L'istituzione da parte di Ferdinando I di un organo che si occupasse specificatamente delle suppliche, la cui mole e la cui varietà di contenuti andavano aumentando in maniera ingestibile da parte del solo sovrano e di saltuari collaboratori - la Consulta - risale come si è detto, al 1600. Inizialmente la magistratura avrebbe dovuto riunirsi saltuariamente, ma ben presto si affermò come un organo stabile e permanente, sebbene la sua composizione rimanesse sempre piuttosto variabile e dipendente dalla volontà del principe. Tra i suoi membri, tuttavia, non mancarono mai i principali auditori e i giusperiti più competenti che circondavano il granduca. I primi di cui si ha notizia sono Paolo Vinta, che ricopriva contemporaneamente anche la carica di Auditore fiscale, Pietro Cavallo, all'epoca Commissario per le bande e per la Religione di S. Stefano e segretario degli Otto, il segretario Bastiano Corboli. Sebbene non avesse una giurisdizione propria e definita, la Consulta ricopriva un ruolo fondamentale, dovendosi esprimere in merito ai ricorsi diretti alla persona del principe in materia giudiziaria ed in particolare sugli interventi di modifica o sospensione delle sentenze dei tribunali ordinari. Con il tempo si stabilirono anche regole più certe per la concessione delle grazie: si decise, per esempio, di condonare le multe per infrazioni alle leggi penali non superiori a cinquanta lire, di accettare la rateizzazione delle pene pecuniarie non condonate entro certi limiti e di condonare le multe per alcune inadempienze amministrative a chi vi fosse incorso per la prima volta.
Il fatto che le competenze di questo collegio non fossero rigidamente espresse, faceva sì che la Consulta si sovrapponesse ad un altro consesso informale del principe, ossia la Pratica segreta, e che, insieme a quest'ultima, di fatto concorresse a togliere efficacia e campo d'azione al Magistrato supremo. Con il tempo la Consulta fu chiamata ad esprimersi su materie sempre più ampie, tanto che in breve passò dal doversi occupare del semplice controllo del flusso delle suppliche a svolgere il ruolo di supremo tribunale civile e criminale e ad esercitare il proprio controllo sulle magistrature e sull'applicazione delle leggi. Per lo stato di Siena, inoltre, fu creata una Consulta specifica, cui furono attribuite le medesime funzioni dell'omologo collegio fiorentino.
Il momento di massimo potere, non solo giudiziario, ma anche politico, di questo organo si ebbe nella prima metà del XVII secolo, ossia durante gli ultimi anni del granducato di Cosimo II - soprattutto dal 1615 al 1621 quando il sovrano fu costretto dalle sue malferme condizioni di salute ad assenze prolungate - e nel periodo della Reggenza (1621-1628), dovuta alla minore età di Ferdinando II. In questi decenni si verificarono in effetti a livello più generale importanti trasformazioni che riguardarono la prassi di governo e gli apparati di vertice del granducato. La Consulta, in particolare, grazie alle competenze giuridiche e alla fedeltà nei confronti della casa regnante dei suoi membri, godette del sostegno delle due tutrici e soprattutto della granduchessa Cristina di Lorena, che ne potenziò le prerogative, tanto da farne un organo di alta direzione politica e da metterla in concorrenza con il Consiglio di Reggenza che pure era stato istituito sulla base delle disposizioni testamentarie di Cosimo II. Tra i giureconsulti di spicco che presero parte al consesso tra il 1615 e il 1621 spicca il nome dell'allora Auditore fiscale Pietro Cavallo. Il grande potere che quest'ultimo riuscì a cumulare negli anni della sua attività, tuttavia, preoccupò le tutrici ed in particolare la granduchessa Cristina che dopo la morte di Cavallo, tra il 1616 e il 1617 avviò una riforma della Consulta, di cui si ha notizia da una relazione dell'Auditore Giulio Cavallo, nella quale era prevista la separazione della carica di Auditore fiscale da quella di Auditore di Consulta. In effetti, si stabilì che, da allora in poi, l'Auditore fiscale fosse presente solo alle sedute del consiglio cui prendesse parte il granduca in persona.
L'importanza della Consulta come uno dei massimi organi di dibattito e gestione politica, pur diminuendo progressivamente, si protrasse anche dopo il 1628, l'anno in cui Ferdinando II uscì dalla minore età. Per un decennio ancora, a causa delle gravi difficoltà che colpirono il Granducato, tra cui ripetute crisi internazionali, recessione economica ed epidemie di peste, e dei conflitti interni al ceto dirigente, la Consulta mantenne il suo ruolo di centro strategico di potere, tanto da essere convocata cinque volte la settimana, di cui due in presenza del granduca.
Il ridimensionamento delle prerogative del consiglio, che si verificò successivamente, fece sì che il collegio tornasse alle sue competenze originarie, perdendo gran parte del suo peso politico. Verso la fine del XVII secolo, inoltre, i negozi della città di Livorno e una parte di quelli della città di Pisa, di Portoferraio e dell'isola del Giglio vennero separati e affidati ad una particolare consulta, detta Congregazione (o Consulta) di Livorno, inserita all'interno della Segreteria di Guerra. Questa rendeva conto degli affari di cui si occupava direttamente al principe, ma ebbe vita breve e fu abolita intorno alla metà del Settecento.
