Nel 1808 la comunità di Colle fu soppressa al momento dell'unificazione della Toscana all'Impero francese, e sostituita dalla Mairie; con l'editto del 27 giugno 1814 fu soppressa l'organizzazione amministrativa e giudiziaria introdotta nel 1808 ripristinando in ambito comunitativo la carica di gonfaloniere del Magistrato e del Consiglio generale. Il nuovo Regolamento per la riforma delle comunità del Granducato del 16 settembre 1816 introdusse l'assetto che aveva regolato la vita istituzionale comunitativa fino al 1808, ritoccato tuttavia da alcune significative novità ereditate dalla recente dominazione francese, come l'accresciuto peso del gonfaloniere, ora di nomina granducale. Le composizione numerica del Magistrato comunitativo rimase invariata ma ne furono accresciute notevolmente le incombenze a scapito del Consiglio generale, chiamato ora a riunirsi soltanto una volta all'anno insieme al Magistrato in occasione della ratifica ad esempio dell'elezione dei deputati al reparto della tassa di famiglia o della nomina dei dipendenti comunitativi.
Tale assetto fu modificato profondamente a seguito dell'emanazione del nuovo Regolamento comunale del 20 novembre 1849, che regolamentò le modalità dì accesso agli organi collegiali comunitativi e allargò le competenze del Consiglio comunale. Membro del Consiglio era il Magistrato comunitativo, formato da un gonfaloniere di nomina granducale ogni quattro anni e dai priori, nominati dal Consiglio comunale in proporzione di uno ogni quattro consiglieri. Già nel settembre 1853, tuttavia, il Regolamento del 1849 fu abrogato e si ripristinò con poche modifiche quello del 1816, incentrato sull'imborsazione e la tratta di un gonfaloniere scelto fra i priori, di cinque priori e di quindici consiglieri. Il secondo Governo provvisorio toscano, entrato in carica nel 1859, ratificò un nuovo regolamento comunale destinato a reintrodurre quasi immutato il sistema elettivo del 1849 che rimase in vigore fino alla promulgazione della legge n. 2248 del 22 marzo 1865 sull'unificazione del sistema amministrativo del Regno d'Italia basato sul modello di quello piemontese.