La carica di Primo auditore granducale fu abolita nel 1610. Le mansioni di questo alto magistrato passarono in parte al Primo segretario di Stato, in parte agli altri auditori, in parte, per quanto riguardava le materie ecclesiastiche, all'Auditore dei benefici ecclesiastici, che in seguito, nel sec. XVIII, avrebbe preso il nome di Segretario della giurisdizione o del regio diritto. Per quanto riguarda i segretari del Granduca, successivamente a Cosimo I, si assistette ad un processo di maggior formalizzazione e più precisa attribuzione delle competenze, pur senza giungere ad una suddivisione per segreterie organicamente strutturate.
Nel 1680 fu istituita la Ruota criminale, alla quale furono affidate le cause penali più importanti prima spettanti al Magistrato degli otto di guardia e balia. Il nuovo tribunale ebbe tuttavia una vita breve poiché fu soppresso già nel 1699.
Queste rimasero a grandi linee le strutture del Principato mediceo nel cosiddetto "Stato vecchio" fino alla morte dell'ultimo granduca Gian Gastone (1737), che, va ribadito, non ricevettero modifiche esteriori dalla morte di Cosimo I. Ma se formalmente quasi tutto rimase com'era, andarono mutando notevolmente nel tempo gli equilibri sociali e i contenuti politici ed economici. Nel corso del Seicento, nel quadro generale di evoluzione della situazione europea e italiana, il piccolo stato toscano, pur riuscendo a salvaguardare la propria indipendenza e integrità territoriale in un difficile gioco di equilibri tra Francia, Spagna e Impero, vide un progressivo restringersi dei suoi orizzonti politici ed un acutizzarsi, all'interno, dei problemi di tenuta istituzionale e di amministrazione economica e finanziaria. Verso la fine XVII secolo molte delle questioni lasciate insolute dalla fine della Repubblica e dalla nascita del Principato apparivano esasperate, tanto che critiche alle istituzioni e al loro funzionamento cominciarono a venire dagli stessi funzionari e magistrati che reggevano la cosa pubblica. Durante il lungo governo del penultimo granduca, Cosimo III (1670-1723), queste istanze dettero origine, negli ambienti di governo, ad articolati progetti di riforma in molti settori dello stato, che, se pure per la maggior parte rimasero inattuati o di scarse conseguenze, anticiparono per certi versi la grande stagione delle riforme del Settecento lorenese.