Per la parte amministrativa lo Scrittoio fu generalmente presieduto da un provveditore, assistito da un sottoprovveditore, un camarlingo e un computista; il titolo dei funzionari posti al vertice dell'ufficio fu tuttavia abbastanza variabile nel corso del tempo assumendo, a seconda delle epoche, quello di provveditore, soprintendente generale, maggiordomo maggiore, collaterale delle milizie.
In epoca lorenese (motuproprio del 26 aprile 1739), lo Scrittoio come ufficio unico fu soppresso e le sue incombenze divise in quattro dipartimenti: il Comandamento di guerra; lo Scrittoio di direzione generale delle fortificazioni, artiglierie, arsenali; lo Scrittoio di fabbriche civili, fontane, getti d'acqua; lo Scrittoio dei giardini. Le fabbriche militari furono assegnate alla Direzione generale d'artiglieria e fortificazioni, a capo delle quali fu posto Odoardo Warren.
Dato che le incombenze dello Scrittoio si ampliarono notevolmente nel corso del tempo, almeno a partire dai primi decenni del XVIII secolo, l'ufficio potè contare su un certo numero di maestranze fisse, tra le quali si annoverano anche un corpo di ingegneri e architetti, incaricati di dirigere e sorvegliare i lavori di manutenzione e restauro degli immobili, nonchè di tenere aggiornata la situazione delle proprietà attraverso la costante produzione di piante, mappe e disegni (cfr. Istruzioni del 1741 che definiscono i compiti degli architetti, modificate nel 1789). Tale attività fu proseguita con iniziative ed indagini ancora più specifiche: ne è un esempio l'incarico affidato all'architetto Giuseppe Ruggieri per i rilievi architettonici su palazzi, ville e fabbriche di pertinenza dello Scrittoio, iniziativa parallela a quelle effettuate, sempre intorno alla metà del XVIII secolo, da parte dello Scrittoio delle possessioni.
La vasta documentazione cartografica prodotta dallo Scrittoio delle fortezze e fabbriche, oltre che nel medesimo fondo, si trova conservata come carte sciolte anche nel fondo denominato "Piante dello Scrittoio delle fabbriche e fortezze".
L'opera riformatrice di Pietro Leopoldo investì anche i diversi uffici preposti alla gestione dei beni patrimoniali, i quali furono sottoposti ad una nuova ristrutturazione. Il disarmo della maggior parte delle fortezze e la volontà di diminuire le spese per la cura del patrimonio granducale furono tra le principali cause che portarono alla soppressione dello Scrittoio delle fortificazioni e del Corpo degli ingegneri militari, incaricati fino ad allora del controllo e della manutenzione delle fortezze toscane. Tali mansioni vennero riassorbite dallo Scrittoio delle reali fabbriche con motuproprio del 2 settembre 1777, insieme al controllo dei palazzi e ville reali, fabbriche sanitarie, doganali, darsene e porti marittimi.
Il motuproprio del 6 aprile 1789 stabilì una più netta distinzione tra i beni dello stato e quelli della corona (secondo la distinzione già in vigore in precedenza tra fabbriche private e fabbriche dello stato) e si istituiva l'amministrazione dei beni della Corona e del patrimonio personale del granduca; al nuovo dipartimento, a capo del quale fu nominato Luigi Bartolini Baldelli, furono sottoposte lo Scrittoio delle possessioni, le ville, fabbriche e giardini considerati facenti parte del patrimonio della corona (palazzi e giardini della Crocetta, Quercia, Ambrogiana, Castello, Patraia, Poggio a Caiano, Lappeggi, Pratolino), il Gabinetto di Fisica; tutti gli altri palazzi di Firenze e le ville di Poggio a Caiano e Poggio Imperiale, insieme a tutti gli edifici militari facevano parte delle Fabbriche di stato civili o militari (ASFi, Imperiale e Regia Corte lorenese, 343, ins. 23). Tale provvedimento comunque restò in vigore solo fino al 26 agosto 1802, quando lo Scrittoio riacquistò le competenza che aveva esercitato in precedenza. Dal 1802 al 1808 lo Scrittoio viene quindi sottoposto al Conservatore dei reali palazzi e ville.
Soppresso in epoca francese, lo Scrittoio fu ripristinato, con le medesime funzioni, nel 1814. Con la generale riorganizzazione dei ministeri avvenuta nel 1848, le competenze sulle fabbriche militari furono trasferite al Ministero della guerra. Il motuproprio del 9 dicembre 1849 decretò l'abolizione dello Scrittoio ed il trasferimento delle sue competenze sulle fabbriche civili alla Direzione generale dei lavori di acque e strade, che prese il nome di Direzione generale delle acque e strade e fabbriche civili dello stato. Per quanto riguardava i giardini e i parchi, le competenze passarono all'Amministrazione dei regi possessi. Con lo stesso motuproprio si stabilì inoltre che spettasse al direttore dello Scrittoio (carica all'epoca ricoperta dal marchese Girolami Bellati Merli) provvedere alla chiusura e alla liquidazione dell'amministrazione dello Scrittoio, che per tale funzione, continuò ad esistere fino alla fine di febbraio del 1850.