In periferia si costituì, frattanto, una parallela amministrazione provvisoria austriaca con l'istituzione a Senigallia, il 12 ottobre 1799, di una Cesarea regia commissione civile che assunse il governo nelle regioni occupate dalle truppe imperiali, trasferendosi, alla metà di novembre, in Ancona ove, con editto 31 gen. 1800, si costituì un governo generale denominato Cesarea regia provvisoria reggenza di Stato. Anche in questo caso furono ripristinate magistrature e legislazione pontificie, istituendo anche una Tesoreria generale e una Depositeria, cui seguì la nomina di tesorieri provinciali.
Il 14 febbraio 1800, a Venezia, venne eletto papa Pio VII: le amministrazioni provvisorie ebbero così fine tra il 22 e il 26 giugno 1800, quando lo Stato della Chiesa gli venne restituito.
Tornato a Roma, Pio VII si mosse, nella nuova situazione, con un certo equilibrio: concesse l'amnistia per i reati politici; pose limiti all'annullamento degli acquisti dei beni nazionali mediante ricorso a indennizzi; introdusse misure per rendere più liberi i commerci, quali l'abolizione dell'annona e grascia; attuò riforme finanziarie (dativa reale e dativa personale); soppresse l'immunità degli ecclesiastici dai tributi comunali; abolì numerosi privilegi di foro. Con editto 22 giu. 1800 venne attuata una nuova organizzazione territoriale che prevedeva la presenza dei delegati apostolici e, con editto 9 lug. 1800, vennero istituite quattro congregazioni, rette anche da secolari: per gli affari di governo (non essendo ancora ripristinate le congregazioni della sacra consulta e del buon governo); per il nuovo piano di riforma dell'antico sistema di governo; per la riforma economica del palazzo apostolico; per la revisione dell'enfiteusi e dei beni alienati. Con la costituzione "Post diuturnas" venne decretata la stabile riorganizzazione dello Stato e con l'editto 31 ott. 1800 si confermò l'ordinamento territoriale dei delegati apostolici a capo delle province, posti alle dipendenze della Sacra consulta e del Buon governo, per gli affari criminali ed economici, e della Segreteria di Stato, per gli affari politici, la cui attività riprese nella prima metà del mese di novembre 1801.
Nel 1804 Pio VII incoronò Napoleone imperatore di Francia e il 15 agosto 1805 ratificò il concordato con la Francia. Poi cercò, inutilmente, di porre un freno alle continue pretese francesi: chiese lo sgombero di Ancona; rifiutò di riconoscere Giuseppe Bonaparte proclamato re di Napoli il 30 maggio 1806; protestò per l'avocazione dei possedimenti di Pontecorvo e Benevento nel territorio napoletano; rifiutò l'estensione del concordato alle altre province annesse all'Impero; nel novembre 1807 protestò per l'occupazione delle province di Urbino, Macerata, Fermo e Spoleto.
Nell'aprile del 1808, le Marche vennero annesse al Regno d'Italia, mentre il Lazio e l'Umbria furono occupate tra il gennaio e il febbraio 1809 e Roma il 2 febbraio; il 17 maggio 1809 Napoleone decretò la soppressione del potere temporale, annettendo Umbia e Lazio all'Impero francese. Pio VII, arrestato il 6 luglio 1809, rimase prigioniero in Francia fino al maggio 1814.