Inizialmente formato da cento membri nominati per sei mesi, oltre che dalla Signoria e dai Collegi in carica, con la riforma del luglio 1471 diventarono membri permanenti del Consiglio i quaranta che in una precedente balìa erano stati scelti dagli Accoppiatori nominati per il 1471-1472 e dalla Signoria per rinnovare il Consiglio stesso. Ai quaranta si aggiunsero poi due membri cooptati e gli Accoppiatori che andarono a costituire, tutti insieme, non solo i membri permanenti del Cento, ma anche il suo collegio elettorale; ulteriori ottanta membri erano scelti tra i Gonfalonieri di giustizia "veduti". La riforma attribuì al Consiglio del Cento la piena competenza in ambito fiscale.
Dal 1° agosto 1476, il collegio ebbe una balìa annuale per la riorganizzazione del Monte comune; con deliberazione del 4 agosto 1481 il Consiglio delegò fino al luglio 1482 tali poteri straordinari a una commissione formata da cinque ufficiali del Monte più dodici membri eletti dal Consiglio stesso, denominata Commissione dei diciassette riformatori; la delega venne poi regolarmente rinnovata fino al 1495. Il Consiglio del Cento fu abolito l'11 novembre 1495 dopo la fuga di Piero de' Medici; nel novembre del 1513, al rientro dei Medici in Firenze, fu ripristinato con gli stessi poteri e incarichi precedenti. Con la Costituzione del 1532 fu definitivamente soppresso, e parte delle sue competenze (la registrazione delle emancipazioni e delle rinunce ad eredità) venne ereditata dal Consiglio dei Duecento.
Il Consiglio del Cento svolgeva anche in parallelo un'altra attività, ossia la registrazione degli atti di emancipazioni e delle ripudie di eredità che inizialmente rientravano nelle competenze del Tribunale della Mercanzia. Infatti, dal 1421, per risultare valide sia le emancipazioni sia le ripudie di eredità, dovevano essere registrate anche dal Consiglio del popolo, finché nel 1463 il compito passò al Consiglio del Cento. Infine, in epoca granducale la procedura fu nuovamente semplificata limitando la registrazione presso il solo Tribunale della Mercanzia. Più precisamente, la registrazione delle ripudie di eredità venne curata prima dal Consiglio del popolo, poi, dal 1479 fino al 1534, dal Consiglio del Cento; una registrazione parallela avveniva anche presso il Tribunale della Mercanzia: in entrambi i casi i registri erano tenuti dallo stesso notaio che curava la registrazione delle emancipazioni, ragione per cui talvolta risultano scambiati.