La materia fu riorganizzata dal motuproprio 6 lug. 1816 (artt. 208-209) e dal regolamento in pari data [ regolamento sul sistema ipotecario prescritto dall'art. 209 del titolo VI del motuproprio del 1816, 6 lug. 1816 ] che sostituì la precedente legislazione sulla intavolazione, per il quale, "fino a nuovo ordine", rimanevano in attività i preesistenti uffici di conservazione delle ipoteche (art. 123), mentre la giurisdizione e la sorveglianza su di essi era attribuita al chierico di Camera prefetto degli archivi notarili cui erano già state affidate precedentemente [ editto del pro camerlengo 16 mag. 1803 (AS Roma, Bandi , b. 145) ], presso il quale venivano istituiti tre assessori incaricati delle incombenze relative al sistema ipotecario. In alcune delle principali città dello Stato furono nominati ispettori, anch'essi alle dipendenze del prefetto degli archivi, incaricati, come gli assessori delle visite, agli uffici di conservazione (artt. 133-136).
L'organizzazione degli uffici delle ipoteche fu più tardi regolata con la notificazione del prefetto degli archivi 16 set. 1816; essi ebbero una sistemazione corrispondente al nuovo Riparto territoriale del 1816 e alla distribuzione dei tribunali. Il circondario dell'ufficio delle ipoteche di Roma venne esteso a Roma e Comarca; gli altri uffici, con sede nei capoluoghi di delegazione o legazione, ebbero competenza nel relativo territorio (così per Ferrara, Bologna, Ravenna, Forlì, Ancona, Macerata, Fermo, Ascoli, Spoleto, Perugia, Viterbo, Rieti, Benevento). Furono, però, apportate le seguenti varianti: nella delegazione di Urbino e Pesaro furono mantenuti gli uffici delle ipoteche sia ad Urbino che a Pesaro, il primo con competenza sui distretti di Urbino e Gubbio, il secondo sui distretti di Pesaro, Fano, Senigallia; nella delegazione di Frosinone furono mantenuti i due uffici esistenti, l'uno nel capoluogo di delegazione, con competenza per i distretti di Frosinone e di Pontecorvo, l'altro in Velletri - città di giurisdizione del cardinal decano - per i distretti di Velletri, Terracina, Anagni. Con la stessa notificazione furono istituiti due nuovi uffici, a Camerino e a Civitavecchia, e furono soppressi quelli di Imola, Todi, Foligno, Tivoli; i registri ipotecari di Tivoli furono trasferiti in quelli di Roma, quelli di Todi e di Foligno a Perugia, quelli di Imola a Ravenna. Nel 1817 fu istituito un Ufficio di conservazione delle ipoteche in Pontecorvo, governo della delegazione di Frosinone (notificazioni del prefetto degli archivi del 23 gennaio e del 29 luglio 1817).
Le competenze territoriali degli uffici delle ipoteche seguirono nel tempo le variazioni pubblicate con i successivi Riparti territoriali e con singole norme.
La legislazione in materia fu riunita in un sol corpo con il motuproprio di Leone XII del 30 gen. 1828, cui fece seguito il regolamento disciplinare emanato nella stessa data dal presidente degli archivi, che successivamente subì alcune modifiche con le notificazioni della Segreteria di Stato 7 ott. 1829, 26 lug. 1831 e 20 gen. 1833.
Poiché il circondario delle conservatorie delle ipoteche coincideva per lo più con quello dei tribunali, due nuovi uffici furono istituiti il 15 novembre 1831 a Norcia e a Foligno (quest'ultimo era stato da poco soppresso) a seguito dell'istituzione dei due tribunali di prima istanza civile e criminale; la conservatoria delle ipoteche di Norcia fu poi cancellata con l'editto 31 mag. 1839 che aboliva appunto quel tribunale, e le relative competenze furono trasferite alla conservatoria di Spoleto.
