È con il r.d. 9 ott. 1861, n. 250 che si dispose che i governatori e gli intendenti assumessero il titolo di prefetto, gli intendenti di circondario quello di sottoprefetto, i consiglieri di governo e di intendenza quello di consiglieri di Prefettura. Furono allora istituite 59 sedi.
Con la successiva legge di unificazione amministrativa e annessi allegati, approvata con r.d. 20 mar. 1865, n. 2248, il sistema prefettizio divenne la struttura portante del raccordo tra centro e periferia: il prefetto dipendeva dal Ministero dell'interno e rappresentava il potere esecutivo in tutta la provincia; era altresì presidente della Deputazione provinciale, organo collegiale dell'ente territoriale Provincia, composta di membri eletti dal Consiglio provinciale. L'allegato A stabilì all'art. 3 che il territorio del Regno si dividesse in province, circondari, mandamenti e comuni. In ogni provincia vi era un prefetto e un Consiglio di prefettura; in ogni circondario un sottoprefetto operante sotto la direzione del prefetto. Quest'ultimo esercitava il controllo [preventivo] sulle deliberazioni del consiglio comunale e del consiglio provinciale. L’allegato B stabilì, invece, che l'amministrazione della pubblica sicurezza fosse diretta dal ministro dell'interno e, per esso, dai prefetti e sottoprefetti e fosse esercitata alla loro dipendenza dall'Arma dei carabinieri e, in ordine gerarchico, dai questori, ispettori, delegati e applicati di Pubblica Sicurezza. Presso ogni capoluogo di provincia vi era un consiglio di disciplina presieduto dal prefetto o dal questore. L'allegato C, infine, stabilì che la tutela della sanità pubblica spettasse al ministro dell'interno che la esercitava, sotto la sua direzione, sempre tramite i prefetti e i sottoprefetti, che potevano nominare commissioni, ispettori e delegati temporanei. In ogni capoluogo di provincia o di circondario vi era un Consiglio di sanità presieduto, rispettivamente, dal prefetto o dal sottoprefetto. Il regolamento esecutivo della legge 2248/1865, approvato con r.d. 8 giu. 1865, n. 2321, precisò tutte le funzioni del prefetto e stabilì che, oltre alla pubblicazione degli atti di governo, egli dovesse pubblicare anche un Bollettino della prefettura per diramare le circolari e altre disposizioni del suo ufficio; poteva, inoltre, affidare a ciascun consigliere del Consiglio di prefettura la direzione di uno speciale servizio amministrativo. In materia elettorale doveva aggiornare le liste elettorali e tenerle in apposito registro presso l'ufficio di segreteria addetto alla Deputazione provinciale. L'art. 8 del regolamento fissò l'organizzazione interna delle prefetture in quattro divisioni: I Divisione-segreteria, che supportava il Consiglio di prefettura e la Deputazione provinciale, limitatamente all'attività tutoria; II Divisione-amministrazione dei corpi morali; III Divisione-pubblica sicurezza, servizio militare, leva, sanità pubblica; IV Divisione-amministrazione governativa, contabilità, contribuzione e questioni non rientranti nelle altre divisioni. Il prefetto poteva articolare tali divisioni in sezioni. Ogni Prefettura aveva un archivio generale o di deposito per gli affari conclusi da tre anni e un archivio corrente; erano previste due serie, una per gli affari generali e una per gli affari speciali dei corpi morali, entrambe articolate in categorie ed era prevista la tenuta del registro di protocollo, di un copialettere e un copiadecreti. Con circ. 1° giugno 1866, n. 8508, il Ministero emanò le istruzioni per la tenuta dei protocolli e degli archivi: si istituì un protocollo generale, che non includeva gli affari di leva e di pubblica sicurezza con protocolli e archivi separati, si dettarono criteri per la formazione dei fascicoli e si definì il titolario; ove fosse stato istituito un ufficio di Gabinetto, questo disponeva di protocollo separato. Il prefetto era nominato o trasferito con regio decreto, su deliberazione del Consiglio dei ministri e proposta del ministro dell'interno; godeva, come il sottoprefetto, della "garanzia amministrativa”. Dopo sette anni dalla nomina il prefetto poteva essere nominato senatore, mantenendo le funzioni prefettizie. Il r.d. 14 dic. 1866, n. 3475, stabilì che nelle prefetture vi dovesse essere un solo protocollo e un solo archivio e soppresse le divisioni.
