Le competenze e le norme per il disbrigo degli affari, furono dettate dalle "Instruction pour le Conseil de Finance" del 29 aprile 1739 secondo queste modalità: prima venivano esaminati i dispacci granducali dandone rapida esecuzione, poi erano valutati tutti gli affari di coloro che avevano presentato ricorso, venivano quindi composti dei memoriali con la relativa risoluzione; gli affari trattati dovevano poi essere sottoscritti dal Consigliere che presiedeva l'adunanza e dal Segretario.
In seguito, a causa dei contrasti sorti nella compagine di governo, il Consiglio di Finanze venne sciolto da Francesco Stefano nel 1746 e sostituito da un Direttore delle finanze e poi, nel 1747, fu nominato anche un Presidente: Diodato Emanuele de Nay, conte di Richecourt. Questi resse l'incarico con pugno di ferro spostando ben presto il baricentro delle attività di governo dal Consiglio di Reggenza alla Presidenza di finanze. Immutate rimasero invece la struttura e le funzioni della Segreteria, a capo della quale fu nominato, con il ruolo di Direttore generale, il senese Francesco Pecci. Questi ebbe anche l'incarico di direzione della Depositeria, la tenuta dei registri di entrata e uscita da far pervenire annualmente al Granduca, il controllo sulla riscossione delle entrate granducali, la sovrintendenza sull'operato dei sindaci e dei soprassindaci, nonché quella sull'amministrazione dei boschi e delle foreste.
Nel 1757 Richecourt fu sostituito dal marchese Antonio Botta Adorno come capo del governo toscano e Presidente delle finanze.
Con l'arrivo in Toscana di Pietro Leopoldo gli indirizzi politici subirono un cambiamento di rotta: il nuovo sovrano, assumendo direttamente il governo, limitò fortemente il ruolo dei consigli come organi di direzione politica. La riforma del 1770, infatti, mantenne inalterata la struttura delle segreterie, lasciò in vita il consiglio di Stato, ripristinò quello delle Finanze che fu composto da Angelo Tavanti direttore del dipartimento, Giuovanni Francois, Luigi de Schimdweiller e Francesco Antonio Bonfini, ma abolì il consiglio di Guerra i cui poteri furono assorbiti direttamente dal Granduca. Con quest'atto e con gli Ordini per il nuovo regolamento degli affari del 1773, i poteri conferiti ai direttori dei Dipartimenti - che potevano spedire gli affari senza farli preventivamente approvare dal Consiglio - e alle Segreterie - che vagliavano e presentavano direttamente le suppliche pervenute a S.A.R furono maggiori e quindi, a discapito dei Consigli. Le leggi, i motupropri e i rescritti dovevano comunque essere sottoscritti dal sovrano, vidimati dal direttore del Dipartimento e firmati dal segretario; mensilmente il direttore e il segretario di ciascun Dipartimento dovevano rendere conto al sovrano degli affari pendenti presso i tribunali e i ministeri informandolo sulle ragioni di tali sospensioni.
In seguito all'unione, nel 1789, dei vari Consigli in un unico Consiglio di Stato, Finanze e Guerra, considerato unico responsabile dell'andamento del governo, si assiste invece "ad una accentuazione del carattere collegiale ed all'emergere di una, sia pure limitata, autonomia funzionale del nuovo Consiglio" (Vitali-Vivoli,1999, p. 14).
Secondo la riforma anche le rispettive Segreterie vennero unificate, mentre rimasero separati i due Dipartimenti con i loro ministri ed archivi. Alla Segreteria unificata fu preposto un primo Direttore e presidente del Consiglio, mentre a capo dei Dipartimenti di Stato e di Finanze, due consiglieri secondi Direttori, uno della Segreteria di Stato e uno di Finanze.
Nel nuovo organigramma furono previsti anche due Segretari, consiglieri senza dipartimento, con il compito di presentare gli affari, non inoltrando quelli ritenuti inutili o "stravaganti", e fare una prima stesura dei rescritti per poi spedirli.
I Segretari, inoltre, avevano un ruolo di controllo dall'interno dell'andamento dell'ufficio dovendo rendere conto, alla fine di ogni mese, di tutti gli affari pendenti o non risoluti .
Con questa riforma il primo Direttore rendeva direttamente conto al Granduca degli affari esaminati e discussi collegialmente sulla base dei rapporti informativi delle Segreterie e il Consiglio doveva proporre un unico parere, solo nei casi di grave dissenso, al sovrano venivano portati voti separati. Negli assetti del vertice governativo si stabilì, in questo modo, una tendenziale distinzione tra i suoi diversi "organi": da un lato il Sovrano e dall'altro il Consiglio con le Segreterie da esso subordinate.
Con il motuproprio del 1789 venne inoltre istituita l'Amministrazione generale del Patrimonio della Corona, dipendente direttamente dal sovrano, con il compito di amministrare i beni della corona e del Granduca, sostituendosi in questo alla Segreteria di finanze.
Tale stato di cose rimase inalterato fino alla partenza del Granduca per Vienna (1790) a seguito della quale le istituzioni governative toscane seguirono le vicende connesse in prima istanza alle sommosse scoppiate, e in seguito all'invasione dell'esercito francese. Per quanto riguarda le Finanze, nel periodo dell'occupazione francese fu istituito un Comitato per far fronte alle disastrose condizioni dell'erario, il quale però, a causa del rapido succedersi degli eventi legati alla guerra in Italia e in Europa, non ebbe modo di operare.