Dopo la liberazione di Roma (giugno 1944), con il governo Bonomi venne emanato il d.lgs.lgt. 27 lug. 1944, n. 159, Sanzioni contro il fascismo, con cui venne istituita - al titolo primo - l'Alta corte di giustizia per i membri del governo fascista e per i gerarchi del partito fascista, con potere di comminare l'ergastolo e la pena di morte; si stabilì altresì che corti di assise, tribunali e preture giudicassero gli atti di violenza del fascismo compiuti a partire dal 1922, mentre spettava sia alla giustizia ordinaria che ai tribunali militari la cognizione di crimini e atti di collaborazionismo compiuti dopo l'armistizio, puniti comunque in base al Codice militare di guerra. Era previsto il ricorso a una Sezione speciale della Corte di cassazione. L'Alto commissariato, ora denominato per le sanzioni contro il fascismo, poteva promuovere l'azione per i delitti deferibili all'Alta corte di giustizia, presso cui svolgeva funzioni di pubblico ministero. Il decreto distingueva la disciplina dell'epurazione da quella delle sanzioni per i delitti e per fatti particolarmente gravi che però non si configuravano come reati. Così all'art. 8 si istituirono le Commissioni provinciali per le sanzioni contro il fascismo che adottavano provvedimenti nei confronti di chi avesse compiuto per motivi fascisti fatti di particolare gravità contrari a norme di rettitudine o di probità politica.
Lo stesso d.lgs.lgt. 27 lug. 1944, n. 159, dedicò il titolo secondo all'epurazione. Erano sottoposti a giudizio di epurazione gli appartenenti alle amministrazioni civili e militari dello Stato e agli enti locali. Erano altresì stabiliti casi di dispensa dal servizio, tra cui anche per chi dopo l'8 settembre 1943 avesse seguito il governo fascista o gli avesse prestato giuramento o avesse con esso collaborato. Il giudizio di epurazione era affidato in primo grado a Commissioni istituite presso ogni ministero o amministrazione o ente autonomo.
L'art. 18 istituì le Commissioni di epurazione per il giudizio di primo grado circa il coinvolgimento nell'attività fascista e in favore del fascismo da parte del personale che aveva prestato servizio nell'amministrazione civile e militare; tali Commissioni dovevano istituirsi presso ogni ministero o amministrazione o ente autonomo ed erano nominate dal ministro competente e costituite da un magistrato dell'ordine giudiziario o amministrativo, dal capo del personale o un funzionario dell'amministrazione e da un membro designato dall'Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo.
In base allo stesso articolo vennero istituite anche le Commissioni provinciali di epurazione per il personale dei comuni, delle province, degli enti di beneficenza e altri enti sottoposti a controllo dell'amministrazione locale, nominate dal prefetto. Potevano altresì istituirsi sottocommissioni.
Era ammesso ricorso dell'interessato o dell'Alto commissario per le sanzioni contro il fascismo ad una Commissione centrale nominata dal presidente del consiglio dei ministri e composta di un presidente, di due magistrati dell'ordine giudiziario o amministrativo, due funzionari di amministrazioni centrali e due membri designati dall'Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo.
Altre commissioni, per la revisione degli iscritti agli albi, vennero istituite presso gli ordini professionali e gli organi incaricati della tenuta degli albi per l'esercizio delle professioni arti e mestieri, con possibilità di ricorso a commissioni centrali per ogni ordine o professione. Furono istituite anche sezioni speciali delle Commissioni provinciali delle imposte per l'avocazione dei profitti di guerra.
Con d.lgs.lgt. 11 ott. 1944, n. 257, venne data facoltà al governo di dispensare dal servizio i dipendenti civili e militari dal primo al quarto grado della classificazione del personale, anche in pendenza del giudizio di epurazione.
In base al d.lgs.lgt. 8 ott. 1944, n. 238, Ordinamento dell'Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo, l'Alto commissario fu assistito da quattro commissari aggiunti, rispettivamente per la punizione dei delitti, l'epurazione dell'amministrazione, l'avocazione dei profitti di regime, la liquidazione dei beni fascisti. In base al d.lgs.lgt. 23 ott. 1944, n. 285, Norme integrative e di attuazione del decreto legislativo 27 luglio 1944, n. 159, per la parte riguardante l'epurazione dell'amministrazione, si stabilì all'art. 17 che in ogni provincia il prefetto, insieme al delegato dell'Alto commissario, avrebbe preparato il materiale istruttorio relativo agli impiegati da sottoporre al giudizio della Commissione di epurazione. Successivamente, con d.lgs.lgt. 4 gen. 1945, n. 2, il prefetto avrebbe operato insieme a tre delegati dell'Alto commissario.