Quando nel 1866 vennero annesse al Regno d'Italia Mantova e le province venete, in base al r.d. 2 dic. 1866, n. 3352, vi rimasero in funzione i commissari distrettuali; solo con il r.d. 25 giugno 1877, n. 3933, nella tabella allegata, fu pubblicata l'articolazione in circondari e in distretti di tali territori, portando il numero complessivo delle province del Regno a 69. Con il nuovo testo unico della legge comunale e provinciale (r.d. 10 feb. 1889, n. 5921, il cui regolamento di esecuzione venne approvato con r.d. 10 giu. 1889, n. 6107), fu disposta l'elettività dei presidenti delle deputazioni provinciali, sottraendone così la presidenza al prefetto, il cui ruolo di controllo sul territorio risultò, però, potenziato dall'istituzione della Giunta provinciale amministrativa, di cui era presidente, cui vennero attribuite le funzioni di controllo già spettanti alla Deputazione provinciale. Il regolamento d'esecuzione del 1889 formalizzò l'istituzione del gabinetto nell'organizzazione interna delle prefetture per la trattazione degli affari di natura politica, riservata o confidenziale.
Nove anni dopo, con r.d. 4 mag. 1898, n. 164, fu approvato un altro testo unico della legge comunale e provinciale, che mantenne l'articolazione amministrativa in province, circondari, mandamenti e comuni, tranne a Mantova e nelle province venete, dove rimase l'articolazione in province, distretti e comuni. Presso la Prefettura rimase ancora l'ufficio del Provveditore agli studi (art. 5 del reg.) che solo nel 1911 si sottrasse alla tutela prefettizia; ad essa fecero capo altresì la Commissione finanziaria, la Commissione di belle arti, il Consiglio di sanità e la Commissione delle imposte.
Nell'ultimo decennio del secolo e negli anni successivi si estese l'attività di controllo del prefetto sulle industrie insalubri e pericolose, sul lavoro delle donne e dei fanciulli, sull'emigrazione, sul risanamento del suolo e degli abitati, sui terremoti e venne potenziato il suo ruolo di mediazione dei conflitti sociali connessi al processo di industrializzazione. Con r.d. 21 mag. 1908, n. 269, venne approvato un ulteriore testo unico della legge comunale e provinciale in base al quale il prefetto esercitava il controllo sulle deliberazioni del Consiglio provinciale e della Deputazione provinciale e il Consiglio di prefettura rivedeva i conti comunali.
Il successivo r.d. 12 feb. 1911, n. 297, perfezionò l'organizzazione dei servizi delle Prefetture: gli uffici di Prefettura vennero divisi in un Gabinetto, quattro divisioni, una direzione di ragioneria e alcuni uffici particolari con attribuzioni relative a questioni specifiche quali quella elettorale o quella dei segretari comunali.
Il Gabinetto si occupava soprattutto delle pratiche riservate, degli affari della segreteria del prefetto, degli affari economici, delle controversie di lavoro e del controllo sugli enti locali. La prima divisione si occupava di questioni amministrative, di servizi d'ordine, delle imposte di consumo dei comuni e degli affari di culto. La seconda aveva competenza in materia di amministrazione locale (tutela e vigilanza) e di controllo dell'attività degli istituti di beneficenza ed assistenza. La terza si occupava di igiene e sanità. La quarta si occupava degli affari relativi ai lavori pubblici, alla viabilità, alle ferrovie, alle poste, ai telegrafi, ai telefoni e alle bonifiche, ambiti in cui la Prefettura venne spesso affiancata dagli Uffici del genio civile.
