La conoscenza di questo patrimonio, prevista attraverso campagne di catalogazione dei beni di proprietà pubblica (attività che però poteva estendersi anche a quelli di natura privata), oltre ad assicurarne un'opportuna salvaguardia e «l'onor nazionale, perché il passato d'un popolo è parte del suo avvenire», era dichiaratamente finalizzata «all'incremento degli studi archeologici, storici ed artistici». In sintonia con gli ideali positivisti e il condiviso spirito risorgimentale, pertanto, il beneficio atteso doveva favorire non solo la «parte più colta della Nazione», ma il progresso sociale dell'intera popolazione.
Dopo i primi anni di vita, nei quali l'ufficio si dedicò principalmente a sovrintendere alle acquisizioni statali dei beni delle corporazioni religiose soppresse, la mancanza di una coerente legislazione statale in materia e una certa disorganizzazione della Commissione, composta da volontari nominati ex lege, ne misero in pericolo l'esistenza e l'operatività. Neppure l'emanazione di un apposito regolamento (Regio Decreto n. 892 del 30 settembre 1863) che ne delineava l'articolazione prevedendo quattro Sezioni provinciali con sede nei rispettivi capoluoghi e competenza sui rispettivi territori, determinò un rinnovato slancio e una incisiva azione nei gravosi compiti che spettavano ai suoi membri. Essi, non di rado, erano costretti a subire pressioni di ogni sorta dovendo mediare tra ordini prefettizi, richieste delle amministrazioni comunali e i superiori interessi del demanio militare, che in quegli anni - specialmente nel capoluogo dorico - requisiva edifici monumentali trascurando frequentemente prescrizioni e cautele espresse dalla Commissione.
Presidente della Sezione centrale, eletto nella prima e costituente assemblea del 17 gennaio 1861, come testimoniato dai verbali delle adunanze, fu il conte Terenzio Mamiani, letterato e patriota pesarese che in quegli anni ricopriva importanti incarichi politici nazionali. L'illustre personaggio, tuttavia, non partecipò mai alle riunioni della Commissione assumendo unicamente la figura di presidente onorario, tanto che il ruolo effettivo venne garantito dal suo vice, il professore Ciriaco Pio Marini, coadiuvato dal segretario della sezione anconitana Carlo Rinaldini.
Un decisivo e favorevole cambiamento di rotta si concretizzò solo nel 1868, quando Carisio Ciavarini venne eletto segretario della sezione centrale in sostituzione del dimissionario Francesco De Bosis, subentrato nella funzione alla morte del Rinaldini avvenuta tre anni prima.
Il professor Ciavarini rimase ininterrottamente in carica sino allo scioglimento della Commissione conservatrice delle Marche, decretato nel 1877, ma continuò a operare nel settore come Ispettore degli scavi e monumenti della neonata articolazione determinata dalla riforma.
Nel decennio di servizio in qualità di segretario della Commissione egli seppe dare un nuovo e concreto indirizzo alle attività dell'istituto, promuovendo senza posa una serie di iniziative e di programmi a lungo termine volti alla conoscenza e tutela del patrimonio artistico marchigiano interessandosi anche a settori in certo modo secondari quali la numismatica e l'araldica.
Grazie alla sua tenacia e all'impegno intellettuale il Catalogo degli oggetti d'antichità e monumenti artistici delle Marche venne finalmente concluso e spedito a Roma, l'ufficio fu dotato di una biblioteca in certo modo specialistica, si avviò una campagna di censimento sistematico degli archivi comunali e in parallelo si cercò di coinvolgere le amministrazioni locali affinché curassero il riordinamento dei propri archivi storici. A corollario di questa complessa operazione, sotto la direzione di Ciavarini, furono poi editi una serie di studi e testi all'interno della collana Collezione di documenti storici antichi inediti ed editi rari delle città e terre marchigiane.
Tra il 1876 e il 1877, con l'istituzione a Bologna del Commissariato per i Musei e Scavi d'Antichità (dipendente dalla Direzione Centrale degli Scavi e Gallerie del Ministero dell'Istruzione pubblica), la Commissione Conservatrice delle Marche subì modifiche, riduzione di ruolo e quindi venne definitivamente abolita in favore di una commissione provinciale diversamente composta e iscritta nell'organigramma riformato.