I Nove Ufficiali provvedevano ad arruolare e costituire milizie popolari - inizialmente solo di fanteria ma in seguito (1512) anche di cavalleria - nelle terre e luoghi del contado e distretto di Firenze, nominando anche i connestabili che le dovevano guidare. I soldati appartenenti alle bande o compagnie prestavano servizio solo quando era necessario, e facevano capo a un capitano, a seconda della loro appartenenza ai vari quartieri cittadini o alle varie zone del contado; più compagnie formavano un battaglione, il quale era agli ordini del connestabile. Nel 1528 furono istituite anche truppe fisse stipendiate, e il 6 settembre di quello stesso anno si formarono sedici compagnie di fanti, denominate dai sedici gonfaloni dei quattro quartieri cittadini. I componenti della magistratura erano eletti per tratta dal Consiglio maggiore e restavano in carica otto mesi, venendo rinnovati in due tempi per assicurare la continuità all'interno dell'ufficio; questo era costituito, oltre che dai nove magistrati, da un cancelliere con un coadiutore, nove famigli, un comandatore, un tavolaccino e un provveditore. In tempo di guerra i Nove passavano sotto il controllo dei Dieci di balìa.