La Direzione generale aveva dunque competenze specifiche sulla gestione dei beni nazionali, precedentemente assunte dall'Economato dei beni nazionali (1802-1805). In particolare, l'attività riguardava l'amministrazione dei beni provenienti dalle corporazioni religiose soppresse e dalla avocazione dei feudi, l'accertamento del possesso e godimento di beni e diritti derivanti da privilegi e diritti feudali soppressi, la riscossione di diritti spettanti a vario titolo allo Stato, come i "diritti uniti" (imposte su tabacco, alcool, sale e altri generi di consumo, già esistenti prima del governo napoleonico, in un primo momento soppresse, ma poi ripristinate con questa denominazione).
Dal 1808 fu affidata alla Direzione generale del demanio, che da allora fu denominata Direzione generale del demanio, boschi e diritti uniti, anche l’amministrazione dei boschi.
Tra il 1806 e il 1811 il governo napoleonico mise mano ad una generale riorganizzazione degli uffici periferici del Ministero delle finanze che portò all'accorpamento delle direzioni del demanio di Pavia e Crema con quelle di Milano e di Lodi ed alla soppressione delle direzioni di Cremona, Lodi, Como, Bergamo, Morbegno, Brescia, Capodistria, Macerata e altre. Nel 1810 molte funzioni già svolte dalle direzioni del demanio nei vari dipartimenti passarono all'Intendenza di finanza e le casse dei due enti vennero unite; la competenza sull'Ufficio dei pesi e delle misure operante a Milano venne invece riconfermata nel 1811 tra gli attributi dell'amministrazione del demanio e diritti uniti.