Con d.lgs.lgt. 4 ago. 1945, n. 472, vennero stabilite disposizioni per l'epurazione degli amministratori, dei sindaci e dei liquidatori delle imprese private. Il decreto prevedeva il divieto di ricoprire cariche anche per coloro già sospesi dal diritto elettorale, per i membri del governo fascista dopo il 3 gennaio 1925, per i deputati e consiglieri nazionali che avessero coperto tale incarico dopo il 3 gennaio 1925, per i senatori decaduti ai sensi dell'ultimo comma dell'art. 8 del decreto 159/1944 e per coloro cui fossero stati avocati i profitti di regime ai sensi dell'art. 3 del d.lgs.lgt. 31 maggio 1945, n. 364: i provvedimenti punitivi non si applicavano se queste persone avevano lottato contro i tedeschi o preso posizione contro il fascismo o cessato dalla carica prima dell'inizio della guerra. Il giudizio al riguardo era affidato ad una Commissione nominata dal presidente del consiglio dei ministri, composta dall'Alto commissario per le sanzioni contro il fascismo o suo delegato e due cittadini di comprovata probità o sicuro passato antifascista designati dalle organizzazioni sindacali dei lavoratori e dei datori di lavoro. Modifiche alla segreteria di tale Commissione furono apportate dal d.lgs.c.p.s. 13 set. 1946, n. 118.
Il d.lgs.lgt. 31 ago. 1945, n. 573, Attribuzioni e funzionamento dei delegati provinciali dell'Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo, estese le attribuzioni in materia di epurazione conferite ai delegati provinciali dell'Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo alla materia dei delitti e dell'avocazione dei profitti di regime. Si costituirono così le Delegazioni provinciali composte di tre delegati di cui uno con funzioni di presidente: i delegati si occupavano, rispettivamente, di epurazione, delitti, avocazione dei profitti di regime. Ogni Delegazione provinciale era nominata dall'Alto commissario per le sanzioni contro il fascismo, su proposta del Comitato di liberazione nazionale locale, sentito il prefetto. I delegati per l'epurazione continuarono le loro funzioni fino alla costituzione delle Delegazioni provinciali. Nei territori non ancora consegnati all'Amministrazione italiana, il presente decreto entrò in vigore dalla data di restituzione o da quella in cui fu reso esecutivo con ordinanza del Governo militare alleato. Una riforma generale dell'epurazione venne attuata con d.lgs.lgt. 9 nov.1945, n. 702 (nota come legge Nenni): riguardava l'epurazione delle pubbliche amministrazioni, la revisione degli albi delle professioni, le arti e i mestieri e anche l'epurazione delle aziende private. Abrogava le disposizioni del decreto 159/1944 e successive modifiche che fossero in contrasto con il decreto. Definì le condizioni di incompatibilità con la permanenza in servizio che doveva essere dichiarata dalle Commissioni di epurazione, istituite presso le amministrazioni centrali e gli enti pubblici autonomi con competenza su tutti i dipendenti di tali amministrazioni centrali ed enti pubblici, e dalle Commissioni provinciali di epurazione, per i dipendenti degli enti pubblici locali e di enti sottoposti a controllo dell'amministrazione locale. L'Alto commissario per le sanzioni contro il fascismo e i suoi delegati provinciali vigilavano sullo svolgimento dei giudizi di epurazione e, quando necessario, prendevano l'iniziativa del deferimento.
Contro le decisioni delle Commissioni di epurazione era ammesso ricorso ad una Sezione speciale del Consiglio di Stato composta con decreto del presidente del consiglio dei ministri e integrata con un membro designato dall'Alto commissario per le sanzioni contro il fascismo e da un membro designato dal ministero da cui dipendeva il ricorrente o alla cui vigilanza era sottoposto l'ente da cui dipendeva il ricorrente. Contro le decisioni delle Commissioni provinciali di epurazione era ammesso ricorso ad una Commissione istituita presso la Corte di appello in cui aveva sede la Commissione provinciale di primo grado. La Commissione di appello, nominata dal presidente della Corte di appello era composta da un magistrato e un funzionario della pubblica amministrazione e due membri designati, uno dall'Alto commissario per le sanzioni contro il fascismo e l'altro dal Comitato di liberazione nazionale provinciale.
Con d.lgs.lgt. 8 febbraio 1946, n. 22, le attribuzioni dell'Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo vennero devolute alla Presidenza del consiglio dei ministri. Il decreto presidenziale 22 giugno 1946, n. 4 (nota come amnistia Togliatti) segnò l'avvio della fase conclusiva dell'epurazione. Tuttavia il d.lgs.lgt. 5 apr. 1946, n. 217, prorogò alcuni termini per l'epurazione e integrò le norme vigenti; introdusse alcune modificazioni in materia di epurazione, tra cui quelle in ordine all'appello previsto per i provvedimenti delle Commissioni di epurazione e delle Commissioni provinciali di epurazione; soppresse inoltre la Commissione centrale di epurazione.
In sostanza, l'epurazione si concluse con il d.lgs. 7 febbraio 1948, n. 48, che dettò norme per l'estinzione e per la revisione dei provvedimenti già adottati, cui si aggiunsero disposizioni integrative con l. 14 maggio 1949, n. 326.