Dopo la morte di Giangastone ed il passaggio di dinastia del Granducato dai Medici ai Lorena, la Consulta fu inizialmente mantenuta in vigore senza cambiamenti fondamentali nelle sue competenze. Una prima ridefinizione del suo ruolo si ebbe con il motuproprio del 25 aprile del 1739 emanato da Francesco Stefano di Lorena e i successivi regolamenti, che miravano a meglio definire i casi di giustizia civile e criminale sui quali la magistratura aveva facoltà di esprimersi e la prassi da seguire per la risoluzione. Soprattutto si stabiliva che gli affari esaminati dalla Consulta dovessero poi essere sottoposti all'esame di uno dei tre Consigli (di Reggenza, di Finanze o di Guerra), a seconda della materia trattata, e non più, com'era invalso fino ad allora, direttamente al sovrano o risolti a nome di quest'ultimo attraverso l'impiego della stampiglia. Alla Consulta erano inoltre sottratti gli affari più delicati, come le infeudazioni, le deroghe ai fedecommessi o alle primogeniture, le questioni relative agli affari criminali. Di questi casi si doveva occupare in prima istanza il Consiglio di Reggenza. In compenso la Consulta di Firenze acquisiva le competenze che fino ad allora spettavano alla Consulta di Livorno, che nel frattempo era stata abolita.
La ridefinizione dei ruoli di Consulta e Consigli che si andò così determinando ingenerò una certa confusione e incertezza di competenze, di cui ebbe modo di lamentarsi Pompeo Neri nella sua relazione sulle magistrature fiorentine del 1745. Di fatto, comunque, nel confronto si trovò a perdere posizioni proprio la Consulta, tanto è vero che, durante la Reggenza lorenese, il consiglio si ridusse ad un solo membro, l'auditore Mormorai, poiché, venuti meno gli altri che la componevano, non si era più provveduto alle necessarie integrazioni.
Nel 1772 la Consulta fu coinvolta nella riforma della giustizia, essendole attribuito il compito di nominare i giusdicenti delle comunità. Fu sottoposta, inoltre, ad un controllo più stretto da parte della Segreteria di Stato, cui, sulla base di un motuproprio del 1773, doveva rendere conto mensilmente degli affari che trattava. In seguito, dal 1° luglio 1775, la magistratura ricevette anche le attribuzioni della Pratica Segreta di Pistoia e Pontremoli. Con il motuproprio recante la data del 14 settembre 1782 il granduca Pietro Leopoldo assegnò al segretario della Consulta alcuni compiti precedentemente di competenza della Segreteria delle Tratte, relativi all'elezione dei senatori, all'organizzazione dei turni dei magistrati e alle nomine della Soprintendenza del pubblico archivio dei contratti. Il 16 aprile del 1784, in seguito all'abolizione della Pratica segreta, parte delle competenze di quest'ultima passarono alla Consulta, che ricevette tra le altre la facoltà di nominare i notai, dopo averli sottoposti all'esame definitivo.
Il 23 settembre 1788 la Consulta fu temporaneamente soppressa e le sue attribuzioni furono in un primo momento trasferite in parte al Magistrato Supremo, in parte alla Presidenza del Buongoverno e agli Auditori di Ruota, finché, con il motuproprio del 29 aprile 1789 i compiti in materia civile e criminale, propri della Consulta, vennero affidati in gran parte ad un nuovo organo denominato Consultore legale regio, che però ebbe vita breve, dal momento che il 5 novembre 1793 fu soppresso a sua volta per volere di Ferdinando III e sostituito con una nuova Consulta. Nell'atto di istituzione era previsto che quest'ultima fosse formata da tre giudici e fosse presieduta dall'ex Consultore legale Michele Ciani. Ridefinendone i compiti, il granduca le restituì il ruolo di corte suprema, incaricando il collegio di occuparsi dell'esame formale e di merito dei ricorsi avanzati al sovrano e, su richiesta di quest'ultimo, degli atti legislativi e amministrativi. Il 7 giugno 1794 furono inoltre emanate delle istruzioni che specificavano le modalità di azione della magistratura. Tra le altre funzioni le fu restituito il compito di conferire la "matricola" agli aspiranti notai che avessero superato i due esami previsti per l'abilitazione, cioè quello sulle conoscenze specifiche della professione notarile presso il Soprintendente all'Archivio pubblico generale dei contratti e quello relativo alle materie civili presso gli Auditori di Ruota. Ferdinando III le assegnò, infine, l'incarico di riesaminare la legge del 1786 con la quale Pietro Leopoldo aveva attuato la riforma giudiziaria, in vista di una sua revisione.
Abolita di nuovo nel 1808, al momento dell'annessione della Toscana all'Impero francese, la Consulta fu ripristinata per l'ultima volta con motuproprio del 9 luglio 1814 dal restaurato granduca Ferdinando III.