Da due cartellinature antiche rimaste su altrettanti registri dell'attuale fondo, si deduce che la documentazione prodotta dagli Ufficiali era stata classificata da Filippo Brunetti, per lo meno in parte, nella Classe XIII concernente l'amministrazione della guerra, e in particolare nella Distinzione II ("formata dalle leggi relative alla milizia, dalle condotte dei capitani, soldati ed altri stipendiati, e dalle deliberazioni dei Magistrati sopra la guerra relative agli oggetti della medesima") dell'Archivio delle riformagioni da lui inventariato e descritto nel 1793. Nel 1846, poi, almeno tre registri prodotti dalla magistratura si trovano nell'Archivio del Monte comune: lo attesta l'inventario che di esso fu compilato in quell'anno. Infine, nel 1861 troviamo presso l'Archivio centrale di Stato di Firenze un fondo denominato Archivio della Condotta così descritto: "Sono in quest'Archivio: le Capitolazioni dei Condottieri, i Registri degli Stipendiati, le Rassegne, ec. Dal secolo XIII al XVI. - N.° 72"; peraltro, mancano gli elementi per stabilire se i quattro registri che compongono l'attuale fondo fossero compresi in quello sopra descritto.