Il Consiglio aveva anche il compito di eleggere alcune magistrature e uffici, sia intrinseci che estrinseci, con la maggioranza semplice, votando su una lista di cittadini estratti a sorte da borse approntate ad hoc per ogni carica. Più in generale gli era attribuito un ruolo importante all'interno del meccanismo elettorale incentrato sul sistema delle tratte: i consiglieri dovevano infatti occuparsi sia del rinnovo periodico delle borse di coloro che erano giudicati idonei a concorrere per i diversi uffici sia di votare i nomi estratti dalle borse degli abilitati alle cariche rimaste vacanti. I nomi "vinti", cioè votati, venivano "imborsati" di nuovo e fra di essi si estraeva a sorte il nuovo magistrato.
Il consiglio doveva inoltre pronunciarsi sull'attribuzione della cittadinanza. Un primo, fondamentale passaggio per conseguire diritti politici era ottenere dai Dugento l'iscrizione a "gravezza" nei registri della decima. Un requisito fondamentale per l'acquisizione dello status di "fiorentino", infatti, era il proprio inserimento nelle liste dei contribuenti.
Già dal principato di Cosimo I (1537-1574) essere ammessi nel Consiglio divenne più un riconoscimento onorifico che il conseguimento di un'effettiva posizione di potere. Le sedute, infatti, non potevano svolgersi senza la presenza del principe o di un suo sostituto, del Magistrato Supremo e di una rappresentanza formale dei Procuratori di Palazzo e dei Collegi. Le votazioni, inoltre, come già si è detto, riguardavano provvisioni già approvate dal sovrano, senza possibilità di una loro modifica né, tanto meno, di una loro bocciatura.
Questo fenomeno non coinvolgeva soltanto il Consiglio dei Dugento, ma rientrava nella tendenza generale allo svuotamento di potere che riguardò tutte le magistrature tradizionali o che in qualche modo si ispiravano alle istituzioni repubblicane. La nomina di ufficiali e magistrati divenne sempre più frequentemente appannaggio del principe, cosicché si andarono riducendo le cariche cui si accedeva attraverso il metodo della tratta. Non è un caso che, dal 1532 al 1737, i Consiglieri effettuassero solo dodici "squittini" generali. Analogamente, il sovrano avocò a sé la prerogativa della concessione della cittadinanza. In tal modo introduceva all'interno dell'oligarchia fiorentina uomini fedeli e che a lui soltanto dovevano le proprie fortune.
La perdita di potere reale da parte del Consiglio ne provocò anche il declino, come dimostra il fatto che, con l'andare del tempo, sempre più spesso mancò il numero legale dei Consiglieri necessari per il regolare svolgimento delle adunanze. Per risolvere il problema nel corso del Cinquecento si presero alcuni provvedimenti, tra cui l'abbassamento del quorum per la regolarità delle sedute fino alla soglia di 120 Consiglieri e sanzioni severe contro gli assenti ingiustificati, ma la situazione non migliorò.
Quando il 20 novembre 1781 il Granduca Pietro Leopoldo estese la riforma comunitativa alla città di Firenze, il Consiglio dei Dugento venne ufficialmente abolito. Le esigue competenze, che ancora esercitava, furono trasferite in parte al Magistrato Supremo (in particolare le competenze in materia di pubblicazioni di ripudie ed emancipazioni), in parte, dopo il 1789, al Consiglio di Stato e Finanze, in cui venivano vagliate le "suppliche dei particolari".