Negli anni di guerra - in particolare a seguito del r.d. 23 mag. 1915, n. 674, e in generale con tutti gli altri provvedimenti - si accentuarono i poteri del prefetto che divenne l'asse portante per la tutela del fronte interno. Alla fine del conflitto, a livello locale, il prefetto rimase il responsabile della pubblica sicurezza e del mantenimento dell'ordine pubblico, ma venne riorganizzata e potenziata la Questura.
Durante il periodo fascista (1922-1943) le prefetture si videro conferire nuove e maggiori attribuzioni. In una circolare del 3 giugno 1923 il prefetto era definito "l'unico rappresentante dell'autorità del governo nella provincia", e nel 1926 la legge n. 660 del 3 aprile contribuì ad aumentarne la supremazia su tutte le altre cariche e autorità provinciali. Con r.d.l. 2 gen. 1927, n. 1, vennero soppresse le sottoprefetture e istituite 17 nuove province, sede di prefettura.
Il r.d.l. 19 ago. 1932, n. 1080, convertito in l. 6 apr. 1933, n. 455, previde le norme per il passaggio alle prefetture dei poteri e delle facoltà fino ad allora spettanti alle procure generali presso le corti di appello e agli uffici per gli affari di culto esistenti presso le procure stesse.
A seguito delle leggi razziali del 1938 e 1939 furono conferite alle prefetture le funzioni relative alla politica razziale e al controllo demografico. Con l'entrata del Paese in guerra, nel 1940, i prefetti assunsero anche funzioni in materia di internamento di stranieri e italiani, di organizzazione della mobilitazione civile e di coordinamento in materia di approvvigionamenti, sfollamento, protezione antiaerea, assistenza. Con circolare 3 ago. 1940, n. 8900.18, vennero emanate nuove istruzioni per l'organizzazione dell'archivio: due archivi correnti separati, uno per il Gabinetto e l'altro per gli uffici amministrativi, gestiti in base a un titolario per il Gabinetto e a un rinnovato quadro di classificazione per gli uffici amministrativi da adottarsi in tutte le prefetture del regno, con registrazione analitica dei documenti. Dopo il settembre 1943, ai prefetti fu affidata la presidenza delle commissioni provinciali di epurazione per il personale degli enti locali e presso le prefetture ebbero sede, con propria distinta amministrazione, le delegazioni provinciali dell'Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo.
Nel nuovo ordinamento repubblicano le prefetture ebbero sede in ogni capoluogo di provincia salvo in Valle d'Aosta, regione a statuto speciale, ove fu soppressa la provincia, e nelle province autonome di Trento e Bolzano, ove si trovavano i commissari di governo. La l. 8 mar. 1949, n. 277, abolì l'art. 19 del testo unico della legge comunale e provinciale del 1934, che riconduceva al prefetto il coordinamento e le direttive per l'attività di tutti gli uffici della provincia e l'unità di indirizzo politico nello svolgimento dei diversi servizi, in conformità delle direttive del governo. Rispetto alle tradizionali funzioni di vigilanza sugli enti locali e sulle istituzioni pubbliche di beneficenza, la l. 11 mar. 1953, n. 150, all'art. 8, attribuì al governo la delega per il decentramento ad organi periferici di compiti attribuiti all'amministrazione centrale. Di fatto si attuò un limitato decentramento, anche per quanto riguarda gli enti locali, ma in attuazione dell'art. 130 della Costituzione e in conformità della l. 10 feb.1953, n. 62 (legge Scelba) cadde "il controllo di legittimità" sugli atti degli enti locali. Per quanto riguarda la struttura dell'ente, fu mantenuta la precedente distinzione in divisioni anche se, con d.p.r. 19 ago. 1954, n. 968, alle quattro divisioni esistenti se ne aggiunse una quinta, con mansioni organizzative, dedicata a gestire in maniera organica i servizi periferici in materia assistenziale.
