Con r.d. 24 ago. 1877, n. 4021, l'intera materia fu riordinata. Le Commissioni amministrative di prima istanza divennero Commissioni mandamentali, mentre l'appello rimase di competenza della Commissione provinciale. Fu inoltre istituita una Commissione centrale, competente sulle controversie riguardanti più comuni e per il ricorso contro decisioni delle Commissioni provinciali in casi riguardanti l'applicazione delle leggi; contro le decisioni della Commissione centrale era possibile presentare ricorso al giudice ordinario.
La riforma approvata con r.d.l. 7 ago. 1936, n. 1639 , rivide la disciplina per la risoluzione in via amministrativa delle controversie in materia di imposte dirette (escluse quelle sui terreni) e di imposte sui trasferimenti delle ricchezze, ampliando le competenze delle commissioni includendovi, in parte, anche le imposte indirette sugli affari. Nell'occasione, le Commissioni mandamentali furono trasformate in Commissioni distrettuali, con competenza territoriale identica a quella degli Uffici delle imposte dirette. Le decisioni delle Commissioni distrettuali continuarono a essere soggette all'eventuale ricorso alle Commissioni provinciali, i cui esiti potevano essere rivisti dalla Commissione centrale delle imposte dirette.
Dopo l'entrata in vigore della Costituzione del 1948 il sistema della giustizia tributaria fu oggetto di decisioni contrastanti della Corte costituzionale in merito, fra l'altro, alla natura di organo giurisdizionale o di organo amministrativo delle Commissioni tributarie.
La materia fu nuovamente riordinata con d.p.r. 26 ott. 1972, n. 636, nell'ambito della più generale riforma tributaria. Nell'occasione si stabilirono Commissioni tributarie di primo grado, con sede e competenza territoriale uguale a quella dei tribunali, e Commissioni tributarie di secondo grado, con sede nei capoluoghi di provincia, e una Commissione tributaria centrale. Contestualmente fu ampliato l'elenco dei tributi sottoposti alle Commissioni, specificamente descritti all'art. 1. Le nomine dei presidenti delle Commissioni tributarie di primo grado e secondo grado furono assegnate rispettivamente ai presidenti dei Tribunali e ai primi presidenti delle Corti di appello. Le procedure furono rese più simili a quelle del processo civile. La natura delle Commissioni fu definita con sentenza della Corte costituzionale 27 dic. 1974, n. 287, che le qualificò come organi giurisdizionali.
Infine, in base alla disciplina prevista dal d.lgs. 31 dic. 1992, n. 545, gli organi di giurisdizione in materia tributaria furono nuovamente disciplinati, mutando la loro circoscrizione territoriale. Le Commissioni tributarie di primo grado cessarono così la loro autonoma attività e, a livello territoriale, fu prevista l'istituzione di Sezioni di commissioni tributarie dipendenti dalla Commissione provinciale o regionale.