In base all'art. 14 dello stesso decreto 625/1945 fu assegnato all'ufficio del pubblico ministero della Sezione speciale della Corte di assise il coordinamento e la vigilanza dell'applicazione delle sanzioni a carico di fascisti politicamente pericolosi. Con il d.lg.lgt. 12 apr. 1946, n. 201, che approvava il Testo delle disposizioni per la punizione dei delitti fascisti e per la repressione di alcune attività fasciste, vennero riformulate le norme precedenti e introdotte alcune modifiche. Per le Sezioni speciali della Corte di assise venne stabilito l'allargamento a cinque dei giudici popolari (art. 4) e la formazione di nuovi elenchi in base a diverse procedure.
L'ordinamento della Corte di assise venne riformato con r.d.lgt. 31 mag. 1946, n. 560: in ogni distretto di Corte di appello furono istituite una o più Corti di assise che costituivano Sezioni di Corte di appello; in uno stesso circolo potevano essere istituite più Corti di assise. La Corte era composta da un presidente di Sezione di Corte di appello e di 10 giurati. Il decreto stabilì anche i requisiti per l'assunzione all'ufficio di giurato ed enumerò le incompatibilità e le norme per la compilazione degli elenchi dei giurati e per l'estrazione. Pubblico ministero e imputato avevano facoltà di ricusazione dei giurati. La legge stabilì infine le possibili sanzioni a carico dei giurati.
Per quanto riguarda la distribuzione sul territorio, fu il successivo d.c.p.s. 4 dic. 1946, n. 580, che con articolo unico ripristinò la sede e la circoscrizione delle Corti stabilite dal r.d. 30 gen. 1941, n. 12, all'allegato D e successive modificazioni.
A seguito dell'amnistia di Togliatti, decreto 22 giugno 1946, n. 4, l'attività delle Corti tese a ridursi. L'amnistia previde il condono o la commutazione della pena per reati comuni punibili fino a cinque anni e per reati politici, compresi quelli di collaborazionismo col nemico, e per i reati commessi nel Regno del Sud dopo l'8 settembre 1943 e dopo l'inizio dell'occupazione militare alleata; incluse anche reati previsti dal decreto 159/1944 e dal decreto 142/1945. Lo scopo dell'amnistia era di arrivare ad una pacificazione nazionale dopo gli anni di guerra civile e le violenze dell'immediato dopoguerra. In considerazione di un'amnistia così ampia, lo stesso ministro di grazia e giustizia, che ne era stato promotore, emanò la circolare n. 9796/110 che raccomandava interpretazioni restrittive nell'applicazione concreta. Con d.l.c.p.s. 3 ott. 1946, n. 194, che prorogò alcuni provvedimenti in materia di sanzioni contro il fascismo, venne prorogato il funzionamento delle Sezioni speciali delle Corti di assise al 31 marzo 1947. Ulteriore proroga al 30 giugno 1947 venne sancita con d.lg.c.p.s. 18 mar. 1947, n. 140.
Con d.l.c.p.s. 26 giu. 1947, n. 529, furono soppresse le singole Sezioni speciali di Corte di assise che avessero esaurito la trattazione dei procedimenti. Nei casi in cui fosse stata richiesta la citazione al giudizio o pronunciata sentenza di rinvio a giudizio davanti alla Sezione speciale, le corti continuavano a funzionare anche oltre il 30 giugno ma non oltre il 31 dicembre 1947. I procedimenti ancora in corso per i quali non si fosse avuta alla data del 30 giugno 1947 né citazione né sentenza di rinvio al giudizio delle Sezioni speciali, si sarebbero svolti secondo le norme ordinarie. Anche nei casi di annullamento con rinvio alle Sezioni speciali pronunciato dopo il 30 giugno 1947, la Suprema corte di cassazione avrebbe rimesso gli atti alle sezioni di assise ordinarie.
Il d.lg.c.p.s. 23 dic. 1947, n. 1463, tuttavia, dettò ancora norme sulla competenza e funzionamento delle Sezioni speciali di Corte di assise, stabilendo che i procedimenti di competenza di queste Sezioni speciali per i quali al 31 dicembre 1947 fosse iniziato il dibattimento, continuassero a svolgersi innanzi alle stesse Sezioni speciali. Queste mantennero la loro competenza anche dopo il 31 dicembre 1947 per i procedimenti per i quali fosse stata fissata l'udienza di trattazione prima di questa data, a causa del rinvio. Per le sezioni che avessero esaurito la trattazione dei procedimenti era confermata la soppressione.