Con decreto legislativo 10 giugno 1915 n. 883, che approvava l'ordinamento e il regolamento delle difese marittime, venne istituito nella piazzaforte marittima della Maddalena un Comando di difesa marittima permanente.
Secondo il Regolamento di servizio di guerra la giustizia penale militare era ordinariamente amministrata dai tribunali militari esistenti, ma occorrendo potevano essere convocati tribunali militari dai comandanti di piazzeforti dichiarate in stato di guerra, quando in esse non esisteva già un tribunale militare. Quindi l'istituzione di un Tribunale di guerra alla Maddalena rientrava nella normale procedura di istituzione di un organismo preposto a giudicare dei reati in zona e tempo di guerra, a maggior ragione poiché tale zona era anche preposta alla difesa marittima.
In fase processuale compito del Comandante militare marittimo era emettere ordinanze per il luogo a procedere o il non luogo a procedere nei confronto del reo, o per l'archiviazione degli atti.
Con regio decreto 29 dicembre 1918 n. 1981, con il quale si disponeva dal 1° gennaio 1919 la fine dello stato di guerra in alcuni territori del Regno, anche i territori delle piazze marittime di Spezia e della Maddalena cessarono di essere in stato di resistenza e di guerra; contemporaneamente terminò la sua attività il Tribunale militare marittimo della Maddalena e la funzione giurisdizionale del Comando in merito alla giustizia penale ricadde sotto la competenza della Spezia, capoluogo di Dipartimento dove il Tribunale era istituito permanentemente.
Con regio decreto 4 gennaio 1923 n. 189, che modificava l'ordinamento dei servizi dipartimentali della Regia marina, il Comando militare marittimo della Maddalena assunse la denominazione di Comando militare marittimo in Sardegna e della piazza marittima di Maddalena, dipendente dal Comando in capo del Dipartimento marittimo del basso Tirreno con sede a Napoli.
Ambito geografico di competenza: Arcipelago della Maddalena