Nell’anno 1400, in seguito al completo assoggettamento della città di Pistoia, già da tempo entrata nella zona di diretta influenza fiorentina, venne creata, sul modello dei Sei, un’apposita magistratura per Pistoia con, più o meno, le medesime competenze, denominati i "Sei di Pistoia", anche se alcune fonti parlano dei "Cinque di Pistoia". Questa magistratura fu subito stabilizzata, infatti nelle Tratte sono registrate le elezioni degli ufficiali di Pistoia dal 1 dicembre 1401 al 1 dicembre 1406. L’ufficio di Pistoia rimase attivo, come testimoniano anche le poche carte superstiti e conservate oggi tra quelle dei Sei, sicuramente fino al 1406, quando con la conquista di Pisa, Pistoia perse parte del ruolo strategico che aveva in precedenza. Tra gennaio e marzo del 1407, i Signori, in forza di un’apposita balia loro concessa, procedettero ad emanare una serie di provvedimenti che portarono all’unificazione delle due magistrature. Il nuovo ufficio prenderà quindi il nome di "Sei ufficiali di Arezzo e Pistoia". Da questo momento in avanti, i Sei ufficiali cessano definitivamente di essere una magistratura straordinaria per diventare l’ufficio deputato alla gestione delle fortificazioni e delle fortezze nelle zone di confine, di nuova acquisizione o anche di quelle interne non completamente pacificate. Tra il 1411 e il 1412, infatti, gli sarà affidata la custodia delle fortezze di Cortona, allora appena sottomessa a Firenze. Da questi anni in avanti la magistratura sarà denominata "Sei Ufficiali di Arezzo, Pistoia e Cortona", ma l’Ufficio si occupò anche di Montepulciano, Girone, Civitella, Tonda, Bruscoli, Sambuca, Montefattucchio, Cortiano, Castel San Benedetto, Verghereto, Corenzo, Faggiana, Monte Cornaro, Corneto, Bagno, Castelgattoli, Ceresto, Montepetroso e Rondine.
I Sei ufficiali, si caratterizzano per avere sempre avuto, fin dall’inizio, un carattere squisitamente tecnico-militare; infatti dovevano provvedere alla fortificazione delle città e dei castelli del relativo contado, di sovrintendere ai lavori di restauro e di difesa delle rocche e dei castelli dislocati su tutto il territorio delle città di loro competenza, nonché di regolare la fornitura di munizioni e di vettovaglie ai medesimi presidi militari, riguardo ai quali l'ufficio ebbe anche l'incarico della custodia delle armi e delle masserizie, nonché della vigilanza sugli stipendiati, sulle rassegne e sulle ispezioni. Questa fu la sua caratteristica, ma probabilmente fu anche la causa che né determinò, ad un certo punto, la fine. A mano a mano che il sistema dei potentati italiani inizierà a trovare una sua più pacifica sistemazione, la magistratura perderà di conseguenza importanza. Con la provvisione dell’8 dicembre 1450, la durata dell’ufficio viene ridotta da sei a quattro mesi e dopo la pace di Lodi, siglata nel 1454, l’ufficio viene sospeso. Con provvisione del Consiglio del Cento del 29 agosto 1460, si stabilisce di sospendere l’elezione dell’ufficio per i successivi cinque anni e con la provvisione del 30 novembre 1465 questa sospensione viene prorogata di altri cinque anni. Dopo il 1465 non si più ha traccia di alcuna attività dell’ufficio.