Gli auditori di Pisa e di Siena giudicavano poi in seconda istanza le cause di merito inferiore alle duecento lire trattate in prima istanza dai podestà del distretto di Pisa e di Siena e dai vicari compresi nella giurisdizione della rota civile di prime appellazioni di Siena e Pisa (esclusi i vicari di Bagnone e Fivizzano). L'Auditore di governo di Pisa e Siena trattava inoltre, nel contenzioso e nell'economico, gli affari relativi agli incapaci, non solo nella sua giurisdizione civile, ma anche nel territorio delle podesterie comprese nella giurisdizione criminale dell'Auditore fiscale di Siena e dell'Auditore di governo di Pisa. L'Auditore di governo di Siena trattava le cause di regalia e del patrimonio della corona e del fisco per tutto il territorio della rota civile di Siena.
Gli auditori di Pisa e Livorno avevano anche competenze, nel loro territorio, in materia criminale e di polizia (quelle dei vicari). L'Auditore di governo di Livorno giudicava le cause di regalia, del patrimonio della corona e del fisco, e alcune mercantili.
Le cause giudicate in prima istanza dagli auditori erano appellabili alle rote civili e alla rota criminale di Firenze.
A seguito del motuproprio del 17 novembre 1815 veniva introdotto nell'isola d'Elba, assegnata al Granducato per il trattato di Vienna, un Auditore vicario con giurisdizione civile e criminale e prerogative di polizia e buon governo. Un motuproprio 29 novembre 1815 disponeva che un governatore e un auditore vicario esercitassero le preminenti funzioni di governo sull'Elba, unitamente alle due podesterie ed alle magistrature comunitative.
Il 23 novembre 1817, con la creazione del Tribunale di prima istanza di Pisa, venivano sottratte all'Auditore di governo le funzioni giurisdizionali civili. La stessa cosa accadeva a Siena con la istituzione del Tribunale di prima istanza (28 gennaio 1819).
Con la riforma dei tribunali del 2 agosto 1838, gli auditori mantenevano praticamente solo le funzioni di polizia amministrativa e di consulenza legale del governatore mentre le competenze giurisdizionali criminali venivano attribuite a giudici direttori degli atti criminali. Subito dopo, con motuproprio del 30 novembre 1838, le competenze in materia di polizia e buon governo venivano totalmente sottratte ai governatori e affidate, per gli affari minori, ai vicari, commissari di polizia, direttori degli atti criminali, e per gli affari di maggior rilievo, agli auditori e alla presidenza del buon governo (l'Auditore si vedeva affidati anche i ricorsi contro le decisioni dei vicari, commissari, giudici direttori).
Intanto, a seguito di motuproprio del 7 aprile 1818 e notifica della Presidenza del buon governo del 29 maggio 1818, le mansioni di polizia e buon governo dell'Auditore di Livorno erano state affidate a due commissari di polizia (di San Marco e di San Leopoldo); questi avevano ricevuto anche limitate competenze giurisdizionali civili, prima affidate al cancelliere civile dell'auditore.
Gli auditori di governo furono aboliti nel 1848 unitamente ai governatori; le relative funzioni passarono alle prefetture, sottoprefetture e delegazioni di governo. In Livorno l'abolizione si realizzò a seguito del provvedimento del 26 novembre 1847, che istituì una commissione di governo con poteri speciali composta dal governatore e da due assessori legali.