La riforma dell’1 ottobre 1555 lasciò tale ordinamento pressoché inalterato. Il Commissario Generale aveva autorità su tutti i capitani, gli ufficiali e i ministri delle bande. L’Auditore ebbe la supervisione delle cause contro i descritti giudicate dai magistrati e rettori locali.
L’1 ottobre 1556 si rinnovarono i privilegi delle milizie e si regolò l’appartenenza degli abitanti dello Stato alle varie Bande ; il Commissario Generale ne divenne il Comandante; il Depositario e il Cancelliere di ciascuna Banda, dovevano provvedere alla tenuta dei ruoli e segnare i mancanti alle rassegne. Ogni Banda era comandata da un Capitano e da altri ufficiali. Accanto al Commissario Generale era un Depositario Generale che teneva il conto dei denari che si incameravano con i bullettini e le patenti.
Durante il Principato Cosimiano le bande salirono fino a 36 nel 1571.
Le Bande furono riorganizzate durante il Principato di Cosimo II in maniera tale da consentire alle élite provinciali una notevole mobilità sociale e un maggior potere, anche se circoscritto all’interno delle loro comunità.
Sotto Ferdinando II, il 26 luglio 1632 si ebbe la riforma dei Capitoli della milizia volontaria equestre.
Il 29 agosto 1646 furono rinnovati i Capitoli militari. Il Granducato era suddiviso in terzi e ad ogni terzo corrispondeva un certo numero di Bande, ognuna di esse doveva essere rifornita di militi dalle popolazioni del territorio. Erano quindi le Comunità che, sotto il controllo del Rettore competente, avevano la responsabilità di stabilire gli elenchi dei giovani idonei; i descritti dopo 30 anni di arruolamento o a 60 anni venivano cassati dai ruoli che erano inviati a Firenze al Magistrato delle Bande.
Nel corso del ‘600, inoltre, i compiti delle Bande furono ampliati andando a comprendere anche la tutela dell’ordine pubblico.
Altra riforma dei Capitoli delle Bande si ebbe sotto Cosimo III, il 20 agosto 1706.
L’esercito al tempo di Gian Gastone era in larga parte composto dalle cosiddette Truppe di Bande, che rappresentavano il grosso del militare toscano e tra cui figurava anche una componente di cavalleria, chiamata Corazzieri, oltre ad alcuni Bombardieri.
Con disposizione del 25 giugno 1568 fu creata anche una milizia a cavallo, composta di nobili ai quali furono accordati i privilegi, già concessi alle Bande.
Durante il Principato Cosimiano le bande salirono fino a 36 nel 1571.
Le Bande erano state riorganizzate, nell’epoca di Cosimo II, in maniera tale da consentire alle élite provinciali una notevole mobilità sociale e un maggior potere, anche se circoscritto all’interno delle loro comunità.
Sotto Ferdinando II, il 26 luglio 1632 si ebbe la riforma dei capitoli della milizia volontaria equestre.
Il 29 agosto 1646 furono rinnovati i capitoli militari. Il granducato era suddiviso in terzi e ad ogni terzo corrispondeva un certo numero di Bande, ognuna di esse doveva essere rifornita di militi dalle popolazioni del territorio. Erano quindi le Comunità che, sotto il controllo del Rettore competente, avevano la responsabilità di stabilire gli elenchi dei giovani idonei; i descritti dopo 30 anni di arruolamento o a 60 anni venivano cassati dai ruoli che erano inviati a Firenze al Magistrato delle Bande.
Nel corso del ‘600 i compiti delle Bande furono ampliati andando a comprendere anche la tutela dell’ordine pubblico.
Altra riforma dei capitoli delle Bande si ebbe sotto Cosimo III, il 20 agosto 1706.
Il Magistrato delle Bande era formato dal Governatore di Livorno e dal Comandante della Fortezza da Basso di Firenze e dal Comandante della Fortezza di Siena.
Con Francesco Stefano di Lorena nonostante tutte le perplessità espresse sulle truppe non regolate, per i primi anni non furono portati cambiamenti nella loro organizzazione.
Nel 1738 fu portata una rappresentanza del Magistrato delle Bande che ribadiva l’importanza di non apportare variazioni nel sistema e nei privilegi da quelle goduti. Il 30 dicembre giunse da Vienna il dispaccio di Francesco Stefano che confermava per il momento, fino a nuovo ordine, la loro struttura e i loro privilegi.
Alla partenza di Francesco Stefano dalla Toscana, nel 1739, dopo il breve periodo della sua permanenza, fu stabilizzato e ristrutturato il modello di governo applicando anche in Toscana il sistema lorenese con la definizione di tre Consigli, Reggenza, Guerra e Finanze e delle loro segreterie.
Il 26 aprile 1739 fu quindi creato il Consiglio di Guerra, formato dal barone General Comandante Johann Ernst von Braitwitz, dal marchese Carlo Rinuccini, Segretario di Guerra, dal senatore Leonardo Del Riccio, primo Commissario di Guerra e Richecourt. Il Consiglio era preposto alla disciplina, alla direzione e governo di tutte le Truppe di Bande, loro ufficiali e soldati, conferiva le patenti ai descritti e i brevetti per gli Ufficiali, redigeva le istruzioni per i Comandanti, aveva il controllo delle fortificazioni e degli arsenali . Lo stesso giorno furono emanate le Istruzioni.
Il Consiglio di Guerra avrà la sovrintendenza sul Commissariato di Guerra e sull’Auditorato, il primo Auditore delle truppe gli sarà quindi subordinato e, secondo le istruzioni dategli da questo, farà gli atti tutori, gli inventari e i contratti.
Il primo Auditore conoscerà per appello sentenze e giudizi fatti dagli Auditori particolari dei reggimenti, con eccezione di quelli che comportano pene afflittive e la cassazione contro gli Ufficiali; In questi casi il Consiglio di Guerra, dopo aver esaminato gli atti, invierà a Vienna la sentenza proposta, corredata con il proprio parere, perché sia approvata da Francesco Stefano.