Questo nucleo passò poi all'archivio dei Monti nel corso del Settecento, come rivela un inventario redatto nel 1765 dove sono menzionati "libri" dal 1344 al 1542, corrispondenti con ogni probabilità, per lo meno in parte, ai registri dei notai di Zecca.
Altri insiemi di documentazione dovettero depositarsi o esser trattenuti temporaneamente presso altri uffici che si trovarono coinvolti nella gestione della Zecca, come ad esempio le cancellerie dell'Arte del Cambio e quella dei Mercanti, che nel corso del Seicento si occuparono della produzione documentaria della Zecca dal cui organico era stata eliminata la figura del notaio.
Un altro gruppo di carte, invece, quelle di natura più strettamente contabile e legate all'amministrazione corrente e alla gestione del materiale metallico e della coniazione, è probabile che si sedimentasse in maniera piuttosto confusa, senza ordine né cure particolari, presso i locali della Zecca stessa.

Nel 1740 le rendite pubbliche, Zecca inclusa, furono date in appalto a società private, ma non sembra che dal punto di vista archivistico questo abbia comportato novità determinanti.
Le cose cambiarono invece nel 1768 o immediatamente dopo. Il Granduca Pietro Leopoldo infatti in quell'anno soppresse il sistema degli appalti e nella riforma generale delle finanze che ne seguì la Zecca fu inizialmente sottoposta al secondo Dipartimento dell'Amministrazione delle Regie rendite e la sua documentazione, che ancora non comprendeva le carte che si trovavano presso l'Archivio dei monti, fu raccolta e depositata, per lo meno in parte, presso l'Archivio delle regie rendite. Qui il complesso documentario rimase anche dopo il 1786 quando la Zecca divenne un ufficio autonomo, tanto che un inventario compilato dall'archivista delle Regie rendite Alessandro Del Riccio negli anni novanta del Settecento comprende ancora filze e registri della Zecca.
Nei primissimi anni dell'Ottocento, tuttavia, si ha testimonianza di tentativi compiuti dall'allora Direttore della Zecca Giovanni Fabbroni per ricreare un archivio il più possibile organico e completo presso l'ufficio. In una richiesta del settembre 1803 rivolta ad Alessandro Del Riccio e trasmessa per tramite dell'Avvocato regio, Fabbroni riferiva di aver trovato nei locali della Zecca 397 pezzi la cui datazione incominciava dal XIV secolo e di voler perciò rintracciare tutto il restante materiale documentario sparso in depositi diversi, Regie rendite comprese. Del Riccio aveva allora risposto di avere poco materiale e comunque di non poterlo consegnare, in ottemperanza alle vigenti disposizioni di legge che anzi imponevano il versamento all'Archivio generale delle Regie rendite di tutta la documentazione amministrativa di qualunque ufficio del Granducato. Incidentalmente informava inoltre che altri atti della Zecca si trovavano presso la Cancelleria del Magistrato supremo.

L'impegno per il reperimento, la riappropriazione e l'unificazione della propria documentazione da parte della Zecca arrivò infine ad un esito positivo, tanto che in un inventario risalente alla prima metà dell'Ottocento la consistenza e l'ordinamento del fondo risultano molto simili a quelli attuali.

L'ultimo atto della complicata tradizione dell'archivio della Zecca fu rappresentato dalla consegna al Centrale di Stato, che avvenne in due volte a cura della Direzione Generale del Registro che all'epoca aveva la responsabilità sulle carte. Il versamento così bipartito determinò una nuova separazione. La prima parte dell'archivio, comprendente il materiale dal XIV secolo al 1808, fu consegnata nel 1853 e inserita tra i fondi finanziari della Repubblica, mentre la seconda parte, costituita dalle unità datate dal 1808 in poi, fu trasferita nell'aprile 1865 e probabilmente non riunificata subito con quella precedente.
Sul primo nucleo gli archivisti del Centrale si apprestarono a compiere una schedatura già dopo il versamento, come si ricava da una relazione di Luigi Passerini al Soprintendente Bonaini del 29 novembre 1856 nella quale sono nominati tra gli esecutori del lavoro il sacerdote Pietro Gabrielli, Angiolo Morelli e Passerini stesso.
La costituzione di un solo fondo risulta essere stata compiuta prima del 1891, con tutta probabilità durante la direzione di Cesare Guasti (1874-1889), che volle riorganizzare i fondi dell'Archivio di Stato sulla base non più di una separazione storico-istituzionale ma per funzioni (cfr. nota all'inventario segnato Inventario 1913, 490).
Per il completamento della schedatura del fondo, che fu portata a termine da Ferdinando Sartini, si dovettero aspettare i primi decenni del Novecento. Nel 1955, infine, fu redatto un inventario vero e proprio a cura di Guido Pampaloni.