Nel corso del tempo l'Ufficio subì variazioni nel numero dell'organico (da sei a otto componenti dal 1429, tornati sei nel 1441) e vere e proprie soppressioni temporanee dell'intera magistratura (nel 1444; nel 1458-1459, quando le funzioni dei consoli pisani furono assorbite dalla magistratura provvisoria dei Cinque governatori; nel 1461-1462, quando furono sospesi i consoli fiorentini). Nel 1481 i Consoli del mare residenti a Firenze furono aboliti e alcune loro competenze passarono ai Capitani di parte guelfa; quelli pisani invece rimasero fino al 1494, quando la città di Pisa si svincolò dal dominio fiorentino, per essere poi ricostituiti come magistratura espressa dalla dominante quando Firenze riconquistò la città. Da allora le competenze dei Consoli su Pisa divennero sempre più vaste: sovrintendevano alla difesa della città e dei porti, alla costruzione ed equipaggiamento di fortezze e al reclutamento e pagamento delle truppe a esse adibite; curavano la costruzione e l'equipaggiamento delle galere, concedevano le licenze per il commercio del grano e avevano la giurisdizione sulle cause marittime e i contrasti fra cittadini pisani e mercanti fiorentini (giurisdizione che in seguito si estese a tutti i forestieri); avevano anche il controllo sulle Arti pisane, sulle dogane della città, sulla gestione di tasse e gabelle e l'esazione di imposte speciali. Curavano anche la manutenzione dei ponti di Pisa; tra l'altro, con una delibera dell'aprile 1475 la Repubblica fiorentina aveva loro attribuito il compito di provvedere al risanamento idrografico di Pisa e del suo contado: a ciò provvide l'Ufficio dei fossi - poi, dei fossi e comunità - che i Consoli crearono allo scopo in quella occasione e che sarebbe poi sopravvissuto fino al XIX secolo. I Consoli del mare furono nuovamente aboliti nel 1533 e il loro posto fu preso dai Provveditori, che assunsero in toto le competenze della precedente magistratura; soppresso nel 1551 anche l'ufficio dei Provveditori, con provvisione del 4 giugno 1557 vennero ristabiliti i Consoli, ma stavolta con funzioni esclusivamente giudiziarie; la magistratura continuò ad esistere fino al 1735.