Sempre il 6 giugno 1805, 17 pratile, a. XIII, con altro decreto imperiale il territorio della Repubblica ligure fu diviso in tre dipartimenti: Genova (capoluogo Genova), Montenotte (capoluogo Savona), Appennini (capoluogo Chiavari).
Con decreto imperiale del 21 luglio 1805, 2 termidoro, a. XIII, furono impartite disposizioni relative all'amministrazione degli Stati di Parma, Piacenza e Guastalla. L'amministratore generale avrebbe esercitato le funzioni di prefetto. Venivano istituiti 4 circondari sottoposti a un suddelegato: a Parma, Piacenza, Borgo San Donnino, Guastalla.
In Toscana, invece, le prefetture furono provvisoriamente istituite con decreto imperiale del 18 febbraio 1808. Con l'annessione alla Francia il senatusconsulto organico del 24 maggio 1808 riconfermò la suddivisione provvisoria nei tre dipartimenti dell'Arno (capoluogo Firenze), dell'Ombrone (capoluogo Siena), del Mediterraneo (capoluogo Livorno).
Con lo stesso senatusconsulto fu istituita, in luogo dell'amministrazione generale, la Prefettura del Taro (capoluogo Parma).
Negli Stati romani, annessi all'Impero francese con decreto del 17 maggio 1809, con decreto del 15 luglio 1809 furono istituiti due dipartimenti: del Tevere (capoluogo Roma), del Trasimeno (capoluogo Spoleto).
Il prefetto era il fulcro del progetto accentratore voluto da Napoleone, la saldatura tra autorità centrale e amministrazione periferica. Era infatti nominato direttamente dal primo console (poi dall'imperatore) ed era la massima autorità dello Stato nel dipartimento, incaricato della pubblicazione, registrazione e applicazione delle leggi e della vigilanza sugli organi amministrativi a lui subordinati. Aveva inoltre specifiche competenze, in corrispondenza con i ministri, in materia di: statistica; assistenza pubblica (poveri, mendicanti, vagabondi); ispezione e miglioramento degli ospedali, ospizi e prigioni; educazione pubblica e insegnamento; incoraggiamento, con l'impiego dei fondi pubblici stanziati per il dipartimento, dell'agricoltura e dell'industria; conservazione delle proprietà pubbliche; fiumi e foreste; costruzione e manutenzione di strade, canali e altre opere pubbliche; conservazione delle chiese e degli stabili relativi ai culti religiosi; salute, sicurezza e tranquillità pubblica; infine servizio della guardia nazionale.
Il prefetto nell'ambito della propria vigilanza sugli altri organi della amministrazione civile dello Stato e soprattutto sui comuni decideva sui bilanci dei comuni, che gli erano sottoposti per l'approvazione, autorizzava lavori eccedenti l'ambito comunale, omologava le delibere. Nell'espletamento delle sue funzioni era di diritto presidente di varie commissioni, tra cui quelle per gli stabilimenti di pubblica beneficenza, per gli ospedali e per gli ospizi. Presiedeva inoltre il Consiglio di prefettura. Era coadiuvato da un segretario di prefettura, che lo sostituiva in caso di assenza o malattia.