Con d.p.r. 24 apr. 1982, n. 340, in attuazione della delega di cui all'art. 40 della l. 1° apr. 1981, n. 121, la Prefettura, in base all'art. 7, venne articolata in Gabinetto e 3 settori di livello dirigenziale. Il Gabinetto del prefetto si occupava di amministrazione generale in rappresentanza del Governo, autorità provinciale di pubblica sicurezza, attribuzioni già ad esso spettanti e non comprese negli altri settori; il I settore di enti locali, segretari comunali, servizio elettorale, documentazione generale, ogni altra attività diretta a realizzare efficace intesa con enti locali anche in funzione dei programmi di sviluppo socio-economico in ambito provinciale; il II settore di protezione civile, culti, polizia amministrativa, depenalizzazione, patenti, ogni altra competenza non compresa nel I settore; il III settore di finanza comunale e provinciale, gestioni finanziarie, contabili e patrimoniali riguardanti gli uffici periferici del Ministero dell'interno nella provincia. Un viceprefetto con funzioni vicarie coadiuvava il prefetto nel coordinamento dei settori e lo sostituiva in caso di assenza o impedimento anche temporaneo. Il Consiglio di prefettura (art. 23 e ss. del testo unico 383/1934), organo ausiliario collegiale di consultazione giuridico-amministrativa, presieduto dal prefetto e composto di altri due funzionari, non ebbe più attribuzioni in materia di giurisdizione contabile: diede pareri facoltativi, raramente obbligatori, non vincolanti. Alla Giunta provinciale amministrativa restarono solo funzioni consultive.
Presso la Prefettura venne istituito il Comitato provinciale per l'ordine e la sicurezza pubblica, previsto dall'art. 20 della l. 1° apr. 1982, n. 121. Il prefetto era autorità provinciale di pubblica sicurezza cui spettava il coordinamento delle forze di polizia, ma in base alla riforma della pubblica sicurezza del 1981 la figura del questore venne definitivamente distinta da quella del prefetto, al quale rimase collegato da un rapporto di dipendenza funzionale, non gerarchica. I comitati provinciali prezzi presieduti dal prefetto adottarono, a livello provinciale, provvedimenti analoghi a quelli che i comitati interministeriali dei prezzi adottano al centro, in base all'art.7 e ss. del d.l.c.p.s. 15 set. 1947, n. 896 , mentre nel 1998 (d.lgs. 31 mar. 1998, n. 112 ) vennero trasferite alle regioni e all'INPS le funzioni riguardanti gli invalidi civili. Venne invece affidata ai prefetti, nel 1997, la presidenza dei comitati provinciali per l'euro (CEP) con compiti di informazione e di verifica nella transizione verso la moneta unica. Il crescente sviluppo dell'autonomia regionale, sul finire del sec. XX, ha ridotto il ruolo della Prefettura che ha perso anche la maggior parte dei controlli (in particolare sugli atti e sulla finanza locale) sul sistema delle autonomie locali (l. 8 lug. 1990, n. 142 ). Si è ridotta la stessa funzione costituzionale di controllo sulle leggi regionali spettante ai commissari del governo, fino alla loro soppressione stabilita dalla riforma del Titolo V della Costituzione nel 2001.
Con d.lgs. 30 lug. 1999, n. 300, la Prefettura è diventata Ufficio territoriale del governo, mantenendo le funzioni già spettanti alle prefetture, assumendo anche quelle previste dal decreto e, in generale, tutte quelle non espressamente conferite ad altri uffici periferici dello Stato. Il prefetto della città capoluogo di regione ha assunto le funzioni di Commissario del governo. Con d.lgs. 19 mag. 2000, n. 139, attuativo della delega conferita con l. 28 lug. 1999, n. 266, fu riordinata la carriera prefettizia individuandone le funzioni. In base all'art. 10 della l. 5 giu. 2003, n. 131, il prefetto del capoluogo di regione è diventato rappresentante dello Stato per i rapporti con il sistema delle autonomie locali, coadiuvato da una Conferenza permanente da lui presieduta, composta anche dai dirigenti regionali delle strutture periferiche regionali dello Stato. Con d.lgs. 21 gen. 2004, n. 29, la precedente organizzazione è stata modificata e l'Ufficio territoriale del governo ha assunto la denominazione di Prefettura-Ufficio territoriale del governo.