Con notificazione del 9 aprile 1816 venivano determinati i nuovi compartimenti dei governi di Siena, Pisa, Livorno e Isola d'Elba, e dei nuovi Commissariati regi di Arezzo, Grosseto, Pistoia, Pontremoli, Volterra; governi e commissariati comprendevano nel loro compartimento vicariati e podesterie; Firenze era sotto l'immediata giurisdizione della Presidenza del buon governo dalla quale dipendevano i tre commissari di quartiere e i coadiutori presenti nei territori suburbani.
A seguito delle istruzioni della Presidenza del buon governo del 16 aprile 1816 governatori e commissari regi, sotto la Presidenza del buon governo per le materie di polizia, e con funzioni politiche, di raccordo e di vigilanza sul buon ordine del sistema amministrativo del Granducato, si vedevano precisate e attribuite più ampie competenze nell'ambito della "potestà economica", cioè della potestà punitrice di polizia. Potestà questa assai differente, nelle procedure, nella qualità delle pene, nei fatti oggetto d'intervento, nelle persone a cui era affidata, dalla potestà giudiziaria comune perché condotta, con ampi margini di discrezionalità, segretezza, incertezza di diritto. Le prerogative in tal senso giungevano fino alla comminazione del carcere per un mese, alla erogazione di staffilate, alla proscrizione dal compartimento fino a sei mesi, a multe superiori alle cento lire. Non venivano a diminuirsi le funzioni giudiziarie, governative e di polizia dei vicari che erano tenuti tuttavia, nei casi eccedenti le loro competenze e in quelli che esigevano un provvedimento straordinario, a mettersi in corrispondenza con i governatori o i commissari come "superiori locali" nelle materie di buon governo e di polizia.
I commissari regi erano giudici di prima istanza nelle cause civili di merito superiore alle duecento lire o di merito incerto o non determinabile, curavano inoltre nel contenzioso e nell'economico, gli affari delle persone incapaci (pupilli, prodighi, dementi) nel territorio della loro giurisdizione civile e in quello delle podesterie nella loro giurisdizione penale. Nelle cause civili di merito inferiore alle lire duecento giudicavano in prima istanza il cancelliere civile del commissario e in seconda istanza il commissario stesso. In appello, il commissario giudicava anche le cause di merito inferiore alle duecento lire giudicate in prima istanza dai podestà e dai vicari della sua giurisdizione. Il commissario regio di Grosseto univa alle attribuzioni civili e penali quelle di presidente della rota civile di prime appellazioni di Grosseto in sede criminale. Le sentenze dei commissari erano appellabili nel civile presso le rote civili, nel criminale presso la Rota criminale di Firenze.
In ambito criminale i commissari avevano le attribuzioni proprie dei vicari regi. Nella giurisdizione criminale dei governi di Siena e Pisa e dei commissariati regi, gli affari di polizia dei vicari potevano essere risolti dai cancellieri criminali delegati dagli auditori di governo e dai commissari stessi. Gli affari superiori di polizia erano risolti "economicamente" dal governatore, sentito l'auditore, o dal commissario, o, qualora le circostanze chiedessero maggiore "correzione", dalla Presidenza del buon governo, che avrebbe deciso anche in appello sulle risoluzioni di "podestà economica" dei governatori e dei commissari. Commissari, auditori e vicari (per tramite gerarchico) rimettevano rapporti settimanali sulla situazione delle circoscrizioni alla Presidenza del buon governo.
Il motuproprio dell'11 settembre 1832 precisava e conteneva le prerogative della Presidenza del buon governo nella "podestà economica" e confermava l'ambito di intervento in tal senso dei governatori, commissari, vicari, commissari di quartiere. Affidava tuttavia alla consulta il ricorso avverso le risoluzioni della Presidenza del buon governo, dei governatori, dei commissari, nei casi di carcere superiore ai quindici giorni, di proscrizione dal compartimento, mutazione coatta di domicilio, detenzione in casa di correzione per un tempo superiore a due mesi, relegazione all'Elba o all'isola del Giglio, e nella provincia inferiore senese. Si determinava anche l'obbligo di avvertire il condannato quando la sentenza fosse appellabile e gli si assegnava un termine per farlo.
Con provvedimento del 7 settembre 1837 si regolava l'amministrazione della giustizia civile e criminale e delle attribuzioni di polizia nelle province della Romagna e si creava, tra l'altro, un commissario regio a Rocca San Casciano, comprensivo dei vicariati di Marradi, Modigliana, Bagnone e Rocca San Casciano.
Con la riforma dei tribunali civili e criminali del 2 agosto 1838 giungeva a conclusione un processo già iniziato da alcuni anni e per il quale alcuni commissari regi si erano veduti sottrarre la giurisdizione civile con la istituzione di tribunali civili di prima istanza (Pistoia, motuproprio 6 aprile 1816, Arezzo legge 22 maggio 1817, Grosseto motuproprio 31 dicembre 1836). Con la riforma del 1838 veniva tolta ai commissari ogni giurisdizione civile e criminale, affidata ai tribunali collegiali di prima istanza, ai vicari nelle città ove risiedevano, ai giudici direttori degli atti criminali ed ai giudici civili; rimanevano loro solo le attribuzioni in materia di polizia, "potestà economica" e buon governo, con la eccezione dei commissari di Pontremoli e di Volterra che mantenevano la competenza dei vicari nel civile e nel criminale.
Il 1° dicembre 1840, per uniformare la trattazione degli affari di polizia e buon governo, veniva creato un commissario regio del dipartimento fiorentino con le medesime attribuzioni degli altri commissari regi e degli auditori di governo e con competenza territoriale comprensiva dei commissariati di quartiere della città di Firenze e di alcuni vicariati. La sua giurisdizione punitiva e coercitiva di polizia veniva a sostituirsi a quella esercitata nel dipartimento dalla Presidenza del buon governo. L'esercizio di tali funzioni avveniva per mezzo degli agenti della polizia subalterna e della forza civile, dei commissari di polizia di Firenze e dei vicari regi.
Con provvedimento del 10 giugno 1846 veniva istituito un Commissariato regio a San Miniato con giurisdizione nel circondario del Tribunale di prima istanza di San Miniato.
I commissariati regi, al pari dei governi (con alcune eccezioni), dei vicariati, delle podesterie, delle giudicature civili, delle giudicature criminali, dei commissariati di polizia, furono aboliti con legge 9 marzo 1848.