Nel 1840 vennero trasferite in San Giovanni le monache del Convento di San Domenico, divenuto sede del Conservatorio delle Abbandonate. All'epoca l'istituto si distingueva nel panorama cittadino per essere l'unico in cui veniva impartita alle ragazze l'educazione elementare e, a pagamento, l'insegnamento di lingua francese e disegno lineare.
Dopo l’unità d’Italia, nel 1867, i conservatori passarono sotto il controllo del Ministero dell’Istruzione e quello di San Giovanni si aprì progressivamente alla città divenendo una delle principali istituzioni educative pistoiesi. Accoglieva fanciulle tra i 7 e i 12 anni dietro pagamento di una retta annua di 390 lire e, a partire dal 1872, ospitò anche la scuola elementare femminile cittadina pubblica e privata, tanto che il numero delle alunne raggiunse il numero di 99.
Alle fanciulle veniva fornita un’istruzione di base abbastanza ampia e il loro numero crebbe regolarmente tanto che, nel 1876, furono compiuti lavori di ampliamento e riadattamento dei locali. In quello stesso anno la scuola esterna venne trasformata in scuola elementare femminile pubblica
Nel 1883 ne fu dichiarato lo stato laicale e il Conservatorio divenne un istituto pubblico educativo con amministratori nominati direttamente dal Ministero.
Nel 1886 venne trasferito nei locali annessi alle Regie Scuole Normali Leopoldine dove, nel 1898, il Conservatorio divenne sede dei corsi della Scuola normale femminile trasferita da Sambuca Pistoiese, comprendente il corso complementare, la scuola di tirocinio e l’asilo infantile a sistema froebeliano.
Tra la fine del XIX secolo e gli inizi del successivo il Conservatorio divenne il principale polo educativo femminile pistoiese, capace di attrarre alunne a convitto da tutta Italia.
Nel 1901 vi operavano la direttrice, tre istitutrici, una guardarobiera, una dispensiera-economa, una cuoca, due aiutanti di cucina, un giardiniere, un portiere, due inservienti, un medico, un ragioniere, un cassiere, il direttore spirituale, un chierico, un agente di campagna e quattro maestre e nel 1910 contava oltre 400 alunne.
Nel 1911 le ultime monache oblate che vi risiedevano vennero trasferite nel monastero da Sala, e il Conservatorio ricondotto all'antica sede e trasformato in un Collegio privato per signorine.
Dal 1915 al 1919 una parte dei locali fu destinata a ospedale militare di riserva e dal 1924 accolse la sede dell’Istituto commerciale Filippo Pacini e dell’Istituto magistrale.
Gravemente danneggiato durante l’incursione aerea alleata del 18 gennaio 1944, il Conservatorio dovette sospendere le proprie attività, che vennero riprese nel gennaio 1945, con la riapertura dell’Istituto magistrale, mentre nel 1947 ripresero a funzionare il convitto, l’Istituto tecnico e la scuola materna.
A partire dagli anni settanta le alunne ospitate diminuirono progressivamente e nel 1982 il convitto fu chiuso e il complesso ospitò solo le scuole pubbliche.
Nel 2006, ai sensi del decreto legislativo 5/12/2005 n. 250 il Conservatorio è stato trasformato in “Fondazione Conservatorio San Giovanni Battista”, retta da un Consiglio di amministrazione di 5 membri in carica per 5 anni, che si occupa di organizzare e promuovere iniziative culturali di vario genere quali seminari, mostre e convegni. La Fondazione è inoltre agenzia formativa accreditata ai sensi della normativa della Regione Toscana, decreto 969 del 17/12/2007, e organizza corsi di formazione di varia natura.