Con decreto del 28 dicembre 1849 veniva quindi restituito – dopo la prima esperienza del 1739-1777 – un Corpo d’Ingegneri Militari che veniva formato in parte con gli impiegati del Dipartimento delle Fabbriche, in parte con Alunni del Liceo Militare, istituito pochi mesi prima, il 28 giugno 1849.
Nel Liceo Militare Arciduca Ferdinando, dipendente direttamente dal Ministro della Guerra e situato a Candeli, doveva essere impartita l’istruzione letteraria e scientifica, la prima ristretta, la seconda più diffusa. (Regolamento approvato con Rescritto del 17 agosto 1850).
Tra le varie materie di insegnamento di erano la geometria, la topografia e il maneggio degli strumenti geodetici, l’architettura civile, idraulica e navale, la fortificazione passeggera, ponti e mine, la fortificazione permanente, la geometria pratica e gli ordini di architettura, gli esercizi di topografia militare. Il decreto del 28 dicembre che istituiva il Corpo prevedeva inoltre la costituzione di un Consiglio d’Arte, presieduto dal generale ispettore e composto dal sotto ispettore, dal comandante d’artiglieria, dal comandante del Corpo degli Ingegneri Militari e dal professore di fortificazione del Liceo Militare, che doveva, tra le altre cose, esaminare e discutere i progetti e le perizie dei lavori di ‘miglioramento e di mantenimento delle opere di fortificazioni e fabbriche militari’ (Bandi e ordini, LVII, n. CCLIV).
Aveva il compito di sovrintendere alla manutenzione di tutti gli edifici e fabbriche militari del Granducato, valutando l'entità dei lavori necessari per la loro conservazione e miglioramento e decidendo quali opere eseguire con i fondi stanziati dal Ministero della Guerra e seguendo ogni fase di questi lavori (stime e perizie preventive, organizzazione e svolgimento). Rispondeva del suo operato al Ministero della Guerra ma aveva ampia capacità decisionale.
Inoltre eseguì, negli anni 1850-1852, un inventario in triplice copia delle fabbriche militari del Granducato che consegnò ai comandanti militari di piazza. Altre sue mansioni erano redigere piante delle fortificazioni, e tenere corsi di ingegneria militare ai giovani ufficiali residenti in Firenze. Con le istruzioni del Ministero della Guerra del 30 dicembre 1853 l'incombenza della revisione annuale delle spese e degli incassi relativi alle opere intraprese dal Corpo degli ingegneri militari passò dal Commissariato di guerra alla Direzione dell'Amministrazione militare; il Comando ogni anno presentava al Ministero inventari valutativi degli edifici e fabbriche militari dell'esercito. In tali inventari gli ingegneri rendevano conto dello stato dei medesimi, delle opere da loro intraprese e delle variazioni (danni o miglioramenti) che tali edifici avevano subito durante l'annata. Al Corpo degli ingegneri militari venne inoltre affidata l'amministrazione dei generi di casermaggio.
Il Corpo aveva tre sedi di direzione: a Portoferraio, Livorno e Firenze (in seguito aumentate a cinque con l'aggiunta delle direzioni di Lucca e Orbetello, con partecipazione del 29 dicembre 1852), mentre la sede del Comando del corpo era a Firenze. Al comando del corpo arrivavano i rapporti dalle cinque direzioni, con le relazioni sull'andamento dei lavori in corso di esecuzione e le segnalazioni di quelli da eseguire. Il Comando inoltre gestiva l'erogazione delle somme stanziate dal Ministero della Guerra, decideva i lavori da intraprendere e ne stabiliva la priorità e teneva l'amministrazione (anche del personale) di tutto il Corpo.