricevendo ambasciatori. Nello svolgimento di tutto questo ampio e complesso ambito di attività, i Priori si avvalsero nel corso del Trecento sempre di più della collaborazione di due collegi consultivi stabili, i Dodici Buonuomini e i Sedici Gonfalonieri delle Compagnie del popolo, ma ricorsero anche, in determinate circostanze, alla consultazione di rappresentanti di altre magistrature, delle organizzazioni artigiane e di singoli cittadini o di gruppi. Queste consultazioni iniziano ad essere verbalizzate in modo formale a partire dalla metà del Trecento e prenderanno il nome di "Consulte e Pratiche". Il particolare e complesso contesto interno e internazionale di fine Trecento portò sempre di più alla creazione di commissioni speciali, le "Balie", a carattere temporaneo, ma dotate di ampi poteri esecutivi e normativi speciali, in grado di agire al di fuori delle procedure consolidate e di dare vita anche a magistrature "ad hoc", più o meno a carattere temporaneo, come per esempio nel 1385 i "Dieci di Balia", per la gestione degli affari di guerra. I Priori a volte caldeggiano e a volte subiscono la creazione di tali commissioni, ma tenteranno sempre di controllarle, anche se esse finiranno per diventare un meccanismo di eversione delle istituzioni comunali. Nel 1393, infatti, una Balia portò alla creazione del Consiglio degli Ottantuno che, fino al 1411, si aggiunse ai tradizionali Collegi, ma con la competenza esclusiva di approvare le proposte della Signoria in materia fiscale e sull’elezione dei Dieci di Balia. Questa tendenza si acuì durante il periodo di predominio mediceo, quando si diede vita a molti organismi che progressivamente riuscirono a sottrarre spazio ai Priori e ai consigli legislativi ordinari, fino alla creazione, nel 1480, del Consiglio dei Settanta che, sebbene si riunisse su richiesta dei Priori, sottraeva loro gran parte del potere di iniziativa legislativa. Infatti, attraverso la nomina degli Otto di Pratica e dei Dieci di Balia, di loro esclusiva competenza, i Settanta saranno in grado di condizionare anche la gestione della politica estera.
La Signoria riprese un ruolo centrale, sebbene in un contesto istituzionale molto mutato e in forme diverse, nei due brevi periodi di "restaurazione repubblicana" dal 1494 al 1512 e dal 1527 al 1530, ma anche qui le sue proposte dovevano preventivamente ottenere l’approvazione di un nuovo organo, il Consiglio degli Ottanta, prima di essere sottoposte al corpo legislativo.