In virtù del regolamento organico per l'amministrazione della giustizia civile del 5 ott. 1831 (art. 11) una circolare della Segreteria di Stato del 3 mar. 1832 dichiarava cessata la giurisdizione contenziosa del prefetto degli archivi sul regime ipotecario, attribuitagli dall'art. 176 del motuproprio del 30 gen. 1828, e la trasferiva in primo grado ai tribunali civili delle province ove fossero uffici delle ipoteche ed in Roma alla Congregazione civile dell'Auditor Camerae, per cause sino al valore di duecento scudi, ed in seconda istanza agli altri tribunali competenti.
Dal 1833 il regime ipotecario fu riunito agli uffici del bollo e registro: la giurisdizione sulle ipoteche fu trasferita dal presidente degli archivi al tesoriere generale e fu attribuita alla Direzione generale del bollo, registro, ipoteche e tasse riunite, una delle direzioni generali del Tesorierato generale (editto del segretario di Stato 29 dic. 1832 sul nuovo ordinamento del Tesorierato e dei suoi uffici).
Successivamente al regolamento legislativo e giudiziario per gli affari civili del 10 nov. 1834, che dedicava il titolo VII a "Delle leggi concernenti i privilegi e le ipoteche" (per le ipoteche gli artt. 103-257), fu emanato l'editto del segretario per gli affari di Stato interni del 17 dicembre, con il titolo I sull'ordinamento e la disciplina degli uffici delle ipoteche, per il quale in Roma e in tutte le località sedi di tribunale civile fu istituito un ufficio di conservazione delle ipoteche; oltre a questi, rimase solo l'ufficio di Pontecorvo. Il circondario era il medesimo del tribunale civile; per Roma comprendeva il territorio di Roma e la Comarca (artt. 1-3).
Ogni ufficio ipotecario era retto da un conservatore delle ipoteche (con impiegati subalterni) alle dipendenze della Direzione generale del bollo, registro, ipoteche di Roma (artt. 4, 6) [ alla direzione generale di Roma erano state attribuite anche "la percezione delle tasse dei cursorati apostolici e il bollo sulle carte da gioco" (art. 5 delle disposizioni sul nuovo ordinamento del tesorierato generale del 29 dic. 1832) ]; quest'ultima corrispondeva con i conservatori e con gli ispettori e riferiva al consiglio direttivo [ il consiglio direttivo era costituito dagli amministratori generali del bollo e registro, con l'avvocato generale del fisco e presieduto dal tesoriere generale (art. 9 dell'editto 17 dic. 1834) ]. I conservatori delle ipoteche erano nominati dal sovrano su una terna proposta dal tesoriere generale (art. 13); tra l'altro, essi erano tenuti a versare una cauzione (art. 15).
In data 31 marzo 1835 furono emanate le "Istruzioni ai preposti del registro e bollo, conservatori delle ipoteche ed ispettore dell'amministrazione del registro, bollo, ipoteche e tasse riunite, per la retta applicazione" delle norme pubblicate con il motuproprio 10 nov. 1834 e successivo editto 17 dic. 1834; tali istruzioni attribuirono l'ispezione e la sorveglianza delle conservazioni ipotecarie, nella parte che concerneva la disciplina, agli ispettori del registro, ai quali già competeva la sorveglianza per la parte finanziaria, che essi esercitavano per mezzo di visite trimestrali (art. 62). La materia ipotecaria era qui trattata nel capitolo V.
Dal 1848, per l'istituzione dei ministeri, gli uffici delle ipoteche, come quelli del bollo e registro, dipesero dalla omonima direzione del Ministero delle finanze, erede del tesorierato generale, cioè dalla Direzione generale del bollo, registro, ipoteche e tasse riunite (art. 31 del motuproprio 29 dic. 1847, confermato dall'art. 31 dell'editto 10 set. 1850 sull'ordinamento dei ministeri).