Solo nel 1899, con r.d. 2 marzo, n. 64, furono dettate disposizioni per l'uniforme esercizio in tutto il Regno dell'attività degli Economati generali dei benefici vacanti, cui spettava il diritto di possesso e di amministrazione dei benefici vacanti e di quelli sottoposti a sequestro e di vigilanza sui benefici pieni. Nulla venne innovato per i benefici della città di Roma e sedi suburbicarie né per speciali discipline in vigore in alcuni territori delle diocesi di Aosta, Pinerolo e Susa; l'Economato generale di Palermo continuò ad esercitare la vigilanza sugli ospizi della Pia opera di Terra santa in base al r.d. 29 nov. 1891, n. 664 e relativo regolamento.
Ogni Economato generale aveva un consiglio di amministrazione presieduto da un consigliere di corte di cassazione o di corte d'appello, di un consigliere di prefettura, di un deputato provinciale e dell'economo generale con voto solo consultivo. Rappresentava in giudizio i benefici vacanti e vigilava anche su chiese e istituti nell'ambito territoriale. Conservava in doppio esemplare un registro con l'elenco dei benefici da cui risultassero la natura, gli atti di fondazione, le rendite e i titoli di proprietà. Uguale e separato registro riguardava chiese e altre istituzioni vigilate. Uno dei due esemplari era diretto al Ministero della giustizia e culti. Su apposito altro registro venivano segnate variazioni e rettificazioni. L'avanzo netto dell'amministrazione era posto a disposizione del ministero e serviva per concedere equo sussidio ai nuovi investiti, sovvenire i parroci e preti poveri, concorrere alle spese di restauro delle chiese, degli episcopi e delle canoniche, compiere atti di carità. Il numero e le circoscrizioni dei distretti subeconomali furono stabiliti per regio decreto. I subeconomi rendevano conto della loro gestione agli economi generali e questi al ministero, secondo il regolamento per contabilità degli Economati generali, approvato con r.d. 26 nov. 1874. Gli Economati generali erano sottoposti a ispezioni del ministero e i subeconomati a ispezioni degli Economati generali. La vigilanza sui benefici pieni e su altre istituzioni mirava alla conservazione del patrimonio. L'economo generale, oltre alla presa di possesso dei benefici vacanti o sottoposti a sequestro, poteva, con l'assenso del ministero, avocare l'amministrazione delle mense vescovili vacanti o affidarle a suoi delegati. Le prese di possesso dovevano essere puntualmente registrate e, contemporaneamente, doveva essere compilato l'elenco delle rendite da esigere.
Con successivo r.d. 23 mag. 1918, n. 978, venne approvato un nuovo regolamento.
In virtù del Concordato dell'11 febbraio 1929 tra la Santa Sede e il Regno d'Italia, soppresse le regalìe, l'amministrazione e il godimento delle rendite dei benefici vacanti furono disciplinati dal diritto canonico e la gestione ordinaria e straordinaria dei beni degli istituti ecclesiastici passò sotto la vigilanza delle competenti autorità ecclesiastiche. Il Concordato, per contro, rese obbligatorio il contributo con cui lo Stato integrava le rendite destinate a sostenere le spese per la congrua al clero e altre specifiche funzioni.
Con l. 27 mag. 1929, n. 848, per l'applicazione del Concordato, gli Economati generali dei benefici vacanti e i Subeconomati furono soppressi. I patrimoni degli Economati generali dei benefici vacanti e quelli dei fondi di religione dei territori annessi all'Italia, in virtù delle leggi 26 set. 1920, n. 1322 e 19 dic. 1920, n. 1778 e del r.d.l. 22 feb. 1924, n. 211, furono riuniti in un patrimonio unico destinato a sovvenire il clero particolarmente benemerito e bisognoso, a favorire scopi di culto, di beneficenza e di istruzione. I redditi di tali patrimoni furono congruamente integrati con appositi stanziamenti sul bilancio del Ministero della giustizia e degli affari di culto. L'amministrazione del patrimonio riunito degli ex-economati generali dei benefici vacanti e dei suindicati fondi di religione e dei patrimoni del fondo per il culto e del fondo di beneficenza e di religione nella città di Roma fu concentrata presso il Ministero per la giustizia e gli affari di culto e tenuta con distinta gestione e con bilanci separati dalla Direzione generale fondo per il culto e fondo di beneficenza e di religione nella città di Roma. Il fondo di beneficenza e di religione nella città di Roma ebbe un proprio consiglio di amministrazione, mentre un solo consiglio di amministrazione si occupava di tutti gli altri patrimoni.
Per le funzioni riservate allo Stato in materia di culto furono istituiti presso ogni Procura generale del re, Uffici per gli affari di culto alle dirette dipendenze del procuratore.