Il 27 giugno 1814, in "conformità delle intenzioni" manifestate dal granduca Ferdinando III, il commissario plenipotenziario Giuseppe Rospigliosi ordinava la soppressione delle prefetture, sottoprefetture e mairies e "ripristinava" contestualmente diversi organi del passato regime. Veniva riconfermato il governo civile della città e porto di Livorno, ed erano ripristinati la presidenza del buon governo (che oltre ad essere organo centrale di governo aveva giurisdizione "immediata" sul circondario di Firenze), il luogotenente generale e governatore della città e Stato di Siena, il commissario della provincia inferiore senese, con sede a Grosseto, i commissari regi provvisori di Arezzo, Pistoia, Modigliana, Pisa, Volterra, Montepulciano e Pontremoli, i regi vicari ed altri organi amministrativi e giudiziari del granducato. Con lo stesso provvedimento il territorio toscano era provvisoriamente suddiviso in compartimenti di governi e commissariati, e in vicariati. Il provvedimento del 27 giugno richiamava per le magistrature di Livorno, Siena e Grosseto le antiche disposizioni e regolamenti rinviando a successive istruzioni per una più organica normativa.
Per i territori dell'Elba, assegnati al Granducato dal congresso di Vienna, era determinato, dal motuproprio 17 novembre 1815 un vicariato con auditore vicario, due podesterie e quattro comunità. Con altro motuproprio 29 novembre 1815 si stabiliva un governo civile e militare, e un auditore di governo oltre alle podesterie e comunità.
Con notificazione del 9 aprile 1816 veniva nuovamente determinata la ripartizione territoriale e istituito il governo di Pisa in sostituzione del precedente commissario regio provvisorio.
Pochi giorni dopo, il 16 aprile, la presidenza del buon governo emanava alcune preannunciate istruzioni regolando le attribuzioni in materia di polizia e di buon governo dei governatori e commissari regi. Secondo tali istruzioni, e le precedenti disposizioni, i governatori ed i commissari, di diretta nomina granducale e massimi rappresentanti del sovrano nel circondario con ampie attribuzioni amministrative, militari e giudiziarie, erano soggetti alla direzione superiore della presidenza del buon governo nelle materie di polizia ed in quelle della "potestà economica". Erano coadiuvati, come nel passato, da auditori che, oltre alle funzioni di consultori legali, avevano attribuzioni giurisdizionali civili (unitamente ai loro cancellieri), di volontaria giurisdizione, e criminali. Nell'ambito delle loro attribuzioni di polizia i governatori risolvevano gli affari della "potestà economica" superiori alle competenze dei vicari; potevano cioè infliggere multe inferiori alle cento lire e pene come il carcere fino ad un mese, le staffilate e la proscrizione dal circondario. Era ammesso ricorso alle loro sentenze presso la presidenza del buon governo. I governatori avevano inoltre delle competenze specifiche relative a singole situazioni territoriali. I governi civili e militari di Livorno e dell'Isola d'Elba, viste le particolari caratteristiche del loro territorio, si trovavano ad esercitare funzioni anche diversificate rispetto a quelle proprie degli altri governi o commissariati. Il governatore di Livorno presiedeva il consiglio di sanità e aveva la sorveglianza e la sovrintendenza degli ospedali, la presidenza delle congregazioni pie, la presidenza degli affari della "nazione" ebrea; come governatore militare aveva il comando del presidio di Livorno e dei punti fortificati del litorale, oltre che il comando dei vascelli da guerra e degli stabilimenti militati marittimi. Il governatore dell'Elba aveva alle dirette dipendenze, con la soprintendenza del governatore di Livorno, la divisione marina di Portoferraio. Il governatore di Livorno manteneva la disciplina nella zona portuale, concedeva la licenza di ingresso delle navi mercantili e per la costruzione e carenaggio dei bastimenti.
Con la riforma del 13 settembre 1832 le attribuzioni della presidenza del buon governo e dei governatori in materia di polizia e di podestà economica furono mutate e attenuate nel senso di una maggiore tutela dei diritti del condannato, mentre veniva reso possibile il ricorso alla consulta di giustizia e grazia.
Con la successiva riforma del 2 agosto 1838, le "prerogative" dei governatori, si riducevano in sostanza a quelle amministrative: agli auditori, che continuavano a esercitare funzioni di consulenza legale, venivano attribuite le competenze giudiziarie penali prima esercitate dai governatori. Qualche mese dopo, con motuproprio 29 novembre 1838 veniva trasferita agli auditori di Livorno, Pisa e Siena la "giurisdizione correttiva e punitiva di polizia e di buon governo", conservandosi ai governatori la direzione superiore degli affari di polizia e di buon governo. Con motuproprio 26 novembre 1847, inoltre, si rendevano più estesi i poteri dell'autorità governativa di Livorno, in considerazione dello stato dell'ordine pubblico. Si creava una commissione governativa provvisoria di cui faceva parte il governatore insieme a due assessori legali, con facoltà di esercitare le funzioni di polizia punitiva e preventiva, con la superiore direzione del governatore. Consultore del governatore era, al posto dell'auditore di governo, uno dei due assessori legali. Veniva creato nei due circondari di San Marco e San Leopoldo un delegato di governo provvisorio alle dipendenze del governatore per gli affari di polizia amministrativa.
Il 9 marzo 1848 governatori e auditori venivano aboliti, unitamente ai commissari regi, vicari, podestà, giudici civili, giudici criminali, commissari di polizia; si istituivano prefetture, sottoprefetture e delegazioni di governo.
[Solo per Livorno e l'isola d'Elba veniva confermato il governo civile e militare con prerogative governative e amministrative analoghe a quelle dei prefetti, e con il mantenimento tuttavia delle funzioni militari di comando supremo del litorale e di sovrintendenza al dipartimento di sanità. A seguito, poi, dei decreti del governo provvisorio 31 dicembre 1859 e 14 febbraio 1860 veniva istituita a Livorno una prefettura con le medesime funzioni delle altre prefetture del Granducato. I poteri militari erano stati trasferiti al comandante superiore militare di Livorno e del litorale con provvedimento del 27 dicembre 1854. Si creava un consiglio di governo di nomina granducale, analogo al consiglio di prefettura, che svolgeva funzioni di tribunale amministrativo in ambito di materie inerenti il governo delle comunità, di consulenza amministrativa del governatore, di organo di polizia amministrativa.]