Le funzioni e i compiti degli Auditori militari, di consultori legali presso il rispettivo Comandante del Corpo, di relatore e giudice negli affari da risolversi dai Consigli di guerra, oltre a quelli di compilazione e direzione di atti "economici" di ogni specie, vennero definiti con il "Regolamento di procedure criminali per i Tribunali Militari approvato da S.A.R." del 19 giugno 1819".
Il regolamento stabiliva poi la procedura da seguirsi nell'istruzione e trattazione dei vari procedimenti.
Si ricorreva all'Auditore solo per i casi più gravi e controversi. Le pene di minore entità, e per piccole infrazioni, potevano essere assegnate dal Comandante (dal 1850 in ogni corpo esisteva un Consiglio di disciplina). Al di sopra dell'Auditore c'era il Consiglio di Guerra, che esaminava i casi più gravi (come l'alto tradimento).
Oltre alle funzioni giudiziarie per i processi criminali militari, l'Auditore militare ratificava anche alcune procedure, come la consegna dei beni dei militari morti ai legittimi eredi.
L'Auditore di Firenze era in diretto contatto con il Dipartimento di guerra e con il Dipartimento di giustizia, oltre ad avere una funzione di sorveglianza sugli Auditori di Livorno e Portoferraio, ai quali competevano precisi obblighi di compilazione di relazioni periodiche e di invio delle copie delle sentenze emanate dai rispettivi Consigli di guerra e delle note dei detenuti.
Quello di Firenze inoltre raccoglieva le obbligazioni dei cadetti (che erano di stanza appunto in Firenze).
Vi erano alcune cause che erano di competenza esclusiva dell'Auditore militare di Firenze.
Un Motuproprio del 1815 determinava una sorta di codice penale per i militari anche per quanto concerneva i momenti e tempi di guerra e di combattimento.
Con Decreto 12 agosto 1856 si approvava il nuovo regolamento organico di procedura penale militare che attribuiva la giurisdizione militare agli Auditori militari, all’Auditore militare generale, ai Consigli di guerra permanenti e al Consiglio supremo militare. Con altro provvedimento nella stessa data, veniva determinato il ruolo degli uffici dell’Auditore militare generale di Firenze d degli Auditori militari di Firenze, Livorno e Portoferraio. Con l'istituzione dell'Auditore generale toscano l'Auditorato di Firenze perse certe competenze, come la registrazione dell'assegnazione dei peculi dei militari morti, ma mantenne la funzione di Tribunale militare.